忽必烈家族一系在中原大地統治近百年，就被迫迴歸草原。元順帝妥懽帖睦爾帶領家族繼續以"元"為國號統治北方大部分地區（史稱北元）。但這一狀態並沒有持續多久，黃金家族忽必烈一系在北方草原的統治開始崩潰。原因是多方面的，除了明軍的打擊外，還有一點較為重要的是黃金家族的親戚瓦剌作為重要的蒙古勢力的崛起。從此北方草原西部瓦剌和東部黃金家族後裔的韃靼開始爭霸。

北元

草原分裂

忽必烈一系雖至北方，統治大部分地區。可北元統治並不穩固，內部的爭權奪利，鄰居的虎視眈眈，明朝的北征都無時無刻不打擊著北元。

公元一三八八年，朱元璋讓藍玉領十五萬大軍北擊蒙古。這次主要目標就是忽必烈一系的後裔元順帝妥懽帖睦爾的孫子脫古思帖木兒，此役直接摧毀了北元最後的統治。北元的失敗最重要的影響就是忽必烈一系作為蒙古大汗的繼承者地位受到質疑，蒙古內部分裂情況越來越明顯。

公元一三九九年，窩闊臺系後裔鬼力赤直接宣佈不滿忽必烈後裔額勒伯克（蒙古大汗）的統治，帶兵直接幹掉了他。鬼力赤獲得這一時期蒙古的最高統治權，成為大汗，並且鬼力赤的統治也得到明成祖朱棣的承認。

靠政變上臺的鬼力赤地位並不穩固，也在政變中失去汗位和生命。一四零八年，蒙古阿蘇特部當家人阿魯臺和衛拉特（瓦剌）首領馬哈木聯手殺了鬼力赤。阿魯臺迎接額勒伯克的兒子孛兒只斤·本雅失裡為新一任蒙古大汗（主要東部蒙古，即韃靼）。

東部蒙古忽必烈一系重新統治，引起了明成祖朱棣的擔憂，畢竟之前內亂的東部蒙古好控制一些。雖然瓦剌首領馬哈木和阿魯臺共同合作幹掉了鬼力赤，但馬哈木一直與明朝保持很好的友誼，而且友誼的小船航行較為穩定，可以說瓦剌在這一時期依靠強大的明帝國這根大樹好乘涼。

阿魯臺和本雅失裡不願意向馬哈木那樣臣服明朝，這讓明成祖朱棣很生氣。永樂大帝一生氣，後果很嚴重。第一期，十萬大軍開赴北境，但這這一期征戰結果不如意。明軍因指揮不當，加上輕敵，結果基本全軍覆沒，主將丘福戰死。第一期的失敗，讓軍事素質極高的明成祖朱棣震怒，親率五十萬大軍進行討伐。

第二期的對決在斡難河草原展開，這一次沒有意外，明軍直接擊敗本雅失裡和阿魯臺。一四一二年，明朝的的小夥伴瓦剌殺了本雅失裡，瓦剌得到明朝的扶持，迅速成為草原的最大勢力。

瓦剌

與明朝關係變化

瓦剌實力一增強，就忘了誰成就了它的今天。開始與明朝撕破臉，瓦剌部南下侵擾大明的疆土，在這件事上，朱棣沒有慣他。直接將瓦剌打回原形，首領馬哈木投降謝罪。

瓦剌式微，阿魯臺趁機進攻瓦剌，從一四一六年到一四一九年，瓦剌和代表韃靼的阿魯臺互有攻伐，也互有勝負。而在這期間瓦剌的首領換成了馬馬哈木的兒子脫歡，經過潛心發展，並得到明朝的支持，在一四三四年，徹底清除了阿魯臺的勢力。

至此瓦剌成為再次成為草原霸主，控制著蒙古諸部。脫歡為了讓自己統治合法化，找了一個名叫脫脫不花的成吉思汗後裔作為大汗，而自己就做大汗背後的"男人"。

當瓦剌實力進入前所未有的暴漲期時，曾經按耐不住的野心又一次暴露出來。脫歡死後，他的兒子也先（額森）成為瓦剌新一任當家人。也先憑藉父輩留下的強盛基礎，帶領瓦剌走向巔峰。

也先內心慾望在膨脹，把目光投向了明朝。一四四九年，也先借機找到藉口，發動戰爭。此時明朝是明英宗朱祁鎮在統治，朱祁鎮在太監王振的攛掇下親征。可是朱祁鎮不是朱棣，也註定悲劇。

明軍與瓦剌雙方對決於土木堡，此次明軍慘敗，連御駕親征的明英宗朱祁鎮都被俘了。這也是明朝歷史上的"土木之變"。瓦剌雖然取得勝利，但是奈何明朝堅決的抵抗態度和強大的實力，也先只能放回英宗，重新恢復關係。在《明史》中這樣記載：

“庚申，瓦剌兵大至，恭順侯吳克忠、都督吳克勤戰沒，成國公朱勇、永順伯薛綬救之，至鷂兒嶺遇伏，全軍盡覆。辛酉，次土木，被圍。壬戌，師潰，死者數十萬。英國公張輔，奉寧侯陳瀛，駙馬都尉並源，平鄉伯陳懷，襄城伯李珍，遂安伯陳壎，修武伯沈榮，都督樑成、王貴，尚書王佐、鄺野，學士曹鼐、張益，侍郎丁鉉、王永和，副都御史鄧棨等，皆死，帝北狩。”

土木之變

瓦剌的衰落與韃靼短暫的一統

在明朝恢復關係後，也先把注意力放在了脫脫不花這位由他們瓦剌部所立的大汗身上。瓦剌立脫脫不花最主要的目的就是取得成吉思汗的血統，為其在蒙古草原上的統治披上一層合法的外衣。

可脫脫不花也是條漢子，作為黃金家族後裔的他就是不同意。沒有耐心的也先直接武力趕他下臺，自己直接上，自任大汗。好景不長，也先在內部矛盾激化中被殺，瓦剌開始走向下坡路。但此時乃至後期很長一段時期，瓦剌仍是蒙古高原西部最強大的勢力。

一四七零年，混亂的東蒙古草原（韃靼）迎來新的契機。黃金家族歷經瓦剌統治後，能繼承大汗位置的順位繼承人不多了，此時一個小孩成為重點關注對象。不僅因為他是黃金家族的後人，更因為前蒙古大汗滿都魯之妻滿都海賽音改嫁於他（滿都海賽音比這哥們大的不是一點點）。達延汗，成吉思汗直系後人，蒙古新一任大汗。

在滿都海賽音和達延汗的努力下，東蒙古諸部重新彙集在大汗麾下。黃金家族再次統一蒙古（主要指東蒙古，蒙古中心），韃靼左翼由可汗直接管理，右翼由可汗親屬管理。似乎曾經強悍的帝國又要閃現。

看似強大的汗國，在達延汗死後，又一次陷入分裂與內亂之中。達延汗在世時，韃靼右翼歸其子巴爾斯博羅特管理。故在其去世後，該地區一直由巴爾斯博羅特一系掌管。而在巴爾斯博羅特一系中，又數他第二個兒子俺答最強（土默特部），俺答逐漸吞併各個部落，勢力不斷擴大，連蒙古大汗都要避其鋒芒，遷地讓他。

達延汗

蒙古大汗的消失

俺答勢力增強後，也幹了一件和瓦剌首領也先一樣的事，就是發兵入侵明朝。此次明軍跟上次在土木堡的變化差不多，俺答所部圍困明帝都，後也是沒有討到什麼便宜，加上明朝答應與其通商，才撤軍。這次事件也有個名——庚戌之變。

土默特部獲得明朝的承認，給予其政治經濟地位。而真正的蒙古汗所部也想取得和土默特一樣的待遇，奈何明朝不願意，於是戰爭又起，而蒙古內部內亂四起，蒙古大汗變成了真正的名號。

在蒙古內亂和明朝衰落之際，東北的女真人開始強大起來。蒙古諸部成為滿族政權後金發展的重要對象。當韃靼（東蒙古）的最後的大汗孛兒只斤·林丹巴圖爾在抵抗後金死後，其子女和他的老婆們全部歸順後金。且後金與其進行全面融合，具體表現就是男的娶後金的宗室女子，女的嫁給後金宗室，皇太極帶頭娶了兩位林丹巴圖爾的老婆。

後金不但得到蒙古大汗的家族而且還是得到其部族及財產。陸陸續續東蒙古（韃靼）大部分部族都歸降後金（清），蒙古大汗傳承終止。

庚戌之變

從元順帝丟掉大都到孛兒只斤·林丹巴圖爾死，蒙古大汗的傳承又進行了兩百六十多年。基本與明朝存續時間相同，而在這兩百多年延續時間中，蒙古諸部與明朝的關係複雜而多變，成為明朝在後金為崛起之前，北部最大的敵人。

蒙古草原大部分時間由西部的瓦剌（衛拉特）和東部韃靼（黃金家族）分而統治。瓦剌依靠明朝而強大，但是也因明朝而衰落，加上其並不是真正的黃金家族蒙古人，故就算在其勢力最強時期，也沒有得到全蒙古部族的承認。

而被明朝稱為韃靼的東蒙古一直內亂不止，汗位更迭頻繁，不斷受到瓦剌影響，更受到明朝的影響。雖然在達延汗期間得到短暫統一，可是隨即又陷入分裂時期。大汗的權威不斷受到挑戰，最終形同虛設。

明朝的衰落和後金的崛起又一次決定了東蒙古的命運。當最後的蒙古大汗家族率領全族與後金政權進行融合時，以黃金家族忽必烈一系的傳承的政權消失。

總之，當元朝勢力退回草原後，內亂和明朝的打擊就不斷，使蒙古草原處於長期的混亂之中，混亂的草原總會引起別人注意。

三方勢力

“韃靼地，東至兀良哈，西至瓦剌。當洪、永、宣世，國家全盛，頗受戎索，然畔服亦靡常。正統後，邊備廢弛，聲靈不振。諸部長多以雄傑之姿，恃其暴強，迭出與中夏抗。邊境之禍，遂與明終始雲。”——《明史》