公元317年，琅琊王司馬睿在建康即位，是為即晉元帝，史稱東晉。東晉雖然還是司馬氏當皇帝，可是皇權很弱，大權都掌握在士族大家手裡，士族間為了爭權奪利經常是大打出手，動不動就有人提兵攻入建康，司馬家的皇帝一再淪為俘虜。其中最有名的就是東晉的五大門閥：琅琊王氏、陳郡謝氏、龍亢桓氏、潁川庾氏、太原王氏。
江南士族
琅琊王氏
東晉初年第一望族，時人稱：“王與馬、共天下”。東晉琅琊王氏的興旺離不開王衍。王衍也來自琅琊王氏，是王敦、王導的族兄，著名的清談之士。西晉“八王之亂”王衍不但沒被清洗掉，而且到了八王中最後一王司馬越掌權的時候，王衍已經官至司徒。並且和司馬越組成了政治組合。然而在國家危難之際王衍身為國家重臣，他首選考慮的不是國家而是家族利益，他日夜思索家族保全之計。他向司馬越建議選派心腹去南方重鎮鎮守，以備日後作為退路或者將來支援中原。於是司馬越任命王衍的弟弟王澄為荊州刺史，族弟王敦為青州刺史。司馬越跟王衍的組合或多或少也促成了司馬睿跟王導的組合。江南陳敏之亂後，為填補江左的空缺，司馬越上表讓司馬睿渡江。實際上渡江是王氏兄弟事先已規劃好的，司馬睿只是接受而已。
王與馬、共天下
永嘉南渡後，王導在建康主政、王敦在外主軍。兩人實際把控了東晉政權。但是作為外來政權和本地士族的矛盾必不可少。政治文化上王導主持妥協和南方士族間的矛盾，當時吳地主要的政治文化領袖是顧陸朱張這四姓；軍事上王敦採取分化打壓的辦法，聯合吳興沈氏消滅義興周氏。周氏曾經三平江南是當地第一大軍事豪族。作為一個成年皇帝司馬睿自然不願意看到王家一家獨大，他開始有意壓制王家，重用劉隗、刁協等人。王敦非常不滿，在武昌起兵，不久就打進了建康控制了東晉朝廷。但是王敦並沒有實力取代司馬氏自己當皇帝，連廢太子都遭到其他大臣極力反對而沒有成功。同年司馬睿憂憤而死，太子司馬紹繼位。王敦繼續謀求篡位，但是已經重病纏身，沒來得及出征就病死了，養子王應起兵兵敗。
王墩之亂
王敦之亂並沒有株連到琅琊王氏，王導還因此升官了。但是王導之後琅琊王氏可謂後繼無人，雖然還有大批做官的，也是名門望族，但是再也沒有出現過左右朝局的人了。琅琊王氏作為高門望族一直持續到侯景之亂，因為拒絕了侯景的聯姻幾乎被殺光，從此消失在了政壇上。
潁川庾氏
潁川庾氏的起步以及名望相比琅琊王氏都不可同日而語，庾氏的迅速崛起得益於庾亮。庾亮早年就有名望，司馬睿對庾亮很器重，更為兒子司馬紹聘娶了庾亮的妹妹，庾亮也成為了太子的好友。東晉明帝司馬紹死後庾太后臨朝，庾亮獲得獨掌朝政的機會，他大力打壓司馬家的宗室，使得司馬家沒有翻身的機會。庾亮也是個惹事的主，在他手裡造成了蘇峻之亂，差點江山不保，自己也被打的四處逃竄，後來好不容易平定蘇峻之亂，庾亮又開始謀劃北伐，結果被石虎一頓胖揍後，一氣之下病死了。庾亮死後他的弟弟庾冰和庾翼又先後執政。可是庾翼跟他哥哥一樣又想北伐，在荊州準備了大量的兵器、錢糧，結果還沒北伐就病死了，準備的東西也變成了桓溫的資本。庾翼死後庾家後繼乏人，很快就被桓家取代。
庾亮
龍亢桓氏
龍亢的桓彝是跟隨司馬睿南渡的第一批士族，蘇峻之亂桓彝起兵討伐蘇峻，後來兵敗被俘遭到殺害， 桓彝的兒子桓溫是東晉了不起的人物，十八歲時就單人誅殺殺父仇人江播的三個兒子。在庾翼的北伐行動中，桓溫任前鋒小督，後升為都督青徐兗三州諸軍事、徐州刺史。庾翼在死前妄圖讓兒子庾爰之來接管荊州，但是朝廷命桓溫都督荊司雍益樑寧六州諸軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史代替庾家鎮守荊州。庾爰之不是桓溫的對手，被廢后流放。其後桓溫趁成漢內部不穩出兵平了成漢，桓溫聲名大振。桓溫見後趙石虎死後，後趙內亂，請求北伐。朝廷懼怕桓溫勢力過大，重用殷浩委以北伐重任，以此抗衡桓溫。桓溫屢次請求北伐不果後，倒是殷浩在隨後兩年裡都有北伐，但是卻屢次戰敗，軍用物資也是丟失殆盡。桓溫趁機彈劾殷浩，朝廷迫於壓力廢了殷浩。從此桓溫獨掌大權。
桓溫掌權後三次北伐。第一次：伐前秦，兵臨長安城下。前秦堅壁清野，桓溫糧草不濟而退兵，被秦軍追擊損失慘重。第二次：伐姚襄，大破姚襄，收復洛陽，修復皇陵。第三次：伐前燕，被慕容垂阻擋，軍糧耗盡後退軍，被慕容垂八千騎兵追擊，桓溫大敗，死傷三萬人。
桓溫北伐
桓溫屢次北伐，是希望先建功，然後受九錫，再接受禪讓稱帝。然而現實是北伐屢次失敗，聲望和實力都減弱了。於是他又開始玩政治，效仿伊尹和霍光行廢立之事，希望通過廢立來增加自己的權威。371年桓溫廢司馬奕另立司馬昱，自任大司馬專權。之後開始清除異己，宗室司馬晞、司馬晃被廢為庶人，潁川庾氏基本被誅殺殆盡。一切準備就緒只等九錫和禪位了，但是身患重病的桓溫沒有時間了，在謝安的拖延中病死。桓溫死後弟弟桓衝接替其位，但是桓沖和桓溫不一樣，桓衝一心效忠王室，自願讓出位置給謝安。其後桓衝駐守荊州，直到去世。桓衝之後桓家再度崛起是桓溫的兒子桓玄，桓玄起初不受重要，後來憑藉自己的能力和手段掌控了荊州，桓玄乾脆的多，直接在荊州起兵最後滅了東晉自己當皇帝。後來劉裕起兵推翻桓玄，桓氏一族基本都被殺了，桓家煙消雲散。
陳郡謝氏
跟桓家基本同時崛起的是謝家，只不過謝家在桓溫的光芒下，不怎麼起眼。桓溫很看中謝安，最後拖著不給桓溫九錫的就是謝安。謝玄曾經進入桓溫的幕府為司馬，深得桓溫器重，被認為是大將之才。淝水之戰後謝家可謂一飛沖天，此戰後方總指揮是謝安，前方領兵作戰的是謝玄、謝石、謝琰等。謝家一門成了淝水之戰的主角，一門好幾個功臣，此後謝家一直是江南的頂級士族，可以說比皇族還高貴。謝家子孫眾多，名人也很多，比如劉宋時期的謝靈運、謝晦。雖然在後世的動亂中多有被屠殺，但是謝家始終屹立不倒，直到侯景之亂，跟琅琊王氏一樣因為拒絕侯景的聯姻，被報復性的屠殺，從此退出政治舞臺。
淝水之戰
太原王氏
五大門閥最後登場的是太原王氏，和前面四大家族不一樣的是，太原王氏是依附於皇權和相權的。太原王氏以王述、王坦之、王國寶祖孫為代表，王述、王坦之鋪路，王國寶表演。王述做到了尚書令，王坦之做到了中書令。王坦之曾經和謝安一起抑制過桓溫。王國寶雖然是謝安的女婿，但是他趨炎附勢、溜鬚拍馬。謝安非常厭惡他，一直打壓他。直到謝安去世，司馬道子掌權，王國寶才迎來了出頭的機會。他很快攀附上了司馬道子，王國寶貪汙納賄，目無王法，是個公認的奸臣，他給司馬道子出主意，要削弱地方勢力，用自己人控制重要藩鎮。結果同出為太原王氏另一支的王恭起兵，逼迫司馬道子處死王國寶和王國寶的從兄弟王緒，王恭這才退兵。司馬道子馬上又任命王國寶的二哥王愉為江州刺史來拱衛京師。王恭聯合桓玄等人再次起兵，可惜這次劉牢之倒戈，王恭被擒，王恭一族被殺。後來桓玄推翻東晉，因為是桓玄的妹夫，王愉仍然被任用，直到氣吞萬里如虎的劉裕來了，劉裕下手出了名的狠，他族滅了王愉一族，至此王國寶家族全部覆滅。