媽祖信仰歷史悠久，隨著媽祖信仰的發展，與其相關的媽祖文化也得到極大的發展。經過一千多年的完善，媽祖文化體系龐大、蘊含豐富，它涉及到政治、經濟、文化、航海、宗教、民俗、建築等諸多方面。
歷來各地的媽祖廟多建於臨海地區或海、江相交處，交通發達，經多年發展，率先形成城鎮。這些媽祖廟都是我國勞動人民智慧的結晶，它融匯了寺廟、道觀、民居與宮殿建築的特點。
它的結構和佈局，採用我國傳統的建築手法，表現鮮明的民族性，加之修建時代與所在地域的不同，各地媽祖廟有各自保存著不同時代的地理特徵，形成一種別具特色的古建築。它與所在山、海、江河、綠樹古柏等山川秀色融合成美麗的景觀。
在我國改革開放進一步發展的今天，從交通航海、地理考察、建築文化、文物欣賞、學術研究、民風民情等多方面考慮，媽祖廟及其所在地區尤其是湄洲島已成為世人注目的參觀訪問，科學考察與文化旅遊的好去處。
文化是作為一種系統而存在的，任何一種文化都是由多種要素按照一定的方式或結構組成的有機整體。
媽祖文化是文化中的一種，同樣也是以系統的形式存在並具有它本身獨特的結構。這裡主要從實質、形式、載體三方面去了解媽祖文化的結構。
媽祖文化的實質
湄洲祖廟董事會董事長林文豪先生在《媽祖千年祭》的畫冊序言中指出：“媽祖，何以令人如此尊崇敬仰、頂禮膜拜？媽祖信仰，何以形成如此驚人的精神力量？”
這是因為“媽祖信仰雖然屬於中國的民間信仰之一，但卻不是憑空想象的神，而是一個實實在在的人，一個勇敢無畏的人，一個充滿傳奇色彩的人，一位被神化了的人。”
這位出生於莆田賢良村海邊的奇女子自幼好學，聰穎過人；長大後尋聲救苦，慈悲為懷；拯弱解難，恩澤四方；祈雨除奸，護國庇民。而這些優秀品德都是中華民族傳統美德的重要內容。
林默娘因生前為民眾做了大量的善事好事，甚至為了救難不惜犧牲自己，這種崇高美德為後人所傳頌，並被供奉為神，加以膜拜。
林默娘也就成為熱愛祖國、熱愛和平、無私無畏、見義勇為、助人為樂、疾惡揚善、勇於獻身、甘於奉獻、愛護民眾的保護神;成為人民群眾美好善良願望的光輝化身。而這種精神就是媽祖留給後人的一筆珍貴的遺產，成為華夏文明不可分割的一部分，也就是我們今天提倡和弘揚的媽祖文化的實質所在。
媽祖文化的形式
媽祖文化作為一種文化是屬於精神方面，是一種意識形態，它需要通過物質等其他事物加以表現出來。與媽祖相關的建築藝術、雕塑、繪畫、書法、詩文、楹聯、文物以及民間傳說、神話故事、民俗風情等，都是媽祖文化的外在表現形式。如湄洲島上的媽祖宮廟及其佈置、媽祖書籍、媽祖頭飾、海島傳統服飾、漁鄉文化等。
媽祖文化的載體
任何文化的形成與傳承，都離不開與之相關的載體。媽祖文化涉及宗教、民俗、航海、科技、建築、文學、藝術、華僑、中外關係等眾多方面，並在中國乃至世界產生一定的影響，這與作為媽祖文化載體的人們是分不開的。
媽祖文化影響的形成除了其特殊的自然環境之外，還與莆田人特別是沿海地區的人多向外移民和中國曆代封建統治階級的封賜褒揚及文人儒士的極力頌揚有關。
媽祖文化的另一載體就是它的物化載體——廟宇。如湄洲島上的媽祖文化陳列館、媽祖文化園、天后廣場等一批項目，形成了規模龐大、雄偉壯觀、樓亭交錯、殿閣縱橫的祖廟建築群。隨著莆田移民把媽祖文化帶到世界各地，媽祖廟也在世界各地建立，媽祖廟的建立又在一定程度上促進了媽祖文化在異地的形成與發展。