日本農業以小農經營、精耕細作為特點，不僅體現在作物管理上，還體現在土壤培育上，且這一方法在100多年前就已經普及。
【1】草木灰
為了獲取更多用於耕地的可溶性鉀，日本的做法是將不少於15.66萬噸的純硫酸鉀和草木灰一起施用，平均每英畝23磅，而每英畝施用的石灰碳酸鹽則大約是62磅。而森林一直都是提供草木灰的園地。
【2】綠肥
除此之外，還有一些土地也為耕地提供了綠肥和堆肥的材料，主要是佔耕地總面積20%的山地。在這些山地上覆蓋著大片植被，面積大約有2552741英畝。植被每季至少會被砍伐三次，在1903年的時候，每英畝的植被產量就達到了7980磅。第一次砍伐的植被主要是作為綠肥被施用於稻田中，這些植被放在水稻植株中間，並被踩進泥土裡。
農民下田時會隨身攜帶一個籃子和一把鐮刀，無論走到哪裡都會隨時砍下一些植物，將它們帶到稻田裡使用。農民在一個地方只放一把植物，再拿手指將植物撥弄平整，然後再用腳將這把植物踩進地下，再用兩手將稻葉上的淤泥抹去，並且將七倒八歪的水稻扶正。在第二遍踩踏之後，這些植被才完全沒進泥裡，水稻列與列之間間距約為一腳，而每列水稻與水稻之間都有一個大約9到10英寸高的壟，每道壟都要用雙手抹過。
【3】堆肥
在日本，第二和第三次從山地上割來的草主要是用於調製秋季或下一季初期要施用的堆肥，有時農民會從牧場砍伐，但主要砍伐的是山地上的植被。種植在山地上被人們砍伐的將近1018.5萬噸的草為耕地提供了許多的有機質，在燃燒成灰之後也有利於增肥土壤。生長在一些村莊附近的野草是村民的公共資源，人們可以隨意砍伐，但只允許在一個固定的時間內，而且在一個區域內可以砍伐的數量也是有限的。因為農民們已經清楚的認識到，不斷砍伐山上的植被，必然會造成山地土壤流失，最終會減少植被的數量。所以在後來，日本建了許多堆肥房，取代對綠植的砍伐。
這種堆肥房可為兩英畝半土地供肥，地坪的面積是12英尺寬、18英尺長，因為是由粘土、石灰和沙子混合而成的，所以不會漏水。牆壁是用泥土砌成的，大約一英尺厚。屋頂是由稻草鋪成，能夠堆放16到20噸的堆肥。在堆肥製作的過程中，每天都會有一些材料被運來，然後他們會被鋪放在地板的一邊，堆至5英尺高，這些材料達到1英尺厚時，其表面會被鋪上一層1.2英寸厚的土壤或泥漿，然後重複這種做法，直至5英尺高。堆制過程中還會往堆肥中加一些水以保持溼潤，並且還將室內溫度一直保持在低於人體體溫的水平。如果是在夏季，做好堆肥之後還要在原地放置5個星期，冬季的話放置7個星期。
日本農產品的高品質與肥沃的土壤是分不開的，用自制堆肥取代化肥的方法，現在很多農戶仍在使用，雖然它在100多年前就已經被使用，但放在今天，仍然是先進的種植技術之一。