士族門閥是怎麼興起的。
東漢年間，土地兼併出現大地主，又因為當時書籍難得，經學基本在門戶內流傳（這個門戶不指血緣，是師門），所以出現了一部分人對經濟和知識的壟斷。而東漢以後又以儒道治國，所以對知識的壟斷就相當於對官位的壟斷。而當時實行孝廉制度，基本上就是推薦，這個又是講關係的存在，所以就出現了世代公卿，門生故吏，他們以家族基礎組成政治集團，這些人要錢有錢（大莊園，兼併土地），要人有人（部曲、佃客、奴婢，總之就是依附民很多），要官有官（四世三公），要文化有文化，要武力有武力。所以就逐漸脫離了朝廷的控制。東漢末年的大亂多有這些人的參與。
西晉建國就是這些人在支持，所以設立五等爵制度以及佔田制、九品官人法，徹底在制度上對士族加以規範。當然，這些制度，比如佔田，其實還是對士族的限制，因為實際上大家佔的比規定的多。但是無論如何，起碼其在制度上肯定了士族的合理性。西晉末年喪亂，衣冠南渡以後建立的東晉王朝，是士族門閥到達頂峰的時代。
問題出現
可是，現在問題偏偏來了。有的門生、故吏和自己家族後輩不論才德，為了利祿不惜諂附、賄賂以求固結。部分大官僚也樂得與自己的門生、故吏結成利益集團，以增加自己在朝中的政治能量。兩者是可取所需，這就形成一個巨大的既得利益群體。從魏晉到南朝，愈演愈烈，以至於後代無論何人修史，這些都成了繞不過去的奇葩現象。
門閥士族，通過仕宦途徑和婚姻關係來維護門閥制度，形成封閉性集團。這種封閉性和排他性，必然給政治穩定帶來種種動盪不安。他們的利益訴求越來越大，不斷的壓縮皇權和普通百姓的利益空間。士族門閥之間也不斷產生衝突，一旦失去平衡就會冒起硝煙，皇權也壓制不住。
東晉有個尚書令叫刁協，頗有那個時代“三嚴三實”身體力行者和奮力捍衛者的味道。這樣一個高級官員，因不肯與當時門閥世族相沉浮，不滿他們凡事崇上抑下，而且對優遊無事、貪汙腐化、朋黨比奸、趨炎附勢的風氣深惡痛絕，成了當時士族山頭頭目王敦的眼中釘肉中刺。最後王敦甚至假借“清君側”的名義，在武昌動用國家公權和暴力機器舉兵伐之。
這種等級森嚴的士族制度，只要進入他們的核心圈子，就可以坐上火箭飛昇，“平流進取，坐至公卿”，比什麼西山會快多了。至於文武才能，吏治考績，那些都是浮雲。一個祖上資蔭，便可抵祖逖北伐之功。
樑時流行一句諺語：“上車不落則著作（郎），體中何如則祕書（郎）”。意思是說，那些士族子弟生下後，只要到坐車掉不下來的年齡，便可做著作郎；只要會寫兩句信中問候的客套話，便可當祕書郎。所以紈絝子弟們，一個個“薰衣、剃面、傅粉、施朱”，打扮得妖裡怪氣，還要裝得“從容出入，望若神仙”。
這樣的接班人，能靠得住嗎？這樣的官場政治，可見敗壞到什麼程度。
長成毒瘤
門閥士族的政治體制發生了所謂的固化，固化到一定程度就失去了彈性。流水不腐戶樞不蠹，凡是固化的東西，不是被風乾，就是要壞死。因為環境、社會和這個世界變了，可是政治體制沒有辦法去推動質變，來適應外部環境和社會內在的變化，那麼這個政治體制就發生了政治衰敗。衰敗的最直接表現，就是魏晉南朝長期積貧積弱，面對北方的少數民族政權無能為力。
正是因為階層流動不起來，而士族本身形成尾大不掉的局面。到了南北朝後期，終於發展成為阻礙社會政治進步的種姓毒瘤。
這時這些門閥士族還是隻顧爭權奪利，不思改進，對於他們造成的社會失衡沒有采取有效的改革措施，終於釀出大禍。成為南北朝長期動亂的罪魁禍首。
門閥士族在前期有其積極的一面，到後來卻發展成為毒瘤，因為發展沒有受到制約。就像三權分立的理論一樣，士族門閥也應有與其相制衡的制度。如果門閥士族能夠健康的發展，對社會的穩定和發展也許能做出非凡的貢獻，可惜的是它自己把自己葬送了。
被壓垮
後來隋唐遂行的科舉制，本是對門閥士族制度最好的糾偏。選賢任能，保持社會流動通道暢通，這種思路，即使在今天看來，依舊是行之有效的。但是最終科舉制度卻又成為了壓垮士族門閥的力量，兩種制衡的力量失衡，科舉制獨大，以至於後來皇權必須不斷加強，或者依靠宦官或者依靠特務來監視下屬官員，那當初何不保留士族門閥呢？