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1989年，長江水利委員會重新編制《長江三峽水利樞紐可行性研究報告》，設計壩高為185米，蓄水位為175米。
1992年4月3日，相關會議以1767票贊成、177票反對、664票棄權、25人未按表決器通過《關於興建長江三峽工程的決議》。據設計方案，三峽工程實行“一級開發，一次建成，分期蓄水，連續移民”；以1985年數據統計，淹沒區人口72.6萬人，推算到2008年，規劃遷建安置的總人數為113.2萬人，涉及四川、湖北兩省共19個縣、市（後因區劃調整，涉及重慶、湖北共20個縣、市）；工程靜態投資為570億元（1990年價格），其中，水庫移民投資185億元。
三峽庫區淹沒129座城鎮，其中包括萬州、涪陵等兩座中等城市和十多座小城市，會產生113萬移民。移民是三峽工程最大的難點，總投資中45%用於移民安置。
根據三峽水庫淹沒處理的規劃方案，全庫區規劃農村移民生產安置人口40.5萬人，在庫區淹沒涉及縣內安置32.2萬人，出縣外遷安置8.3萬人；規劃搬遷建房總人口44萬人（湖北省6.5萬人，重慶市37.5萬人），縣內搬遷建房32.2萬人（湖北省4萬人，重慶市28.2萬人）。
1999年5月，三峽工程移民工作會議，鼓勵和引導更多的農村移民外遷安置，對農村移民安置規劃進行了調整和完善。全庫區農村移民外遷安置人數由原來規劃的8.3萬人，增加到12.5萬人。湖北省2.5萬人，全部在本省非庫區縣安置。重慶市10萬人，其中巫山1.7萬人，奉節1.7萬人，雲陽3.6萬人，開縣1.1萬人，忠縣1.9萬人；在本市非庫區縣安置2萬人，投親靠友自主分散安置1萬人，出市外遷安置7萬人：外遷四川省9000人，江蘇、浙江、山東、湖北、廣東省各7000人，上海市、福建省各5500人，安徽、江西、湖南省各5000人。
（2）城鎮遷建規劃
規劃遷建的城鎮有：湖北省的秭歸、巴東、興山等3座縣城；重慶市的萬州、涪陵兩座城市，巫山、奉節、雲陽、開縣、忠縣、豐都、長壽等7座縣城及116個遷建集鎮，包括27個建制鎮、82個鄉集鎮、7個一般場鎮。規劃建房人口71.8萬人，規劃基礎設施規模人口82萬人，規劃遷建用在規模5774.28平方hm。
1994年12月14日，三峽工程正式開工。
一期工程
1995年，三峽庫區一期移民搬遷安置工作全面啟動。4月10日，首批移民大搬遷在壩上庫首秭歸縣向家店村拉開序幕。
1997年9月，三峽水庫淹沒區一線水位移民搬遷基本結束。
二期工程
1997年11月8日，三峽工程實施大江截流。三峽工程轉入二期工程建設。
1999年，農村移民外遷安置人數由原規劃8.3萬人增加到12.5萬人，其中，重慶7萬人出市外遷安置到11省市。
2000年8月17日，150戶639名重慶市雲陽縣農村移民外遷到上海市崇明縣落戶。這是首批外遷移民。
2003年4月，二期移民工程通過驗收，累計搬遷安置移民70餘萬人。
2003年6月，開始蓄水至135米，由此開始通航、發電，樞紐初步產生效益，進入圍堰擋水發電期。
三期工程
2006年9月，三期移民工程通過驗收，三期移民共搬遷24萬多人；開始蓄水至156米，比初步設計提前一年實現。
2007年7月，國務院三峽建委批准移民安置規劃和工程概算調整方案，新增投資79.5億元（1993年5月價格水平），增加移民搬遷安置人口13.99萬人。
四期工程
2008年8月，四期移民工程通過驗收。截至2008年6月底，累計搬遷安置移民124萬多人。
2008年9月，開始175米試驗性蓄水，比初步設計提前5年啟動，最終蓄至172.8米。
2009年9月，開始175米試驗性蓄水，最終蓄至171.43米。
三峽工程累計搬遷安置移民約130萬人，其中，各類外遷安置19萬多人。
三峽蓄水前
三峽蓄水後