當稱帝的李自成和入關的清軍，在北方打成一鍋粥的時候，明朝機智地在南京擁立新君。不說收復中原，匡扶中華，像南宋那樣偏安一隅、支撐個百來年大概是沒啥問題的，然而事實上，南明卻混得很慘。
南明（1644年—1662年）國祚18年，歷經弘光政權、隆武政權、紹武政權及永曆政權。
當時南明朝廷文有張煌言、堵胤錫，武有鄭成功、李定國，這樣的陣容，平心而論，並不輸南宋多少，剩下的地盤也比南宋大。然而拿著一副好牌的南明，為啥堅挺的時間還不到南宋的零頭呢？
如顧城在《南明史》中所說，滿清入關時，從多爾袞的行動來看，他根本就沒想過統一中國這樣的偉大事業，然而清軍在與淮泗地區的明軍摩擦中，突然發現眼前的這個從灰燼中重生的南明政權，不僅不是自己的對手，甚至可以不攻自破。
南明的頭號問題就是政權合法性。
南宋運氣好的一點在於，靖康之變後，北宋的皇族被一鍋端，趙構是個漏網之魚，由他繼承皇位，名正言順。所以他能利用法統上的優勢，重新組織起南宋的半壁江山，對抗金國。
南明就不同了，崇禎皇帝和他的繼承人一再錯過南遷的機會，而明朝宗室200多年間，枝繁葉茂，保守估計，可以合法繼承皇位的少說有10來萬。這引發的後果就是大規模黨爭，而且是在北方清軍虎視眈眈的情況下。
江北四鎮擁立的弘光帝作為與崇禎血緣關係最親的堂兄弟，繼位無可厚非。然而東林黨認為，弘光帝的祖母是萬曆時跟他們有深仇大恨的鄭貴妃，堅持擁立潞王，誰也不服誰，甚至鬧出左良玉以清君側的名義率領80萬大軍進軍南京的情況。
南明先後出現的皇帝和監國有幾十個，背後的利益團伙相互傾軋攻擊，一盤散沙，完全無法集中力量。
南明的第二個問題就是朝廷的態度。北宋是女真滅的，所以南宋自然跟女真不共戴天，全力抗擊。而明朝卻是李自成滅的，這就導致了南明對待真正的敵人滿清，偏向合作，企圖割讓北方，聯清滅寇。所以南明與農民軍各自為戰，還時常對立，大大削弱了抗清的軍事力量。要知道，打著明朝旗號，堅持抗清到最後的夔東十三家還是大順軍餘部。
而當後來，南明意識到滿清想要征服全中國的野心，與農民軍聯合時，早已經失去了最佳戰機。
南明還有一個根本問題，就是財政。南宋雖然偏安一隅，財政體系並沒有崩潰，比起南明來說，已經算相當健康，不僅可以支撐之後的多次北伐，還能交往其他政權，牽制金國。
而南明呢，弘光時暫時且擁有江南稅賦之地、湖廣魚米之鄉，政府部門相對完整，而後來每個小朝廷實際控制地區都相當破碎狹小，魯王、隆武兩個政權還在浙閩一代互毆，都要亡國了也不結盟。
勞命傷財，又缺乏財政支持，經濟不足直接影響到軍隊的後勤，沒錢還怎麼打仗。到了流亡緬甸的永曆政權後期，完全是憑信仰在抗清了。
簡單來說，南宋是急性破傷風，截肢了，仍然能活。而南明是癌症晚期，即便是手術加化療也無力迴天。