藥物不良反應與很多因素有關，不是每個人都會發生，一般發生率很低，不要看到列了一大串不良反應就不敢用藥了。在用藥時出現不良反應，輕微而又需繼續治療的，可以一邊治療一邊觀察，同時向醫師及藥師諮詢。較嚴重的或說明書沒有記載的不良反應應立即停藥到醫院就診，排除是不良反應還是出現新的病情。
1.過敏反應 可發生青黴素所有的各類過敏反應，包括過敏性休克。且本藥皮疹發生率較其它青黴素高，可達10%或更高。
2.胃腸道 較常見噁心、嘔吐、食慾減退，偶見腹瀉、假膜性腸炎、胰腺炎(血清澱粉酶明顯升高)。本藥引起的假膜性腸炎通常發生在用藥治療的前10日，有時症狀會在停藥2～3周後出現，此時出現的症狀通常較患者在用藥期間出現的症狀更急、更嚴重。
3.皮膚 可出現風疹性皮疹、斑疹、斑丘疹、瘙癢等，其發生率約為5%～10%。通常在治療5～14日出現，但也可能在第1日或停藥5日後出現。隨著治療繼續，皮疹會自行消失。
4.肝臟 有報道，少數患者用藥後出現慢性膽汁淤積、黃疸、嚴重的多型性紅斑[史-約綜合徵]等。
5.腎臟 少數患者用藥後可出現急性間質性腎炎、溶血性尿毒症綜合徵。本藥可使肌酐清除率下降至正常值下限，但血中尿素和肌酸酐值無變化。
6.血液 有報道，少數患者用藥後可出現貧血、血小板減少、血小板減少性紫癜、嗜酸粒細胞增多、中性粒細胞減少、粒細胞缺乏。通常，停藥後3周內可恢復正常。
7.中樞神經系統 有報道，大劑量靜脈給藥可發生抽搐、意識障礙、昏迷等神經系統毒性症狀。偶有致癲癇發作的報道。
8.心血管系統 有報道，少數患者用藥後可出現結節性動脈周圍炎、過敏性心肌炎。停藥後可恢復正常。
9.呼吸系統 有報道，用藥後偶致成人呼吸窘迫綜合徵。該反應可能是由藥物過敏引起。
10.耳 雖然本藥的耳毒性尚未最後確定，但有報道高劑量用藥(一日125～350mg/kg，用藥10～25日)治療可能引起聽力障礙(一側或雙側聽力喪失)。
