1288年，總制院改稱宣政院，擴大機構，於院使下設同知、副使、參議、僉院等各二人。
1311年，罷僧錄等司，凡僧人詞訟皆歸管民官決斷。
1331年，復於各省置廣教總管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院選僧俗官任達魯花赤、總管等職。
1334年，宣政院所轄吐蕃之地，分設三道宣慰司：吐蕃等處宣慰司都元帥府（又稱朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帥府（又稱朵甘思宣慰司）、烏思藏納裡速古魯孫三路宣慰司都元帥府（又稱烏思藏宣慰司）。宣慰司下轄安撫司、招討司、宣撫司和元帥府、萬戶府等。自宣慰使都元帥至萬戶等各級官員多以當地僧俗首領擔任，由帝師或宣政院薦舉，朝廷授職。
1342年，又附設崇教所，治理僧俗庶務。若遇地方蕃寇起事，則於其地設行宣院擔任討伐事宜，平息後則廢止。
由此可見，雖然元代在西藏所設宣政院機構，官員仍多以當地僧俗首領擔任。但西藏制度已經一定程度內地化，且忽必烈時期，更對西藏進行了編戶齊民，劃分十三萬戶，到了元武宗時代，又由都總管府達魯花赤總其財賦，徵收賦稅，控制程度不惟遠強於明朝冊封八大法王，即清朝的噶倫制度，亦無法比擬。
喇嘛
然而實際上，元王朝對於雲南的控制，已經頗為吃力【鄯闡危如登天，大理險倍投海，計如漢武習戰，僅置益州；元祖親征，莫能全土。雄若世祖，駐蹕祗緣鄯闡，分裂餘區】。元所設樑王，實際只能控制昆明周遭一帶，雲南西北仍由大理段氏所控，設為總管府，而云南西南地區更是有大量獨立性極高的土司，不納賦稅，是以很快就有強大的麓川王國崛起。
則在地理上更加高遠巍峨的西藏，元王朝是如何做到控制力越來越強的呢？
按元之治理西藏，專任薩迦一派，與明分封各派互相牽制大不相同。而專任薩迦派，卻沒有尾大不掉之患者，蓋薩迦派地位之高，可以說是與孛兒只斤氏共治天下，成為元朝統治階級高層的一份子。
與許多人想象的不同。實際上，吐蕃帝國分裂後，藏人因為過去擴張失敗，武德衰頹，沉溺喇嘛教，把大量資金貢於佛寺，因此軍備廢弛，戰鬥力幾乎完全喪失，且佛寺林立，互相不服，導致力量難以凝聚，故唐之後，高原上的藏人實是不堪一擊，之所以中央王朝難以控馭，完全是因為地理上的緣故。
保持武德的藏人，反而是河湟、青海湖一帶的青唐一支，沈括《夢溪筆談》載【青堂羌，善鍛甲，鐵色青黑，瑩徹可鑑毛髮】，則青唐吐蕃的鍛造技術，確實可觀。青唐吐蕃雖然人口僅百萬上下，然而並未政教合一，世俗統治者把握權力，能有效調動戰爭資源，故而屢挫西夏李元昊。
後來青唐吐蕃內部不穩，又在西夏和北宋之間騎牆，被北宋王朝經過數十年苦戰消滅。而元的經略西藏，無非是讓道爾達上高原觀光，沒有發生什麼像樣戰鬥，薩迦派沒骨氣的大喇嘛們就舉眾投附。所以宋朝對藏族的征服，從軍事角度來說，含金量是比元朝高得多的。
薩迦派領袖八思巴一開始附蒙，確實是因為聽說蒙古人號稱“滅國四十”，於是高估了蒙古的軍事實力。但是蒙古能維持對西藏的控制，卻是因為給了薩迦派連他們自己都未曾想到的甜頭。
八思巴
宣政院的行政長官是院使，帝師只是個名譽之職。但這絕不代表作為喇嘛首領的薩迦派帝師沒有權力，因為帝師的影響力，可至於整個元帝國，影響天子。
元朝重用藏傳佛教，以壓制道教和中原佛教，更通過喇嘛教的教義，來肯定他們統治地位的合法性，是以給予藏僧以極大特權。元朝皇帝對密宗僧人的濫賞，數目之巨，駭人心目。僅忽必烈對八思巴一人的賞賜，就令當時的漢人大臣感慨：國家財賦，半入西蕃。
元朝皇帝對藏僧賜物賜田，不計其數。據“虞集大護國仁王寺恆方碑”記載，這一處寺廟，就在大都城外擁有水地近三萬頃，陸地三萬五千傾，並佔有山林湖泊魚蕩竹場等二十九處；元文宗時代，川地的大承天護聖寺，一次就獲賜十六萬九千多頃土地為“永業”。
元代還有一個怪現象是喇嘛公開地蓄妓納妾。
如《元史·星吉傳》載：“有胡僧曰小住持者，服三品命，恃寵橫甚，數以事凌轢官府，星吉命掩捕之，得妻女樂十有八人。”又元世祖曾命楊璉真加為江南釋教總統，他竟然“受人獻美女寶物無算”。更有甚者，當時的西番和尚竟敢公開入民宅姦汙婦女，“泰定二年，西臺御史李昌言：‘曾經平涼府、靜、會、定西等州，見西番僧佩金字圓符，絡繹道途，馳騎累百，傳舍至不能容，則假館民舍，因迫逐男子，姦汙女婦。’”
這當然是元代統治者崇信喇嘛教，縱容番僧的結果。
未幾，其徒龔柯等與諸王妃爭道，拉妃墮車毆之，語侵上，事聞，亦釋不問，時宣政院方奉詔，言：‘毆西僧者斷其手，詈之者截其舌。’皇太子（帝母弟仁宗）。亟上言：“此法昔所未有。
按《元通鑑》記載，西藏喇嘛僧毆打諸王閤兒八刺的妃子忽禿赤的斤，也不受任何懲治，其囂張氣焰，可見一斑！當時更是有【毆西僧者斷其手，詈之者截其舌】的奇葩規定，也是讓人難以想象了。
喇嘛僧人濁亂天下、淫汙朝廷，沒有比元朝更嚴重的。喇嘛僧不但大量姦淫民間女子，甚至把算盤打到了貴族婦女身上。到了元順帝時代，西天僧又與西番僧迭相輪轉，出入禁中，夜宿宮闈，姦淫年輕美麗的公主和嬪妃。雖有女子畏縮難堪，二僧仍然淫媾不止。西域僧人有時還會藉著為貴族婦女受戒的名頭，將她們邀入府中，日夜淫樂。清代著名史學家趙翼評價說“元之天下，半亡於僧”。
元朝版圖