康熙六下江南的目的是為了治河、導淮、濟運。早在執政初年，康熙對河務就很關注並有相當的研究。當時黃河下游到處決口，水禍連連。接連而來的水患，引起了康熙的高度重視。他曾在太和殿以治河為策論試題，測試天下貢士。在平定三藩時，國家財政比較困難，康熙還是下決心對黃河、淮河進行全面治理。
平定三藩、收復臺灣之後，康熙便將河務視為首要任務。雖然治河的官員取得了一定的成效，但是淮、揚水災並沒有明顯好轉。康熙擔心官員們沒有認真行事，於是在1684年第一次下江南，不遠千里、親閱河工，辛臨清江府、淮安府、江寧府等地。1689年，康熙帝第三次南巡，到過揚州、蘇州、杭州、江寧等地方，具體制定了新的治河方案，如深浚河身、築挑水壩、開陶莊引河、浚直河道和拆除攔黃壩。這一新的治河方略，在第二年由新任河道總督張鵬翮開始貫徹實施。到1701年年底，其他各項工程也陸續完成。第二年夏天，黃河又發生了特大洪害，各項工程都經受住了洪水的考驗。不得不說，這是康熙帝的功勞。
1703年，康熙帝以河工即將告成，進行第四次南巡，到過揚州、鎮江、蘇杭、杭州、江寧等地。他乘船到達清口，查閱天妃閘、御壩，還親自觀看陶莊引河，閱視減水壩、鮑家營、中河口等地方，對河道總督張鵬翮及在河各官員加以獎勵。
1705年年初，康熙認為，雖然河工已經告成，但是仍然需要察驗形勢，籌劃善後之規。於是第五次南巡又開始了，他乘船到揚州城北高橋，對河道總督張鵬翮說道“河工已經告成，善後方略更為緊要，朕今親臨閱視，修建天妃閘，甚當”。可見，康熙對於河工一事是非常上心的。
然而幾個月後，河工又出了問題。黃、淮再次發生多年未有的暴漲，造成古溝塘、韓家莊、清水溝幾處堤岸沖決，發生水災。康熙帝聞訊十分生氣，立即降旨“今春朕欲親視高家堰”，於是與臣子商議新的治河方案，即溜淮套方案。他對溜淮套工程十分不放心，覺得這麼大的工程，若是有什麼閃失，勞民傷財，後果不堪設想。於是1707年，康熙第六次南下。
康熙六下江南，主要是看堤防和了解東南地區的社會和民生疾苦，每次都很儉樸，且多數情況下沒有驚動更沒有騷擾地方百姓。