微生物肥料是指一類含有活的微生物，在使用中能達到特定的肥料效應的生物製劑，亦稱生物菌肥。能促進物質、能量的轉換和循環利用，可以降解廢棄物，提高土壤肥力和活性，改善果品品質，有利於食品安全和環境保護，對現代果業的發展具有重要意義。
果樹施微生物肥 好處真是多
對果品品質的影響 在蘋果、葡萄、梨、草莓和獼猴桃等多個樹種上的研究結果表明，微生物肥料明顯提高了果品品質。內在品質上主要提高了果實的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香氣品質；從外在品質看，提高了果實著色度和硬度，果形大小較勻稱。蘋果可溶性固形物由14.1%提高到15.6%，桃由10.1%提高到11.3%，葡萄由15.1%提高到16.6%；蘋果的糖酸比由19.6提高到28.2。
對果樹產量的影響 在蘋果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果樹上的研究結果表明，施用微生物肥料有效增加了果實單果重並顯著提高了單位面積產量，果園施用微生物肥料後，蘋果、桃、葡萄、李子的產量，分別增產29.8%、27.7%、12.6%、21.1%；同時單果重增加明顯，蘋果增加35.9%，葡萄增加28.4%。
對樹體生長髮育的影響 研究表明，設施桃樹上施用微生物肥料後，顯著提高了土壤溫度，10釐米根際土壤溫度平均升高2.2℃；促進了土壤表層根系的發生與生長，細根數量比對照增加1.5倍；明顯提高了桃的坐果率，比對照提高45.6%；成熟期提前，比對照早熟10~12天。在設施草莓上施用微生物肥料後，植株生長明顯改善，所有指標均高於對照。
對土壤理化性質的影響 研究結果表明，施用微生物肥料後，果園土壤容重變小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物數量，土壤透氣性得到改善，有機質含量明顯提高，土壤供氮和供磷能力增強，土壤酸鹼性得到改善，有利於土壤中養分的釋放。在盆栽葡萄上的研究結果表明，施用微生物肥料後，盆栽葡萄土壤中放射菌和細菌等有益菌的數量明顯增加，其中放射菌含量達到7.6×108，是雞糞和牛糞的200多倍，比羊糞也高出80多倍。
微生物肥施用“八注意”
1.微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格，施入後需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后才能發揮作用。
2.微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
3.微生物肥料應避免高溫乾旱條件下施用，並且注意溫、溼度的變化。高溫乾旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。
4.微生物肥料不能長期泡在水中，微生物肥料適合的土壤含水量為50%～70%。
5.微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但應避免與未腐熟的農家肥混用，以防高溫殺死微生物，影響肥效。
6.微生物肥料應避免與農藥同時施用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。微生物肥料不宜久放，拆包後要及時施用。
7.避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質營養養分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。
8.注意微生物肥料的肥效條件。微生物肥料肥效的發揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質量因素，又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機質、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應用都應注意合理性。（中肥）
蘋果園施用微生物菌肥有講究
1、選購微生物菌肥時，要注意生產日期，不用過期產品，一般超過生產日期1年的生物菌肥活性就會顯著降低。
2、看微生物菌肥有無農業部登記證，正規生產廠家的產品都應該有農業部登記證號，省級農業廳不批准生物菌肥登記。所以凡是印有××省農肥登記的生物菌肥都是假冒產品，嚴防普通有機肥冒充生物菌肥。
3、微生物菌肥還要看活菌數量是否符合國家規定，國家規定生物菌劑有效活菌數≥2億/克，顆粒狀的≥1億/克，符合生物肥料和微生物肥料的有效活菌數≥2000萬/克。
4、微生物菌肥不宜與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑同時使用，也不要在使用生物菌肥後再實行土壤消毒。
5、生物菌肥施入土壤後，有一個菌群繁殖壯大的過程，因此，在蘋果樹根系開始生長前使用。（中化）