棉花從出苗到現蕾的一段時間為苗期，大約經歷40-45天。此期病蟲以苗蚜和苗病為主。
1.苗蚜：當田間棉株卷葉株率達20%以上時，應立即用藥防治。可用吡蟲啉可溼性粉劑2000倍液或3%啶蟲脒可溼性粉劑3000-4000倍液噴霧進行防治。防治藥劑應輪換使用。
2.地下害蟲：小地老虎是棉花苗期的主要地下害蟲，常造成植株死亡，缺苗斷壟。發生較重田塊可用40%辛硫磷乳油500-800倍液灌根或畝用1.505粉2-3公斤拌細土20公斤撒施結合澆水進行防治，這樣可以兼治螻蛄、蠐螬等其它地下害蟲。
3.棉花苗病：苗病為土傳病害，特別是連茬棉田，土壤菌原充足，如果苗期遇到氣溫偏低，陰雨的環境條件，極易受病菌侵染，造成死苗。苗期常見的有立枯病、炭疽病、紅腐病等根病類病害，可引起爛種、爛芽、根腐、莖基腐等，還引起子葉、真葉、幼芽和嫩莖的局部壞死和焦枯。
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