種植辣椒的時候經常發現杆部發生腐爛現象，那麼引發的原因主要有哪些呢？其實大多跟病蟲害有關。首先是細菌性的軟腐病，如果在植株的身上有傷口，那麼致病菌很容易入侵，從而在不同的部位引發腐爛。這種病害嚴重時，受病部位變成白色的病斑，而且會發出臭味，累及果實。
防治的方法是，應該與其他類的蔬菜實行輪作，平時注重田間管理，包括深翻土壤，合理的密植，改善通風透光條件，將受病部分及時帶離。還應正確的使用肥料，尤其是氮肥應配合磷鉀等元素同時使用，以便提高植株的抗病能力，在發現症狀後及時使用藥品噴灑。
疫病的發作通常速度特別快，尤其是好發於主幹或枝節等部位，受病的部位長出深色病斑，有時出現黴點，有時也會影響果實和葉子。防治方法是應與其他科目作物實行輪作，加強水肥管理，及時使用藥品，還可在田間使用煙霧法粉塵法等進行防治。菌核病也是常見的一種，大多發生在枝條部位，一開始變軟並長出病斑，此後出現白色的黴點，導致枝幹部位腐爛，內部長出菌核。
這種病害也會影響葉子和果實，導致長白黴和腐爛的後果。防治方法是需要對土壤進行深翻，須知在種子當中也有可能混入菌核，需避免感染苗床。田間積水時應立即排出和通風，若發現受病部位可以帶出田間並銷燬，對苗床進行消毒，配合其他藥劑噴灑防治等。灰黴病其實與前者一樣，也屬於真菌的一種，對辣椒的影響極大，尤其在溫室中。
可以通過果柄、莖幹部位入侵逐漸引起腐爛，同時在外部的表現為長出灰色的黴點圍繞在莖身上。防治的方法是儘量採用高畦栽培的方式，可覆蓋一層地膜，起到保溫保溼的作用。如果在棚室之內種時，尤其應該做好溫度和溼度的調節，放風時可適當延長時間，但夜晚需要注意採取升溫措施。
發現灰黴病後，需要適當控制澆水量，並及時將病果病枝摘除銷燬，隨即使用藥品。最後條斑病毒病也是導致杆部腐爛的原因之一，表現為長出淺色的斑點凹陷，有時會直接影響果實的外觀。防治方法是選擇抗病能力強的品種，尤其提前對種子消毒，還需要在田間進行輪作，配合對應的藥品進行噴灑。