藥物不良反應與很多因素有關，不是每個人都會發生，一般發生率很低，不要看到列了一大串不良反應就不敢用藥了。在用藥時出現不良反應，輕微而又需繼續治療的，可以一邊治療一邊觀察，同時向醫師及藥師諮詢。較嚴重的或說明書沒有記載的不良反應應立即停藥到醫院就診，排除是不良反應還是出現新的病情。
1.中樞神經系統 用藥後偶可出現頭痛、眩暈、嗜睡等中樞神經系統症狀。
2.內分泌/代謝 有報道胃腸外用藥後，血漿鈉水平升高，可致高鈉血癥。
3.胃腸道 單劑或多劑口服磷黴素後可出現噁心、嘔吐、腹瀉、上腹部不適以及食慾減退等症狀。
4.泌尿生殖系統 在臨床實驗中，約7.6%的患者用藥後可出現陰道炎。也有用藥後發生尿失禁的報道。
5.皮膚 用藥後偶可發生皮疹和皮膚瘙癢。
6.過敏反應 用藥後偶可發生風疹、呼吸困難、哮鳴、眩暈等全身過敏反應症狀。
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