鄭成功是我國偉大的民族英雄，他以金廈兩個小島的彈丸之地對抗強大的滿清帝國十餘年，後又率軍跨海東征，一舉擊敗當時號稱“海上馬車伕”的荷蘭殖民者，收復了被荷蘭殖民者侵佔達38年之久的祖國寶島臺灣。他的偉大的歷史功績至今仍為人們所傳頌。鄭成功之所能夠取得這麼偉大的成就，這與他強大的水軍力量十分不開的。
鄭成功最初起兵海上，人數較少，只設親丁、戎旗、護衛、樓船諸鎮，其中樓船就是專門的水軍編制。可見早在鄭成功起兵之初就對水軍的建設非常重視。後來隨著他軍事實力的不斷壯大，他的軍隊編制也逐步完善。鄭成功水軍的編制與當時明朝有所不同，明朝的基本兵制是衛所制。所謂衛所制就是根據因防設衛的原則，“度要害地，系一郡者設所，連郡者設衛”。具體地說就是在交通樞紐，位置重要的城鎮設衛；在小島和關隘路口等設千戶所；在不能容兵多的險隘設百戶所。一般每衛分前、後、左、右、中五個千戶所，每個千戶所下面設十個百戶所，每百戶所轄兩個總旗，總旗下又有五小旗，每旗十人。而明代的水軍雖然在宋、元的基礎上有了很大的發展，但是明代的水軍其獨立的單位還僅限於水寨以下，而沒有獨立的水軍衛所。水軍部隊都是納入衛所之中，受當地防區指揮官的指揮。按照衛所制的規定部隊都是平時在衛所訓練、屯墾，戰時則抽調組成戰鬥部隊。後來到了明中後期，衛所制逐漸衰敗，衛所戰鬥力減弱，且兵源難以為繼，於是出現了募兵制。鄭成功的軍隊就是由招募而來，由於招募來的士兵良莠不齊，所以鄭成功特別注重平時的訓練。他認為“選將練兵應精益求精，„„此為制勝要著。”
於是鄭成功嚴格訓練部隊，親自督導官兵操練，特別重視水軍的水戰和陸軍的登陸作戰訓練，經過嚴格的訓練，使鄭成功擁有了一隻具有強大戰鬥力的水軍。當時有人目睹了鄭成功水軍訓練的場面後寫到：“舳艫陳列，進退以法，將士在驚濤駭浪中，無異平地，跳躑上下，矯捷如飛。”
鄭成功軍隊編制採用五五制。他首先設五衛親軍，即左武衛鎮、右武衛鎮、左虎衛鎮、右虎衛鎮和鑾儀衛。 親軍之外設前、後、左、右、中五軍，這五軍是作戰的主力部隊，每軍設提督一名，負責征戰事宜；另設總理監營一名和左右協理監營各一名，負責對軍紀的監察。 軍下為鎮，有五常鎮、五兵鎮、五行鎮、五援鎮、五衝鎮、五宣鎮，水師前、後、左、右、中、一、二、三、四、五鎮，果毅左右先鋒、中權前鋒、後勁、內司、中司、火器、神器、神祧、驍騎、鐵騎等鎮，另還有二十八宿營。每鎮設鎮將一名，統領全鎮，監督、監營、督陣官、戎政司馬各一名協助鎮將。 鎮下為協，每鎮分前、後、左、右、中五協，由協將統領。每協設正領班五名，副領班十名，副領班轄班長一名，衝鋒官一名，班長、衝鋒官各統領士兵五十名。 除了水師每鎮的兵力之外，每艘大艦另配士兵四十名，中艦配二十名，小艦配十名。以備登陸戰鬥之用。 由鄭成功的軍隊編制我們可以看出，鄭成功軍隊的水軍不僅有獨立的編制，而且佔了軍隊很大的一部分。除此之外，在水軍獨立編制之外，每船再配一定士兵配合登陸作戰，可見鄭成功對水軍十分重視，使水軍成為他軍隊中的骨幹力量。
“鄭成功以舟師雄長海上”他的水軍戰船有大熕船、水艍船、犁繒船、沙船、烏尾船、烏龍船、銃船、快哨等。其中大熕船和水艍船是仿照西洋船和福船的特點製造的，這種船寬兩尋，高八九尋，吃水一丈二尺，可以容納三百名士兵，船上施樓櫓，以鐵葉包裹，外掛革簾。中間鑿風門，用來放置炮弩，旁邊設水車兩乘，激輪如飛，推動前進，不怕風浪；犁繒船和沙船，吃水七八尺，可以容納士兵一百名，每船都裝置遠射程大炮，便於大海戰鬥之用，在水戰中是主力戰艦；烏尾船、烏龍船、銃船，吃水六七尺，可以容納五十名士兵，便於海上近距離攻擊，或者作為引港之用；快哨吃水不深，兩旁設十六槳，旋轉便捷，移動迅速，便於偵查、通信和裝載陸師登陸之用，是水師的輔助戰艦。
從明朝開始火器被更多的運用於軍隊之中，鄭成功的水師也大量配置了銃炮等火器。他從荷蘭人那裡取得箭標和火藥，從日本人那裡取得鉛銅、大熕和鹿銃，然後設置專門的部門造大熕、靈熕、連環熕、百子熕、攻城大銃、神機銃、千花銃、百子花釬銃、鳥槍鹿銃、連珠火箭噴筒、火罐等。大熕又稱鬥頭熕，放置於戰船前部，靈熕放置於戰船尾部，連環熕、百子熕置於船腰。攻城大銃重千斤，用於攻堅戰。
鄭成功自幼生長於海上，他清楚的認識到與清軍作戰“彼弓馬嫻熟，若欲陸戰，人馬馳驅，誠恐勝負未卜”①，他的軍隊與清軍相比優勢在於水軍，而船艦武器則是取得勝利的重要物質條件。於是自起兵之後，他就不斷地積極進行督造，最初只有十六艘船艦，經過多年的發展，鄭成功水軍已經擁有了相當數量的戰船，形成一定的規模。而且船隊中有指揮船、戰船、偵察船、運輸船等各種船型，還配備有一定數量的火炮、火銃等先進火器，形成了一支有他自己特色且極具戰鬥力的強大水師。
下面我們來看一看鄭成功水軍的一些戰役。
1651年2月，清軍提督馬得功趁鄭成功率兵外出之時，派水師偷襲廈門。當時廈門守將鄭芝莞驚慌失措，居然拋下部隊不戰而逃，使得清軍在島上大肆掠奪。後水軍將領施琅、鄭鴻逵率戰船火速回師廈門，大敗馬得功率領的的清軍，重新佔領廈門。同年5月，鄭成功率軍在漳浦南溪登陸，清軍守將派兵前來阻擊，結果清軍大敗而歸。福州清軍得知鄭成功出擊漳浦，遂派水師在同安、長泰海域集結，進襲廈門。鄭成功的水軍將領陳輝指揮數鎮戰船，在崇武所海面上截擊清軍水師，一舉殲滅清軍水師前隊。後面的戰船均不敢再戰，回駛靠岸，還有很多官兵棄船而逃，戰船都成了鄭成功水軍的戰利品。
1652年，鄭成功率水軍進攻當時清軍福建水師的基地——海澄，大批鄭軍水師戰船佈滿了海澄附近海面，清軍一觸即潰，逃往內河。接著，鄭成功水師掩護步兵登陸攻城，迫使清軍投降，從此海澄易主，成為鄭成功水師基地之一。
1656年，清軍大舉進攻福建沿海地區。鄭成功利用自己部隊水戰的特長，引敵入海殲之。他在廈門周圍的海面部署了大批戰船待機出擊。當清軍乘船渡海進攻廈門、金門的時候，鄭成功立即命令部將帶領水師迎戰，各路戰船如蛟龍出海，撲向清軍。很快清軍戰船損失過半，潰兵上岸狂奔逃去。
1657年至1659年間，鄭成功曾先後三次出兵北伐，其中第三次一路連克瓜州、鎮江等重鎮，攻到南京城下，圍困南京城。後被清軍大量援兵趕來襲擊，鄭軍傷亡慘重。鄭成功見形勢不利，被迫命令倖存官兵全部撤離，後退回廈門。
1660年5月，清軍企圖利用鄭成功北伐失敗，實力受損的機會，徹底消滅鄭成功的勢力。清軍從江南、浙江、廣東及福建等各地徵調了大量戰船，準備同鄭成功水師一決雌雄。5月10日清軍開始對鄭成功軍隊發起進攻，鄭成功的水軍雖然在北伐中損失巨大，不過仍保存了一定的力量。鄭成功當機立斷，決定在海上與清軍決戰。清軍水師同鄭成功軍隊首先在海門一帶海面交戰。清軍攻勢凶猛，以數船攻一船的戰術，一度得手。使得鄭成功先鋒船隊失利，水軍將領周瑞、陳堯策等陣亡。在此危急時刻，鄭成功水軍將領陳輝帶領另一支精銳船隊趕來參戰。鄭成功水軍利用自己火器上的優勢，不斷向清軍戰船發射火箭，投擲燃燒物，一些清軍戰船被擊中起火。還一些戰船滿載火藥，當清軍水師圍上來時，船上的官兵就泅水撤走，又最後離船者點燃藥捻，將船引爆，以一船換取清軍數船。鄭軍大戰船還利用風向，用堅固的船首猛撞清軍戰船，清軍水師被衝得潰不成軍，加上清軍水兵很多本不習在水上作戰，風浪一起，很多官兵頭暈目眩，很多人棄船而逃。就這樣，鄭成功取得了廈門保衛戰的勝利，使清軍在較長的一段時間內不敢同鄭成功水師在海上交戰。
1661年4月，鄭成功率領大軍從金門出發東征臺灣，並利用天文大潮使船隊順利進入臺江，在海上與荷蘭殖民者進行了一次激烈的海戰。由於裝備上的劣勢，鄭軍採用分而合擊的戰術，將荷軍的戰船圍住，用鐵鏈扣住荷艦船頭的斜桅，在鐵鏈上澆上火油引燃，去燒荷艦的桅杆，有的士兵登上荷艦甲板，與敵人展開肉搏戰，十分英勇。荷蘭殖民者驚慌失措，慌亂間主艦“赫克託”號的彈藥庫起火爆炸，船上荷蘭殖民者都葬身大海。其他戰艦見勢不妙，立即撤退。鄭軍取得了首次臺海大戰的勝利，這次海戰的勝利對鄭成功之後收復臺灣有著非常重大的意義。
從鄭成功與清軍的對戰我們可以看出，鄭成功的水師佔有絕對的優勢，與清軍作戰勝多敗少。而且跨海東征臺灣，打敗了當時船堅炮利的荷蘭殖民者。這些都說明了鄭成功在很早的時候就認識到自己的優勢，“我師得力，全在水師”。清朝水師只是一些半桶水，加上後來根本就不吸取教訓從而加強水師建設,慈禧太后竟然剋扣水師軍餉拿去慶賀生日，終於在甲午海戰輸給小日本，讓中國開始蒙受近代的百年屈辱。