有機肥作用強大，不僅在種植業上可以起到很好的作用，在魚類的養殖上，有機肥對水中藻類、小魚小蝦的生長效果也是非常明顯的，很多人在養魚時會配合有機肥使用。
但是使用有機肥養魚也有一些需要注意的地方。
有機肥必須腐熟
有機肥施入到水中與施入到土壤中一樣，要求有機肥必須完全腐熟。這樣才能確保有機肥中的有害雜菌的數量少，而且有機質有利於被有益微生物充分分解。
這樣一來不僅能夠防止魚類患病的機率，還能減少有機質在水中繼續分解所消耗的氧氣，有機質被完全分解更有利於水中浮游生物的吸收利用，促進浮游生物快速繁殖，為水中的小魚小蝦提供食物。
要加強魚塘管理
使用有機肥後，通常都會對水體造成一定的影響，需要加強對池塘的管理。
有機肥的使用可以使水中各種生物快速生長繁殖，在此期間如果水中的代謝物過多，就會造成水中含氧量下降，浮游生物的生長也會受到阻礙，如果不及時換水就會影響魚類的正常生長髮育。所以需要及時換水。
使用方法
有機肥的使用要遵從少、勻、勤的使用原則。
為了防止一次性大量使用有機肥，可能會大量消耗水中的氧氣，造成水中含氧量降低。
每次的施肥量要少，每畝地每次使用以一百到二百斤的有機肥就可以了。
使用有機肥時要儘可能的撒勻，以便有機肥在水中含量適中，發揮最大的功效。水中的浮游生物、小魚小蝦、還有養殖的魚類每天都會消耗大量的養分，所以要經常將有機肥作為追肥使用，水體透明度超過四十公分時，就需要及時補充有機肥，使水體的透明度在三十公分到四十公分左右。
使用時間
有機肥儘量選擇在晴天的上午施入到水體中，儘可能避免在陰天、雨天時使用有機肥。這樣更有利於水中浮游植物的光合作用與有益微生物的活動繁殖。減少有機肥使用對水體可能造成的不利影響，穩定養殖環境中的生態平衡。
總之，使用有機肥養魚的效果非常明顯，但是對水質也會產生一定的影響，注意在使用有機肥時需要留意的地方，可以使您的養殖工作更加輕鬆，還能使魚類高產，顯著提高漁民的經濟效益。
最後再次強調一下，有機肥一定要完全發酵腐熟，不然反而對魚兒有嚴重的傷害。