化肥的出現推動了人類社會的發展與進步，通常認為，在世界糧食增產的份額中，化肥大約佔到40%。但是，化肥的過度使用也在能源、環境與人類生活質量方面帶來了越來越嚴重的副作用，因此，在發展現代農業的進程中，各國都在採取措施控制並減少化肥用量，歐美髮達國家從上個世紀80年代開始，陸續進入了農業良性發展的新階段，德、法等國化肥用量減少了31%-47%，糧食單產卻提高了51%-52%，同期我國雖然糧食單產提高了56%，但化肥用量增加了225%。目前我國以佔世界8%的耕地施用了世界30%以上的化肥，從而生產了佔世界20％的糧食，化肥的功績不可抹殺，但過量使用的弊病也越來越明顯。
化肥的出現推動了人類社會的發展與進步，通常認為，在世界糧食增產的份額中，化肥大約佔到40%。但是，化肥的過度使用也在能源、環境與人類生活質量方面帶來了越來越嚴重的副作用，因此，在發展現代農業的進程中，各國都在採取措施控制並減少化肥用量，歐美髮達國家從上個世紀80年代開始，陸續進入了農業良性發展的新階段，德、法等國化肥用量減少了31%-47%，糧食單產卻提高了51%-52%，同期我國雖然糧食單產提高了56%，但化肥用量增加了225%。目前我國以佔世界8%的耕地施用了世界30%以上的化肥，從而生產了佔世界20％的糧食，化肥的功績不可抹殺，但過量使用的弊病也越來越明顯。
第一，加劇了能源與資源的供求壓力。我國的化肥生產原料均極為緊缺，如生產氮肥的能源、生產磷肥的硫酸、高品質磷礦和生產鉀肥的鉀鹽。
第二，導致了環境的惡化。大量施肥不僅使地表水富營養化日趨嚴重，溫室氣體（如氮肥在田間釋放的氧化亞氮）排放不斷增加，而且造成了土壤的酸化與結構破壞，目前土壤酸化已經在我國南方對農業生產形成了明顯的危害。
第三，提高了農業生產成本。化肥的增產效益已經從80年代每公斤養分增產10斤糧食下降到不足5斤，施肥已成為我國農民最大的生產開支，是我國農業生產經濟效益不高的重要原因之一。
目前，歐洲國家有機肥施用比例多為45-60%， 美國則高達60-70%。但是按最樂觀的估算，我國的有機肥施用量也只有3036.7萬噸（養分量），不足全部施肥量的36％。是有機肥肥源不足嗎？2008年我國有機肥資源實物量為49.5億噸，其中的氮磷鉀養分含量為7405.7萬噸，相當於化肥養分量的137%，但是我們僅利用了大約41％。以鉀肥為例，我們在極其困難的條件下從羅布泊與察爾汗這些荒漠無人區開採鉀鹽，年產鉀肥300餘萬噸，可是我國每年產出的秸稈就含鉀1400多萬噸，如果加上人畜糞尿中的鉀，鉀資源總量在3000萬噸以上，是遠比鉀鹽礦更豐富的鉀肥資源。可是，這些寶貴資源卻因利用率低而很大部分成為了環境汙染源。
有機肥資源利用率低的主要原因是：我國的畜禽養殖已逐步專業化、規模化，多數農民沒有畜禽糞便使用，而畜禽養殖場又缺乏有效、合理的渠道將畜禽糞便用之於農民的農田。部分畜禽養殖場利用畜禽糞便生產的商品有機肥，單位養分的價格又高於化肥，農民使用商品有機肥，經濟上並不合算。作物秸稈是每戶農民都擁有的資源，但秸稈還田需要一定的機械條件，而多數農民因經營規模小，不可能購置專門的還田機械，只能迫不得已一燒了之。
根據歐美的經驗，通過增施有機肥替代部分化肥，就可以逐步減少化肥用量，從而節約資源，保護環境，推進農業的可持續發展。
首先，政府有關部門應該統一思想，確定有機無機配合施用的肥料發展戰略，在增加有機肥施用的基礎上，在過量施用化肥的地方適當減施化肥。
第二，有機肥替代化肥在許多情況下並沒有明顯的經濟效益，卻有巨大的生態效益與社會效益。節約能源、節約資源和保護環境是政府的責任，因此施用有機肥的成本不應全部由農民承擔，政府應該為此加大投入。
基於上述認識，政府應相應採取如下措施：
1、控制化肥生產。目前我國的化肥產量已經超過施用量，預計到2030年我國人口高峰時糧食需求是6.3億噸，按95％自給率計，需要生產6億噸，大約需要增加農田養分供應約1250萬噸。2009年我國生產化肥6706萬噸，施用化肥5404萬噸，表明現有化肥產能已經可以滿足2030年的需求，如果增加有機肥施用，對化肥的需求還將進一步減少，所以應當停止擴大化肥生產規模。可是2010年仍有氮肥施工項目356個，磷肥施工項目180個，鉀肥施工項目51個，復混肥施工項目586個，這種盲目擴大化肥生產的做法不符合我國肥料施用的戰略方向，也不符合目前化肥供求的現狀，必將造成極大的浪費。
2、實施有機肥施用補貼。應當參照歐美各國的經驗，制定適合於我國條件有機肥施用的補貼辦法，以鼓勵農民增施有機肥。如對實施秸稈還田的農戶按還田面積進行補貼；對種植綠肥的農戶提供種子與翻壓經費；根據畜禽糞尿產量與處理規模對畜禽養殖場建設儲存、發酵與運輸設備，以及養殖場對農民進行糞尿施肥服務的面積進行給予補貼；對於消納半徑過大的大型養殖場，可以支持其生產商品有機肥，由於這些企業難以享受增值稅返還的優惠政策，應考慮按其生產規模予以適當補貼。
3、指導農民合理施用化肥。目前實施的測土配方施肥工程項目正在逐漸改變盲目與過度施肥的現狀，為了適應有機無機配合的施肥戰略要求，有必要深化與發展測土配方施肥工程，將有機肥施用納入工程的計劃之內。
4、完善有機肥施用的配套措施。我國今後的有機肥種類必將以畜禽糞便和農作物秸稈為主，綠肥、餅粕以及符合環保要求的城市廢棄物（如餐廚垃圾、生活垃圾）加工的有機肥等為輔。應該為這些有機肥的施用創造條件，如畜禽糞便應以簡易發酵後直接施用為主，應當要求畜禽養殖場配備充分的糞尿儲存設施、發酵設備與運輸工具；秸稈應以直接還田為主，除應研製適應不同需要的還田機械外，還應完善類似於小麥收穫那樣的農機服務體系以服務於農民；綠肥則應迅速完善種子繁育基地建設。另外，應該及早制定有機肥的質量標準，特別是對重金屬與有機汙染物含量應從嚴控制。
5、加強有機肥的科學研究。長期以來，我國在科學研究上重視化肥忽視有機肥，目前有機肥的科學研究經費少，人員不足，導致科研成果遠不適應生產的需求，如寒冷地區的有機肥積造與施用技術，畜禽養殖場的畜禽糞便簡易處理的適用裝備與施肥技術都需要加強研究。