舊時北京和平門外藏家橋有個清真廣福館，主人是穆老太太和她的女兒。小飯館主要賣餄餎（一種煮著吃的條狀食品，多用蕎麥麵軋成）面，本小利微，生意平平。有一天，和好的餄餎面沒有都賣完，剩下的面讓母女倆很發愁。穆姑娘心眼活，人也機靈，她把餄餎面重新揉過，擀成面劑兒，切成比骰子大一點的小疙瘩，在開水裡煮熟，然後撈出放在陰涼處，以防變質。晚上母女倆用煮熟的麵疙瘩加了些青菜、肉絲炒了炒當晚飯吃，沒曾想一吃還真爽口，頗有些咬勁，味道也不錯。於是，母女倆從第二天開始就賣這個，起了個名字叫炒疙瘩。炒疙瘩除用肉絲外，還要加些掐去鬚根的豆芽菜和蠶豆，既好吃又新鮮，物美價廉，因而很受歡迎。炒疙瘩一問世便火了起來。
恩元居創始人回民馬東峰，1904年生於河北省河間縣（現升為河間市）城關鎮紅廟前街。1915年來北京在一家雜貨鋪（位於西城區西絨線同）學徒打工12年，攢了點本錢於1927年開了“義和雜糧店”（經營地點原來叫留守衛衚衕，現在叫朱家衚衕），後來在廣福館學習炒疙瘩（用黃醬炒），由於廣福館穆家無人繼業，1929年在馬東峰在糧店原址創立了恩元居，炒疙瘩也在創新的基礎上保存了下來。
經過了4年左右的經營，馬東峰又在原址東邊購置了前門大李紗帽衚衕的房產，開了第二家店，分東、西恩元居，俗稱“東櫃、西櫃”。因為忙不過來，馬東峰於1933年把自己的弟弟，出生於1910年的馬東海從天津叫到北京，幫自己照看新店。由於馮玉祥與蔣介石的馮蔣戰爭，恩元居1935到1937年3年間停業。1938年重新開張。
馬東峰對炒疙瘩進行了一系列的優化改革。疙瘩由刀切改為手揪，炒制由用黃醬改為醬油，品種增加了蝦仁、三鮮、苜蓿、雞丁等各種口味。並分四季加入不同的佐料如：蒜苗、青豆、芽豆、黃瓜、紅蘿蔔、青蒜等菜蔬，炒出的疙瘩口感清爽，可口香而不膩。由於炒疙瘩在色香味方面獨樹一幟，又是主副食合一，價格便宜，成為了當時老北京聞名遐邇的一道傳統風味小吃。
恩元居的炒疙瘩從材料到加工，每一個細節都精心細緻。材料搭配講究：二兩肉絲、一兩配菜、三兩疙瘩為一份，幾乎主副食各半（個別食客不夠吃可以付錢單加疙瘩）；選料精細，製作更精細，必須選用牛的和尚頭、子蓋部位，切成如冬蟲夏草般形狀的牛肉絲；疙瘩手工和麵，手工揪出黃豆大小均勻飽滿的圓型疙瘩；使用小鍋炒，一般一份一炒，最多一鍋炒一斤半；講究只掂鍋翻炒，不能使用鏟子，出鍋用勺子裝入盤中；追求精料細做，以口感柔軟，肉嫩，菜鮮，疙瘩呈金黃色為菜品特色。
1956年公私合營後，恩元居改為國營，隸屬於宣武區飲食服務公司。從1965年到1983年的18年間字號的名稱改為了前進食堂。1983年恢復老字號，1997年前後改為私營的北京前門恩元居餐廳。2004年煤市街拆遷停業。
國營企業接手恩元居後不久，負責炒疙瘩的師傅被換掉，恩元居炒疙瘩的老手藝就斷了。接著是製作疙瘩改為用機械加工。炒疙瘩由小鍋改用大鍋炒。因鍋大掂鍋翻炒疙瘩費勁，就開始使用鏟子扒拉。（歡迎關注“皇城根衚衕串子”微信公眾平臺）為了節省人工成本和餐料成本，刀切牛肉絲改用炒菜剩下的牛肉下腳料絞的肉餡。為了多賺利潤而偷工減料，一斤疙瘩只配一兩肉餡。炒疙瘩的選料差了，配料比例變了，廚師換了，技術丟了，製作糙了，菜品聲譽砸了，最後字號也仍了。
2005年，恩元居炒疙瘩第二代傳人，馬東峰的兒子馬振國帶著女兒、兒子一起到西城區後海孝友衚衕1號，把斷了50年的老手藝重新拿了出來。
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