雖然黃花梨這個名稱一直被人們使用著，但不得不說，它只是一個不規範的名稱。因為從植物學上去探究，它並不是這個學名，而只是一個“俗稱”，屬於約定俗成的一種。
眾所周知，我國出產黃花梨木的地方叫黎山，而當地的居民稱為黎族人，因此，可能有些朋友會這樣認為，黃花梨應該叫“黃花黎”，並通過植物學和地理學去舉證，希望能將黃花梨從為數眾多的花梨木中分離出去，避免大家將其與花梨木混為一談。
史料記載，黃花梨曾有過多種名稱，如：降壓木、花狸、花櫚、降香、花黎、香紅、香枝、海南檀等，並有很長一段時間與“花梨”相混稱。
依據當代國標紅木分類，花梨木類為紫檀屬，而黃花梨，亦就是降香黃檀則為黃檀屬，兩者之間可謂涇渭分明、互不相干。但由於二者外貌很相似、造成容易混淆的局面，前人為了將兩者區分開來，不得已而為之，只能將花梨木稱為新花梨，將黃花梨稱為老花梨。
在1984年以前，人們通常將海南黃檀統稱為黃花梨。而其中的海南黃檀又分為兩種：一種心材較大，幾乎佔整個樹徑的五分之四，且多呈深褐色，邊材多為黃褐色；另一種心材佔其樹徑的比例較小，且多呈紅褐至紫褐色，邊材多為淺黃色。海南當地人把前者稱為“花梨公”，把後者稱為“花梨母”。直至1984年，專家對海南黃檀進行了重新定義，“花梨公”依舊稱謂海南黃檀，而“花梨母”則稱謂降香黃檀。
時至2000年5月，《紅木國家標準》頒佈實施，降香黃檀被歸為黃檀屬香枝木類，從那時起，黃花梨又多了一個別稱——香枝木。
一直以來，對於黃花梨一詞源於何時，眾說紛紜，莫衷一是。較流行的說法有兩種：一種可追溯至20世紀30年代，當時由著名學者樑思成等組建的中國營造學社在研究明、清傢俱時，為了將新、老花梨區別開來，便將老花梨冠之以“黃花梨”的稱謂；另一種可追溯至民國時期，由於當時有大量的低檔花梨進入市場，並被普遍使用，人們為了便於區別，才在老花梨之前加了“黃”字，從而使老花梨有了一個固定的名稱——黃花梨。
據史料求證，如唐代陳藏器的《本草拾遺》、李恂的《海藥本草》，明代王佐的《新增格古要論》，清代谷應泰的《博物要覽》等著作裡，都不曾有“黃花梨”一詞出現。而在這些著作中，花梨與黃花梨是沒有做區分的。提到花梨，也只是籠統地說其出自南番、安南及海南。
直至清朝光緒年間，有史料記載，《大清德宗皇帝實錄》：“（光緒二十四年九月）慶親王奕劻等奏，吉地寶龕木植漆色，請旨，遵行得旨，著改用黃花梨木，本色罩漆。”
慶親王奕劻上折的時間是光緒二十三年，也就是公元1897年，綜上所述，這可能就是關於“黃花梨木”在歷史文獻中出現得最早、最明確的記載了。