第一集
司禮監和內閣召開御前會議。嚴黨和清流們正在為上一年財政超支的事情爭論不休，場面愈發不可收。嘉靖皇帝從帷帳後面悠然的走出來，一邊走向龍案，一邊吟了一首詩：“練得身形似鶴形，千株松下兩函經。我來問道無餘說，雲在青天水在瓶。”嘉靖皇帝對龍案下的太監和大臣們說：“朕剛才唸的是唐朝詩人李翱的問道詩。朕最喜歡的就是最後一句，‘雲在青天水在瓶。’你們這些人，有的是雲，有的是水，所做的事情不同而已，都是忠臣，沒有奸臣。”
這首問道詩題目是《贈藥山高僧惟儼》，是唐代詩人李翱任澧州刺史時，寫給他的好友惟儼和尚的。當時，李翱初到任上，聽說當地有一位得道的高僧叫惟儼，於是興致勃勃的去拜訪惟儼。哪知道惟儼見到李翱也不搭話，兀自設壇講法。李翱很不高興，一邊扭頭要離開，一邊憤憤的說：“真是見面不如聞名！”惟儼心平氣和的問李翱：“太守為何貴耳而賤目？”李翱聽後折返回來，虛心向惟儼請教：“何為道邪？”惟儼指指天空又指指淨瓶回答說：“雲在青天水在瓶。”
水在天上便化作雲，在瓶中就成為水，雲和水不過是水在自然界的兩種狀態。只要能認清本源，無論是飄動的流雲還是恬靜的止水都是可以相通的。所謂的“道”就是自然，自然就是本源。嘉靖皇帝用這首問道詩，表面上如他所表達的那樣，嚴黨和清流，還有司禮監，都是忠臣，沒有奸臣，暗地裡包含著對他們相互推諉的不滿。他是藉此警告內閣和司禮監都要恪守本分。
第四集
杭州知府馬寧遠欺瞞胡宗憲，帶著淳安、建德兩知縣偷偷搗毀了河堤，洪水瞬時淹沒了兩縣的田地。面對胡宗憲的責問，馬寧遠居然說是“知不可為而為之”。胡宗憲強忍著內心的憤怒訓斥馬寧遠道：“平時叫你讀《左傳》、《通鑑》，你不以為然，叫你讀一讀王陽明的書，你更不以為然。還說什麼半部《論語》可治天下！現在我問你，孔子說的‘知不可為而為之’是什麼本意?”馬寧遠自慚形穢的低下頭，胡宗憲頓了頓又繼續斥道：“孔子是告訴世人，做事時不問可不可能，但問應不應該！毀堤淹田，傷天害理,上誤國家，下害百姓，也叫‘知不可為而為之’？”
“知不可為而為之”出自《論語·憲問》，原句是“知其不可而為之！”《論語》裡有這樣一則故事：孔子的弟子子路有一天夜裡，借宿一座石門。看門的老大爺問他從哪裡來，子路回答說，是從孔老師那裡來的。看門的人一聽又問：“你說的孔老師，是那個明明知道做不成也一定要做的人嗎？”孔子的“知其不可而為之”是一種執著的態度，人要有一點鍥而不捨的追求精神，許多事情都是經過艱苦努力和奮鬥而得來的。馬寧遠顯然誤解了這個道理。
還是第四集
嚴嵩看到毀堤淹田的供狀，鼻子都氣歪了。嚴世番、羅龍文和鄢懋卿還慫恿嚴嵩要在皇帝面前硬頂。其實楊金水已經把毀堤淹田的真相合盤告訴了嘉靖。對於嚴黨滅絕人性的行徑，嘉靖皇帝的內心是明白的，不過這個時候查毀堤淹田，改稻為桑就會成為泡影，國庫就會依然會空虛。於是他揣著明白裝糊塗地寬慰嚴嵩道：“《道德經》第五十八章有云：‘其政悶悶，其民淳淳，其政查查，其民缺缺。……人之迷也，其日故久。’是寬亦誤，嚴亦誤，豈百姓迷哉，朕亦迷也，爾等不迷乎？”
《道德經》的那幾句話的意思是：朝廷的政策寬厚、鬆弛，百姓的民風就淳樸；朝廷的政策苛刻、嚴明，百姓的奸偽。其後緊接著就是大家都熟悉的“禍兮，福之所倚；福兮，禍之所伏”。“人之謎也，其曰故久”的意思是人們的迷惑由來已久。這是嘉靖不想細查毀堤淹田的事情而給自己找的藉口。《道德經》是老子的經典著作，是道家哲學思想的重要來源。道家崇尚黃老，講求無為而治，在治國上推行於民休養生息的政策。嘉靖皇帝明為休養生息，實則是姑息養奸。
第九集
沈一石一招“美人計”，迫使新任杭州知府高翰文在富戶賤買災民田地的約書上簽字。眼看高翰文不得不就範，王用汲挺身而出，向在堂的諸位官僚算了一筆賬，受災的百姓無論如何都無法度過災年。王用汲悲憤地對堂上諸公說：“孟子曰‘禹思天下有溺者，猶己溺之也；稷思天下有飢者，猶己飢之也’，各位大人，你們手中的這支筆繫著幾十萬災民的性命，己溺己飢，望大人慎之。”說道此處已經潸然。
“禹思”兩句，出自《孟子·離婁下》。意思是，大禹想到天下有溺水的人，就好像自己也溺水一樣；穀神聽說天下有捱餓的人，就好像自己也捱餓一樣。王用汲是借孟子的話來提醒高翰文和堂上諸公，要對災民的困苦感同身受。孟子的治國思想一致被明朝士大夫推崇，孟子認為“民為貴，社稷次之，君為輕”。這與嘉靖的黃老之道截然相反。
第十集
江南織造局首席絲綢商人沈一石大老闆坐船去淳安縣出差，臨行之際招了四個妓女隨行。船行至江面上，沈一石出了一道題，他用白話文吟誦一首古詩，四個妓女中只要有人能猜出是古詩的名字和作者，沈一石就為她們贖身：“拂過夏水之頭而西行兮，回首不見故都之門牆。懷伊人難訴我心之哀傷兮，路漫漫不知歸於何方。借風波送我於建水至澗西，水茫茫天地一流觴。”可惜沒有一個人能回答上來。
劇中提示是屈原的詩，卻沒有明示是屈原哪一首詩。有網友猜測是屈原的《哀郢》，我細讀之後覺得《哀郢》中似乎有對應的詩句：“……夏首而西浮兮，顧龍門而不見。系嬋媛而傷懷兮，眇不知其所跖。順風波以從流兮，焉洋洋而為克。……”“哀郢”就是哀悼楚國的國都郢都。屈原不被楚王信任被貶出國都，一腔愛國熱忱化為了無限的傷痛，只能眼睜睜看它被秦國所滅。沈一石是借屈原的遭遇來抒發自己的悲哀。一個有頂戴的商人，卻被為官者操縱，成為政治犧牲品。那些妓女無法贖身確實可惜，可在官場之中沈一石何嘗不是一個“妓女”呢？
第十四集
李時珍隨譚綸一起到淳安縣給百姓治病，當他發現衙門的藥不對時就毫不客氣的潑掉了藥湯，這下可惹惱了負責煎藥的牢頭。牢頭拽著李時珍的衣領要把他關進牢房，路上正遇見了海瑞和譚綸。海瑞忙問是怎麼回事，牢頭在堂尊面前立刻轉怒為喜：“大老爺您來得正好。這些刁民真是越來越無法無天了。有句話，太尊說的好——民可使由之，不可使知之——您對他們約好，他們越發不知好歹了！”
“民可使由之，不可使知之”出自《論語·泰伯篇》，原意是讓老百姓按照官府的指引的道路走，沒有必要讓他們知道為什麼。很多人認為這是孔子愚民的政治思想，把民看作是愚昧無知的人，只可盲目服從，不可知其所以。但也有人認為這不是孔子本意，孔子作為一個大教育家，不會有讓百姓愚昧的主張，孔子的本意應該是：民可，使由之；不可，使知之。
第十七集
沈一石的賬冊被楊金水暗中送到宮裡，嘉靖皇帝看後大為吃驚。一是沒有想到嚴黨貪墨如此猖狂，二是埋怨胡宗憲身為浙直總督聽任手下官員貪汙。胡宗憲以退為進，提及之前請辭的事情。嘉靖立刻打住他的話：“不要拿請辭做藉口！什麼‘水清濯纓，水濁濯足’？這一套在我大明朝用不上，朕還不是濁世昏君。”
“水清”兩句，出自《孟子·離婁章句上》：滄浪之水清兮，可以濯我纓；滄浪之水濁兮，可以濯我足。整句話的意思是水清的時候可以洗我的帽纓，水濁的時候可以洗我的雙腳。洗帽纓還是雙腳完全取決於水的本質，可見對一件事一個人的評價是褒是貶，也完全取決於被評價人的自身。胡宗憲自然是濯纓之水，浙江那些貪墨的官員自然是濯足之水。嘉靖在這裡強調“在大明朝不適用”是在埋怨胡宗憲做事太圓滑，不肯得罪人，放任手下人去貪。
第二十八集
嘉靖一邊讓呂芳看海瑞重審鄭、何二人的供詞，一邊對他說：“百姓家常說的一句話‘幫忙幫忙越幫越忙’，第一次呈上來的供詞你不給朕看，瞞著朕跑去找嚴嵩找徐階，還捧上了一罈四十年的陳釀去勸酒，這杯酒也是你能勸得的？當時聽到你去勸酒，朕就想起了太祖高皇帝宴請功臣時說的兩句話。知道太祖爺當時說的兩句什麼話嗎？你不知道，可是嚴嵩和徐階他們知道，兩個大學士，《太祖實錄》他們不知讀了多少遍了，早就爛熟在肚子裡了。端起酒杯的時候，早就想起了太祖高皇帝說的那兩句話——‘金盃共汝飲，白刃不相饒’！有些家你能替朕當，有些家朕交給嚴嵩和徐階他們當，可大明朝最後的家還得朕來當！”
據說明太祖朱元璋有一次賜酒宴招待時任戶部尚書茹太素。席間，太祖賜給茹太素一杯酒並說道：“金盃共汝銀，白刃不相饒。”茹太素立刻聯想到太祖對功臣的殺伐手段，不由得如履薄冰。他畢恭畢敬的接過皇帝的賜酒，連忙拜倒，對太祖回答道：“丹誠圖報國，不避聖心焦。”不久以後，茹太素因事連坐被處死。
海瑞是裕王舉薦的人，也是清流在浙江的一枚重子，鄭必昌、何茂才是嚴總兒子嚴世番安插到浙江的撈錢工具。呂方把第海瑞第一次審鄭何二犯的供詞壓了下來，帶著宮中的老酒去會見嚴嵩和俆階，本意是希望二人和解，不要給宮裡潑髒水。但是這件事卻容易讓嚴、徐二人錯誤的認為這是皇帝的意思，是皇帝威脅他們不要牽扯織造局和宮裡。