保護地蔬菜或露地蔬菜，一般都輪作換茬比較困難，土壤中的病菌數量不斷增加，加上生產上缺乏對土傳病害的抗（耐）性品種，土傳病害的發生日趨嚴重，在一些地方已成為制約蔬菜優質高產的明顯障礙因素。尤其是番茄青枯病、黃萎病、枯萎病、褐色根腐病、潰瘍病、辣椒立枯病、炭疽病、鏽病、灰黴病、萵苣菌核病、細菌性角斑病、葉黴病、晚疫病等都是主要的土傳病害，常帶來毀滅性災害，尤以對棚室保護地蔬菜造成的威脅更大。一般的土傳病害從零星發病到普遍發病只需3~4年，病株率可達100%，造成的減產損失達50%以上。如果採取以病治病的方法防治，收效不大，很難從根本上解決問題。
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發生條件
土傳病害的發生與溫度、溼度、光照等氣候條件及耕作措施關係密切，溫度適宜，尤以在棚室內病菌可安全越冬，並能週年發生。在乾燥的土壤中絲核菌和鐮刀菌可大發生；土壤溼潤有利於細菌生長，從而抑制病原真菌生長，土壤淹水可抑制土傳真菌性病害。連作使病害發生嚴重，尤其是茄科蔬菜連作，會導致疫病、青枯病等嚴重危害，如茄子連作2年以上死苗率可達30%~50%，西瓜連作枯萎病發生嚴重。保護地蔬菜連作，一方面會造成地力消耗過大，影響蔬菜生長髮育，抗病能力下降；另一方面會使病菌連年繁殖，在土壤中大量積累，誘發多種病害大量發生。研究表明，保護地栽培蔬菜因大量施用化肥也會加重土傳病害的發生和危害。
防治土傳病害，應採取農業防治、生物防治、物理防治和化學防治相結合的辦法。其具體措施有：
一、農業防治
1.實行輪作。這是防治土傳病害經濟有效的措施，合理實行作物間的輪作，特別是水旱輪作，對預防土傳病害，可收到事半功倍的效果。因為輪作能使有寄主專化性的病原菌得不到適宜生長和繁殖的寄主，減少致病菌的數量，同時還可調節地力，提高肥力，改善土壤理化性狀，提高植株的抗病能力。輪作年限應依病原菌在土壤中的存活期而定，如瓜類枯萎病病菌可在土壤中存活8年左右，應與非瓜類作物輪作6~7年。
2.選用抗（耐）性良種。選用抗病耐熱的抗性強的品種，可以大大減輕土傳病害的危害，是防治蔬菜土傳病害最經濟有效的措施。
3.改進栽培方法。土傳病害可以通過改變栽培方法來達到防病的目的。如採用深溝高廂栽培，小水勤澆，避免大水漫灌等；合理密植，改善作物的通風透光條件，以降低地面及棚室保護地的溼度，有利於控制或減少發病；清潔田園，拔除病株，並在病穴內撒施石灰消毒滅菌，對易感根系病害的蔬菜還要清除殘根等；避免偏施氮肥，適當增施磷鉀肥。提高作物的抗病性，在作物生長的中後期結合施藥，噴施葉面肥2~3次，有利於提高抗病性。
4.換土。對一些比較固定、品種選擇餘地小而且投資大、效益高的蔬菜設施栽培，如日光溫室可用去老土換新土的辦法控制土病害。一般將菜地耕層的表土全部剷除移出，用比較清潔的無毒表土來填補。
5.嫁接。針對某些危害嚴重的土傳病害，採用高抗或免疫的砧木嫁接，可控制土傳病害的危害。如利用黑籽南瓜對枯萎病免疫的特性，用黑籽南瓜作砧木嫁接黃瓜，可從根本上徹底解決黃瓜枯萎病的為害。
二、物理及生物防治
夏季棚室休閒時密閉溫室，利用夏日高溫，殺死病原菌。或在夏季休閒之機，將土壤翻耕或灌水，用透明塑料膜蓋嚴、曝晒，使土溫達到50℃以上，並維持5天以上，然後揭膜通風使用。蒸汽消毒是預防各種土傳病害，尤其是對青枯病的防治效果好。將蒸汽通入埋在土中的管道中，使30釐米深的土壤溫度保持在82℃處理30分鐘。處理時土表要覆蓋嚴密，四周壓實，防止蒸汽跑掉，以殺滅多種病原真菌和細菌。採用苯黴菌等生物製劑，用於防治土傳病害效果好。目前，中國科學家已經利用生物有機肥控制土傳病害，取得了可喜成果，利用研發出的8套適合禽糞便、食用菌下腳料、醋槽、酒精、中藥渣等農業固體有機廢棄物的快速堆肥技術，研製成功了14個抗黃瓜枯萎病、西瓜枯萎病、番茄青枯病、辣椒疫病、茄子青枯病、馬鈴薯青枯病等土傳病害的有機肥新品種，使用後顯著提高了土壤有機質含量和改善土壤的生物活動，防治土傳病害效果很好。
三、化學防治
1.大田土壤殺菌可用福爾馬林，即在土壤翻耕後，每平方米噴灑100倍的福爾馬林液15公斤，並用塑膜覆蓋，5~7天后揭膜並翻土1~2次，2周後即可栽培蔬菜；藥土消毒。即每平方米用40%多菌靈或50%託布津可溼性粉劑或40%五氯硝基苯8克，兌水2~3公斤，拌細土5~6公斤均勻撒到土裡；石灰消毒，即酸性土壤結合深耕晒垡，每畝撒施石灰50~100公斤。
2.苗床土壤的消毒。為培育壯秧，可選用50%託布津或40%多菌靈可溼性粉劑10克，拌細土12~15公斤，均勻撒於床面；或每平方米用甲基硫菌靈10克，拌細土12~15公斤，拌勻後做成藥土苗床消毒；或用必速滅顆粒劑。先將土塊打碎均勻攤平 ，每平方米苗床用棉隆顆粒劑60克均勻混合後再攤平，覆膜密封防止透氣，3周後揭膜播種。
3.局部土壤消毒。根部消毒即在生長過程中用50%多菌靈500倍液灌根，或用92%噁黴靈2500-3000倍液灌根，每株用藥液200毫升；病株消毒，即拔除病株後向穴內撒施石灰或草木灰。或選用上述藥土或藥液消毒，控制蔓延；定植穴消毒，可用70%甲基託布津配成1：50藥土，每穴施少許，可有效防治蔬菜的根腐病，防治該病，還可用60%代森錳鋅可溼性粉劑500倍液或50%甲基託布津可溼性粉劑800~1000倍液，1：1：240波爾多液噴霧，每隔7~10天用藥1次，連續2~3次。防治細菌性病害如青枯病、軟腐病等可選用88%水合黴素1000倍液、72%農用鏈黴素3000~5000倍液淋澆土壤。