九十年代中後期開始，全國掀起了院校合併大潮，南開大學當然希望能搭上這趟車補足短板，只是由於種種原因，沒有能達到目的。
1994年10月14日，國家教委和外經貿部簽署《關於天津對外貿易學院併入南開大學議定書》，正式決定天津對外貿易學院併入南開大學。 組建南開大學國際商學院，設三系一所，即國際經濟貿易系、國際企業管理系、對外貿易外語系和國際經濟研究所。1996年，南開大學國際商學院遷入南開大學本部（八里臺校區），後更名南開大學商學院。設外貿外語、外貿經濟、國際企業管理3個系。分設外貿英語、外貿日語、國際企業管理、外貿統計、國際貿易、工業外貿6個專業。
2010年5月14日，國家旅遊局與南開大學今天簽署了全面合作的框架協議，同時宣佈中國旅遊管理幹部學院整建制劃轉南開大學，南開大學旅遊與服務學院成立。1981年，國家旅遊局和南開大學即聯合創建旅遊學系，在教育部直屬院校中第一個開創旅遊專業。此次劃轉，提出面向新時期我國旅遊業發展對科研和人才的需求，重新規劃學科戰略，在旅遊企業、旅遊市場、旅遊生態、旅遊信息、服務與休閒等五個方向上凝聚力量，不斷提升科學研究與人才培養。
南開大學醫學院於1988年開始籌建、1989年開始招生、1993年經國家教委批准正式成立，但南開大學醫學院並沒有屬於自己的附屬醫院，只是和其他醫院“聯合辦學體制共享”，一度盛傳南開大學合併天津醫科大學，但最後沒能成功，天津醫科大學與天津第二醫學院合併，曾經擁有內分泌學泰斗朱憲彝、國內腫瘤內科治療學開拓者金顯宅、中西醫結合領頭人吳鹹中等大牌專家，並最終獲批211。南開、天大合併的消息也多次傳出，最終兩個挨在一起的學校，只是一小段兒圍牆拆了，建了一個大門，提出有些課程可以共享。同時期，北大合併北醫，復旦合併上醫，上海交大合併上海第二醫學院，浙大合併杭大、浙醫、浙農，山東大學合併山東醫大、山東工大，華中科大合併同濟醫大、武漢城建……
而南開大學兩次“成功”的合併操作，基本都在商科的應用領域，對本來就規模小、醫科、工科弱的現狀沒有改變。自此，南開大學在激烈的競爭中“爆發力”不強勁，合併大潮之後，南開在全國大學排名成了邊緣前十的尷尬地位。