關於日本人的起源，學術界一直在關注，到目前為止出現了諸多版本的說法，但“公說公有理，婆說婆有理”，作出的解釋僅僅只是猜測，誰也不能使人們完全信服。
日本領土主要由四個大島組成，從西南到東北依次是九州、四國、本州和北海道。其人口有98%是來自大和民族，另外有200萬左右為琉球人，3萬左右為阿伊努族（常住在北海道和庫頁島），還有的是日籍朝鮮族和日籍漢族，剩下的多為外來移民。
據考古學研究，在日本列島上發現的，最早的人骨化石是生活在舊石器時代的“牛川人”，他們具有“尼安德特人”（猿人）的特徵，這也是在日本列島上發現的，最早的人類蹤跡。
那麼佔據日本絕大多數人口的大和民族是怎麼來的呢？相關專家將彌生時代人的骨骼和同時期中國東北和朝鮮半島人的骨骼進行對比研究後發現，他們的骨骼驚人的相似。這項研究表明現在日本的絕大多數居民（大和民族）是彌生時代的中國東北和朝鮮半島移民。
另外，從日本遺址出土的糧食、器皿、及其製作方法等與在中國出土的同時期的糧食、器皿及其製作方法有許多相似之處，一些物種不是日本本土有的，而是從亞歐大陸引入的，進一步證實了新石器時代的日本人是中國東北和朝鮮半島的移民。以上說法是關於日本人的起源，最具科學依據的說法。
而在上個世紀七八十年代，日本一位著名學者在調查研究後提出一個觀點，他對外宣佈：日本人的發源地是中國雲南。依據則是，雲南地區一些少數民族新生嬰兒的臀部都有胎斑，日本人在體質上所具有的胎斑淵源就是雲南。這個說法被很多人認可，後來日本一家電視臺還特地趕往雲南，拍攝了一部紀錄片《日本人起源》。
在前不久日本專家又提出了一種新的說法，他們認為中國四川涼山彝族人是他們的祖先。他們的根據是，中國四川涼山彝族人和日本人在習俗、服飾、外貌特徵等等很多方面都有相似之處，而且部分人竟能聽懂少量日語。
上述這些說法雖然都是猜測，但是或多或少都有一些科學根據。
至於民間關於日本人起源的傳說就更多了，例如我們很多人都知道的秦始皇為了尋求長生不老藥，派方士徐福率3000童男童女去往東瀛（大概是現在的日本）尋找不死丹藥，如果失敗就會嚴懲，結果當然不可能找到，為了躲避殺身之禍就定居在那，就有了以後的日本！
關於日本人的起源還有很多版本，說法不一，僅僅是起源於中國就有東北、四川和雲南三種說法。相信隨著科學的進步，這個難題最終會被解決。