自古以來，中醫學術與氣功學術就有著本質的內在聯繫，因為它們的古典哲學基礎是一致的，即其世界觀和方法論的基礎一致。二者的應用目的也有相通之處，氣功鍛鍊的養生和治療效果，自古以來也一直為中醫所採用。
氣功療法是通過氣功鍛鍊來達到治療某些疾病的目的，根據統計可知，氣功療法可以治療高血壓病、心血管系統疾病、胃潰瘍、神經官能症等慢性疾患和老年性疾病。因此氣功療法是應當提倡的，它受到我國廣大人民的重視。對其機理我國正在進行深入地研究。
傳統中醫藥學將氣功作為一種療法的歷史，可以追溯到中醫藥學產生之初的遠古年代。在古典氣功學術體系中，以中醫藥學理論作為指導的氣功學術流派即醫家氣功，現代的中醫氣功學就是在繼承醫家氣功學術的基礎上。隨著時代的發展，融入現代科學理論與技術而推陳出新的中醫藥學學科，其學科性質與鍼灸學、推拿學相當，屬於臨床應用學科。
在中醫學史上，歷朝歷代卓有成就的大醫家幾乎都精通氣功學術，如春秋戰國時期的扁鵲，漢代的華佗、張仲景，隋代的巢元方，唐代的孫思邈、王燾，金元四大家劉完素、張子和、李東垣、朱丹溪，明代的李時珍、楊繼周，清代的葉天士、吳鞠通，民國時期的張錫純等。
這些醫家幾乎都對中醫學術做出過開拓性的貢獻，都是中醫學史上不可或缺的傑出人物，是他們所處時代中醫學術的棟樑與精英。這些醫家的著作中都有關於氣功的論述，或闡明理論，或記載臨床應用，觀點明確，應用純熟。其中的一些著作在氣功學術史上，也佔有重要地位，例如巢元方的《諸病源候論》，李時珍的《奇經八脈考》。歷代大醫家們對氣功學術的重視與研究，足以表明中醫與氣功在學術高層次上本質的、必然的聯繫與溝通，具有深刻的意義和廣泛的影響。
中醫古籍中，包含有眾多的氣功學術文獻。《黃帝內經》中明確提到導引、行氣等氣功理論及治療的就有8篇，其論述精當，有重要的指導意義。例如《素問•上古天真論》說：“餘聞上古有真人者，提挈天地，把握陰陽，呼吸精氣，獨立守神，肌肉若一，故能壽蔽天地，無有終時，此其道生。”這短短42字就高度概括了古典氣功的基本理論和方法，從中可以看出現代氣功三調合一觀念的雛形。
從研究氣功學術的角度來看，在浩如煙海的中醫古籍中搜尋，可以發現，記載和論述氣功療法內容作多的是隋代巢元方的《諸病源候論》、唐代孫思邈的《千金要方》、宋代由政府主持編纂《聖濟總錄》、清代沈金鰲的《雜病源流犀燭》。這些著作在理論、操作、應用諸方面對氣功療法均有建樹，可以說是中醫氣功學術的主體和主要源泉。這四部古典醫籍中，特別值得一提的是《諸病源候論》，這部由隋代太醫令巢元方所著的，討論疾病分類的著作，也是一部醫學氣功的專著，因為其中對各類疾病的治療，只用氣功療法，而未提及任何方藥。
當代中醫界重視氣功的醫家和學者也大有人在。早在上世紀60年代，秦伯未、任應秋等著名中醫學家上書衛生部提出中醫教學改革計劃時，即提出要及早開設氣功課。80年代以後，已有10餘所高等中醫院校開設了氣功課程，北京中醫藥大學和上海中醫藥大學還設立了氣功研究所。氣功進入中醫藥高等教育體系和建立科研院所為中醫氣功學的學科建設和發展奠定了切實的基礎。
與氣功學術的總體相比較，中醫氣功學有其自身的一些特徵。例如，在指導思想上以中醫理論為基礎，但因氣功現代研究的需要，也兼顧西醫理論和現代科學理論。又如作為一種療法，其目的是明確和限定的，即養生與治療，而古典氣功修煉的目的不僅於此。另應注意養生與治療既有聯繫又有區別，前者通常是指健康人的保健、抗衰老，後者是指對於疾病患者的治療。現代的中醫氣功學比較側重於治療，這與古代各家的氣功修煉也有所不同。此外，中醫氣功學在功法的選擇上博採眾家、不拘一格，除古代的醫家功法之外，凡能夠發揮養生和治療目的氣功功法，無論其起源於佛家、道家、儒家或其他各家，均予選用。
天下奇醫認為，中醫氣功學是一門研究中醫藥學領域內氣功學術的歷史發展、基礎理論、操作技能及臨床應用的學科，是經歷了歷史考驗和醫學實驗的一門學科，也是中國獨有的一門醫學絕技。