影響柑橘品質的因素有很多，尤其是病蟲害和環境所帶來的威脅往往是最大的。首先來說前者。當遭遇了病蟲害以後，影響的不僅僅是果實外觀，還有品質和效益。比較常見的有潰瘍病，可以從果皮外表看到木質化情況比較嚴重，甚至還會開裂，有時可能對於果肉部分不會產生影響，甚至口感也沒有變，但是卻會重創價格，平時防治時應該以減少傷口為主。
當遭遇了瘡痂病時，如果程度較輕，會導致果實發育不良，外皮比較厚口感不好，如果嚴重時會導致脫落。砂皮病會長出小小的病斑，但是數量特別多，這屬於一種寄生病害，防治時應該注意強壯樹勢兼使用藥物。黑星病在早期並沒有明顯症狀，通常在果實膨大期比較嚴重，可能引起爛果，所以通常在花謝了以後，一直到果實膨大期間使用藥物噴灑。
褐斑病比較容易判斷，在初期會長出斑點，且有些凹陷，不過與潰瘍病的區別是後期不會開裂，需要分別在春季萌芽時和落花時期進行重點防治。比較容易招惹的蟲害有薊馬，會在果蒂果實周圍長出白色疤痕，而紅蜘蛛主要導致葉子失綠，若出現了鏽壁蝨，那麼柑橘會變成黑色的果實。
當然除了以上的病蟲害以外，平時還應該注意藥害所帶來的威脅，平時不要使用高濃度的藥品，或者在高溫時期連續噴藥。再者，環境對於柑橘品質也會產生較大影響。其適宜的溫度在25度左右，如果溫度太高或太低，就會影響正常生長甚至產生凍害或熱害。光照條件若不足，會讓果實的甜度下降，著色也受到影響。
如果在生長期間沒有攝入充足水分，尤其是在膨果期，那麼就會影響到果實的膨大速度，可如果水分攝入太多，也會降低酸度和影響轉色。另外還有一些極端的天氣，尤其進入夏季以後比較容易高發日灼果現象，受害的果實將會褪綠，還會出現失水發黑的後果。
這種水果的耐寒能力並不強，如果長時間在較低溫的環境中生長，就會造成霜凍果實，皮層和裡面的果實分離且容易腐爛。大風容易帶來摩擦，果實受傷之後容易招惹病蟲害的發生，所以防風林也是有必要建立的，尤其是乾冷風，如果在幼果時期發作很難扭轉後果。此外還有連續陰雨，會推遲成熟、易引發病蟲害等。