雞糞作為有機肥應用在農作物上已經有好幾個時代了，但是近年來一些專家說以後不能用雞糞了，雞糞作為有機肥使用會破壞土壤環境，對作物造成傷害。
專家認為：大棚蔬菜、果園使用未處理雞糞極易造成以下七大危害
①使用發酵不徹底的雞糞產生的熱量會燒苗、爛根、黑根、黃葉等，嚴重時甚至會導致植株死亡。②連年使用雞糞，土壤中存留大量的氯化鈉鹽，會嚴重影響土壤通透性和活性，出現植株生長異常，花蕾稀落，果實不開個等減產現象。
③雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，雞糞中的線蟲卵極易孵化，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率是沒有雞糞地塊的5倍以上。
④雞糞在分解過程中產生甲烷、氨氣、乙烯等有害氣體，使土壤酸害、農作物根系損傷。
⑤雞糞中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，會造成農產品重金屬超標，還會汙染地下水源和土壤。
⑥雞飼養過程中，飼料含有大量激素，防治病害也會使用抗生素，這些都會通過雞糞帶入土壤，影響農產品安全。
⑦雞糞在分解過程中會消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處於缺氧狀態，抑制農作物的生長。
但專家的說辭很多農民朋友就不太贊同了，老輩一直都在用雞糞，傳下來的經驗也沒什麼問題，為什麼你說有害就不能用了。
眾所周知，雞糞的養分含量很豐富，含純氮、磷、鉀約為1.63%、1.54%、0.85%，通過堆肥發酵後的雞糞，是葡萄、西瓜、果樹和蔬菜的好肥料。那麼專家會什麼會有那樣的結論呢？
其實和我們現在身處的環境有關，環境在發生改變，當前大部分的雞糞、幹雞糞往往都是養殖場出售的，不少養殖場為了防病，採用火鹼消毒，使雞糞中含有大量火鹼；為了促進雞鴨快速發育，有些會在其飲用水中加入大量食鹽，導致雞糞中含鹽量偏高，甚至有些養殖場會使用抗生素類激素。儘管國家嚴格禁止這種行為，但仍有不少利益薰心的養殖戶會頂風作案，這樣雞仔和它產出的雞糞就會含有激素、重金屬等有害物質。
因此，所謂雞糞的危害很大一部分都是因為養殖場的雞糞，自家養的土雞產出的雞糞只要經過發酵還是可以使用的。
很多老一輩的農民，還一直堅持用雞糞施肥，他們有一套自己的雞糞發酵方法，還是很值得借鑑的，比如將雞糞堆在地頭，等到雞糞的臭味消失了，顏色也變成了黑色或者綠色，雞糞就差不多發酵好了；或者將雞糞浸泡，裡面的火鹼濃度就會減少；還有的是通過高溫加快火鹼的揮發，從而縮短雞糞的發酵時間。