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康熙讓眾赫哲、索倫等部實施屯田解決後勤問題，一面讓蒙古、錫伯、烏拉等處的官屯調糧。
再一個就是軍隊調動與指揮系統，康熙二十二年（1683）讓副都統薩布素率寧古塔兵一千進駐額蘇里(今俄斯沃特德內西南)，再派達斡爾兵與寧古塔餘兵近千人駐璦琿，這就是黑龍江的永戍部隊。同年升薩布素為首任黑龍江將軍。
康熙二十四年（1685）年，黑龍江將軍薩布素因提出雅克薩城難以攻陷，被康熙帝解職，取而代之的是都統朋春，並加派福建藤牌手500人，由臺灣將領何佑帶領。在該年，三月初，得到被俘俄國俘虜口供“雅克薩城內設立重木，中實以土。聞大兵至額蘇里，即遣人各處求援……城內兵眾不滿千人”，康熙便一邊向沙皇致書，一邊將情報發給朋春，讓其知道雙方的虛實。在四月底，朋春在三千人齊全後，開始進軍。部隊包括烏喇、寧古調的滿洲兵1500名，索倫兵500，京旗5、600人，藤牌兵400。其中京旗即是漢軍，在清前期，八旗中的重炮部隊由漢軍負責。五月二十二日，全軍抵達雅克薩城。
二十三日清軍部陣開始，二十四日火器佈置完畢，二十五日黎明攻城。一日之內便將城攻下。俄軍頭目額裡克舍等出城投降。城內具體多少人，這個是個末知數。唯一可以確定的是，攻取雅克薩城後，戰俘人數700餘人，40人願意留在中國，這批人就是後來的俄羅斯八旗。
在第一次之後，朋春只是毀了城，並末駐守。而後，在同年的7月，定吉林烏喇至黑龍江1340共設19驛，每驛壯丁30人，馬20匹。這樣通信就比過去更為方便了。
在該年農曆七月（公曆8月）時，托爾布津與俄督弗拉索夫計計後，帶著原班人馬及增援人員，重新回到了雅克薩。康熙在二十五年（1686）得到消息後，讓黑龍江將將軍薩布素帶領2000部隊進攻，當時清軍火炮40門，俄方火炮15門。前幾日後，俄國督軍托爾布津被炮打死。但康熙卻並末急著讓薩布素進攻，而是通過荷蘭向俄羅斯提出停戰協議。這樣清軍只圍不打。圍到二十六年正月（1687年），康熙下旨讓薩布素充許俄軍就醫或回國，允許俄軍出城取水，並告以如城中缺少物品，也可以幫助解決。當時城中800俄軍只剩66人。
俄羅斯同意進行和談後，康熙這才讓薩布素撤軍。之所以俄羅斯同意和談，這是看出清政府要圍點打援，而且在不停的建立驛路系統後，通信、運輸比過去更為暢通，而當時俄羅斯又無法派出大軍遠征。在康熙二十六年七月份，康熙帝正式下令薩布素撤軍回黑龍江城、墨爾根城。
至於後來簽定的“尼布楚條約”，有人說是不平等條件。這個話語的背景是民國，在當時的話語下，清朝做什麼都是錯的。打三藩是錯、收臺灣是錯、攤丁入畝是錯、限制士紳特權是錯、滅族準噶爾是錯、限制蒙古是錯……。歷史地理學家侯楊方先生在其書《盛世啟示錄》中寫道：現在有一種觀點認為《中俄尼布楚條約》是不平等條約，因為清朝割讓了尼布楚地區給俄國，尼布楚地區雖然以前是蒙古茂明安部落的遊牧地，但是茂明安部落早在後金時期已經內遷歸附，離開了尼布楚，當時在尼布楚地區遊牧的是蒙古布里亞特部落，他們並不屬於清朝，清朝也從未對這一地區實行有效統治，因而談不上割讓了本國的領土給俄國；而且條約簽訂時，喀爾喀蒙古也並不屬於清朝。
《中俄尼布楚條約》簽訂的最直接影響是清朝可以集中力量對付正在迅速崛起的一股強大勢力。在遙遠的阿爾泰山、伊犁河谷，一位新的草原霸主、新的成吉思汗，正在冉冉升起。
新的霸主便是噶爾丹……