人體的免疫系統包括免疫器官、免疫細胞和免疫分子，其目的都是為了防禦有害物質對人體的傷害。例如，通過各種途徑侵入人體的細菌或病毒等，免疫系統會識別出這些入侵者，並通過免疫反應將它們殺死，或者由免疫細胞直接將其吞噬。
疫苗是一種降低了有害性的病原體，它可以模擬細菌或病毒直接刺激人體的免疫系統，使身體產生特異性的抗體，當身體感染了真正的細菌或病毒後，已經產生的抗體就可以直接發揮殺滅作用。
免疫力的維持也需要細菌的幫忙。人體存在著數億的細菌，但其中一部分是好細菌。它們不僅能產生人體所需的營養，還能夠對抗有害細菌，減少感染的風險，如果人體的細菌微生態失去平衡，有害細菌就會取得優勢，從而導致疾病。
壓力可以導致免疫力降低。過度的壓力使激素分泌異常，從而導致免疫細胞數量和功能的降低，造成免疫力下降，增加患病風險。
積極的心態可以保持免疫功能良好。人體的神經系統除了運動神經以外，還有一套自主神經系統，因為不受人的意志支配，也稱為植物神經系統。它容易受到情緒的影響，而調整對人體器官的支配。長期不良情緒會導致這一過程的紊亂，不僅出現一系列神經官能症，還會破壞免疫系統，造成免疫力下降。
充足的睡眠和良好的生活習慣對免疫系統至關重要。睡眠是人體代謝解毒的重要時機，充足的睡眠不僅可以維持體內免疫細胞的數量，還是肝臟代謝有害物質的必要條件。長期睡眠不足，免疫力必然降低，甚至一些癌症的發生都和睡眠不足有關。
過敏是因為免疫系統反應過度，將無害的成分誤認為是有害入侵，從而導致血管充血、腺體分泌增加等副反應。過敏體質的人會產生出比常人更多的IgE抗體，至於為什麼會出現這樣的體質，已發現有與過敏相關的基因存在，這意味著過敏體質更主要是先天的因素。
免疫系統會自我攻擊，免疫細胞將正常的人體組織視為敵人，從而引發自身免疫性疾病。例如，自身免疫性溶血性貧血、系統性紅斑狼瘡、類風溼性關節炎、銀屑病、克羅恩病等。相對於男性，女性更容易患自身免疫性疾病。據統計，自身免疫性疾病患者中，女性比例高達80%，但目前還不清楚它的機制。