萬曆登極之初批閱本章，只是按照大伴馮保的指導，把張先生或其他大學士的“票擬”改用硃筆批寫就算完成了職責。其中有些本章的批示極為簡易，例如“如擬”、“知道了”，簡直和練習書法一樣。而且按照慣例，皇帝僅僅親自批寫幾本，其他的批寫，就由司禮監秉筆太監用硃筆代勞。這硃筆所代表的是皇帝的權威，如果沒有皇帝的許可而擅用硃筆，就是“矯詔”，依律應判處死刑。
但即使是這些例行的批語，不到10歲的萬曆皇帝恐怕還是無法理解它的全部含義的。例如“知道了”，實際的意義是對本章內的建議並未接受，但也不必對建議者給予斥責。這些深微奧妙之處也只有隨著他年齡的增長而逐漸加深理解。
重要官員的任命，即人事大權，也是絕不容許由旁人代理的。作出這一類決定，總是先由張居正和吏部提出幾個人的候選名單，而由皇帝圈定其中之一。萬曆皇帝雖然年幼，他已經懂得排在第一的是最為稱職的人選，只要拿起硃筆在此人的名字上畫上一圈就可以體現他的無上權威。他從即位以來就不斷受到這樣的教育：他之所以能貴為天子乃是天意，天意能否長久保持不變則在於人和。要使百姓安居樂業，他應當審慎地選擇稱職的官吏；而要選擇稱職的官吏，他又必須信任張先生。
上述情況表明，張居正在人事任免中起著實際上的決定作用，這就理所當然地招致了不滿。在萬曆12歲的那一年，他幾次接到彈劾張居正的本章。有人說他擅作威福，升降官員不是以國家的利益為前提而是出於個人好惡。有人更為尖銳，竟直說皇帝本人應對這種情況負責，說他御宇三年，聽信阿諛之臣，為其矇蔽，對盡忠辦事的人只有苛求而沒有優待，這不是以恕道待人，長此以往，必將導致天意不再保佑。
本朝有一個習慣，以氣節自詡的大臣，如果遭到議論攻擊，在皇帝正式表明態度之前，自己應該請求解職歸田，以示決不模稜兩可，尸位素餐。張居正既然受到直接間接的攻擊，他就立即向皇帝提出辭呈，說他本人的是非姑且不論，但有人說他成了皇帝陛下和輿情之間的障礙，他在御前所能起到的作用已被這種議論一掃而光。既然如此，留亦無益。
萬曆當然不會同意張先生的請求。他向張先生和大伴馮保表示，奏事的人必須受到懲處。張居正於是面奏說，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因為誤事的官員必須降黜，盡職的官員必須提升，所以不是威就是福。二者之外，難道還有其他？張居正的慷慨陳辭和馮保的支持加強了皇帝的決心。他於是決定，第一個攻擊張居正的官員褫奪官階，降為庶人。第二個攻擊者已經明知朕意，仍然執迷倔強，即是蔑視君上，應該押至午門外，脫去袍服，受廷杖一百下。廷杖是本朝處罰文臣的標準刑具，很多人在受刑時被立斃杖下，幸而得存者也在臀部留下了永久性的傷痕。
這時張居正顯示了他的寬容。他懇請對犯官免加體罰，改為流放到邊遠省份，受當地官吏的監視。這種雅量使萬曆極為感動，無端遭受別人的攻擊，還要代這個人說情，可見他確實是不計個人恩怨，有古大臣之風。然而萬曆所不會理解的是，權傾朝野的張居正，他的作威作福已經達到了這樣的程度：凡是他所不滿的人，已經用不著他親自出面而自有其他的內外官員對此人投井下石，以此來討好首輔。果然，在幾年之後，萬曆皇帝獲悉當日免受杖刑的這位官員，竟在流放的地方死去，其死情極端可疑。
經過這種爭論，加上年事日長，每天攻讀史書也可以從中借鑑前代的教訓，萬曆皇帝終於逐漸理解了問題的癥結。
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