黃河在潼關轉向東流，穿行於中條山與崤山之間，構成黃河又一個較長峽谷，北岸為山西省，南岸為河南省，故稱晉豫峽谷，三門峽就位於這峽谷中。
1954年，中國從蘇聯請來專家，幫助規劃黃河治理。這些蘇聯專家是搞水利工程的，擅長修築堅固的水壩。他們隨手一指，“三門峽是個難得的好壩址”，隨行的中國水利專家頻頻點頭認同。在那個年代，雖然也有專家提出反對意見，但，這都是那樣的微不足道
按照蘇聯專家的規劃，設計水位360米，這意味著，附近的陝州古城、潼關古城、蒲州以及方圓百里的村莊均要沉沒。於是，在水庫蓄水前，潼關等幾個古城被迫不及待地拆掉了，居民也遷出了他們世代居住的家園。
1958年11月25日，三門峽工程開始黃河截流。1962年，大壩施工完成，第一臺15萬千瓦機組試運轉。庫水位為332.5米時，黃河水受到攔截後，在水庫底部造成回水頂託，流速減緩，泥沙沉降，在渭河口形成“攔門沙”，渭河入黃河的塹口抬高，渭河成了懸河。一場大雨後，渭河淹沒農田25萬畝。
不到一年，渭河流域淤積了大量泥沙，河床抬高，大片良田浸沒，土地迅速鹽鹼化，危險直逼古都西安。迫於無奈，只好降低水位，同時大壩開始改建，高壩變中壩，拆除15萬千瓦發電機組，改裝5萬千瓦小機組。
令人可笑的是，三門峽水電站建成後，水位從未到達過離大壩只有幾公里的陝州古城，也從未到達過潼關老城，更未到達上游20公里處的蒲州、朝邑和蒲津渡。然而這些古城都已不復存在了。
三門峽立項之初就遭到陝西方面的堅決反對，當時陝西不少政府官員通過多種渠道力陳此項目對陝西的影響。
1958年，在三門峽工程開工一年後，陝西仍在極力反對三門峽工程。1961年下半年，陝西的擔憂變成現實：15億噸泥沙全部鋪在了從潼關到三門峽的河道里，潼關的河道抬高，渭河成為懸河，由此而引發的洪水災害損失巨大。最嚴重的事2003年8月的洪災，渭南6個縣市56.9萬人受災，107.84萬畝農田被淹，29.32萬人被迫離開家園。交通、電力、通訊、水利等基礎設施遭到嚴重損壞，直接經濟損失22.8億元。
038渭河洪災
038渭河洪災
由於水庫周圍地下水位提高造成耕地鹽鹼化50多萬畝，糧食因此年年減產，通關老城等文化發祥地的珍貴文化古蹟被毀掉。
其實收到的危害還不僅限於此。三門峽水庫修建淹沒耕地85.6萬畝， 因修建水庫而大量移民，這世代居住在富庶河谷平原地帶的幾十萬人，20多年來毀家遠遷、困苦輾轉。 後來由於水土不服，這些人曾多次遷來遷去。儘管現在大部分已經遷回，但是因土地問題的鬥爭還在持續。
應該說，黃河、渭河的泥沙淤積問題，和水土保持工作有著很大的關係。而當初三門峽工程的設計者，顯然對於水土保持過於樂觀，這使得三門峽工程在設計上存在著重大缺陷，沒有設計洩流排沙孔洞，造成了今天水庫發電和泥沙淤積的尖銳矛盾。
三門峽水電站一位不願透露姓名的工作人員在接受一記者採訪時表示:"自從有水利專家把渭河流域水患成因怪罪於我們後，渭河周圍的領導們似乎也理直氣壯起來，恨不得立刻炸掉三門峽工程而後快。"他認為，治理黃河是一個系統的大工程，逐級造水庫是其中一個重要方面，水庫本來就有沉積泥沙、減少下游水患的功能，三門峽水庫這些年對控制流量、減少下游水患所起的作用是不可忽視的。"以前，三門峽以下流域是重災區，攔壩後就基本沒有大水災了，而這個流域面積比渭河流域的大得多，其利弊得失孰輕孰重難道不是很清楚嗎?"
但是陝西省的一份報告也憤怒地指出:"同在一個黃河流域，惟有陝西是歷史因素的無辜受害者，而別的省份都是純粹的受益者，他們在幾十年安瀾的同時，繼續向黃河索取更大的利益。
儘管如此，對於遺留問題該如何解決，至今還在繼續研究。
