他不想失去任何一個兒子，念及此，他淚染雙眸，仰天長嘆數聲，緩緩轉過頭來對秦王李世民說：“我們家族自晉陽起兵，到攻佔長安、平定中原、翦滅群雄，你出力最多、功勞最大，一直率領將士奮戰在第一線，哪裡有叛亂、哪裡有禍患你就出現在哪裡。本來起兵之時我已經承諾你‘如果起兵成功就立你為皇太子，’ 我本來也打算立你為皇太子，你當時私下推辭不接受，為了安定人心、穩定時局，因此我立你大哥建成為皇太子，當時你也沒有異議。現在太子之位已定，天下與朝野也都認可了你大哥的太子之位，我不忍心、時局也不允許輕易更換儲君之位。但是看你們兄弟終究不能和睦相處，沒有任何一個人願意真心實意接納另一個人，你們同時呆在京城，明爭暗鬥日益激烈，已經到了無法避免、無法解決的地步。我思考如今唯一的辦法就是派遣你出居洛陽，鎮守中原，自陝西以東的土地，全權由你做主，可以自己派遣官吏，可以自己設置軍隊，可以自己徵收稅賦，你也可以建立天子旌旗，就像漢朝樑孝王的故事一樣”。李世民跪在床上邊叩首邊痛哭流涕的說：“這不是我所願意的事，臣兒怎麼可以遠遠的離開父皇你的膝下”。唐高祖說道：“這也是權宜之計，你應該理解我的心意，聽從我的意見與安排，免得你們兄弟相殘，讓我痛心”，秦王勉強接受了唐高祖的意見。待到高祖回宮，秦王李世民修養了數日，病勢逐漸痊癒，於是召集手下的文武幕僚，通知他們準備整頓行裝，專門等待唐高祖的正式聖旨下達便向高祖辭行，出鎮洛陽，不料連續等了數日仍然不見任何動靜，並沒有任何正式詔書下達，連口頭的宣詔也沒有。
太子李建成與齊王李元吉聽說秦王李世民即將出鎮洛陽，私下裡又謀劃道：“若秦王到了洛陽，大權在手，局勢更加難以控制，不如讓他留在長安，尚且是一個匹夫，還可以想辦法除掉他 ”。於是命令朋黨朝臣數人向高祖上奏說：“秦王府的幕僚，聽說要去洛陽，沒有不歡呼雀躍的，秦王這一去可能脫離朝廷的控制，恐怕再也不會回來了”。猶疑不定的唐高祖聽了這些話又惶惶不定，竟後悔起來當初讓秦王出鎮洛陽的許諾了，於是將秦王出鎮洛陽的詔旨拋諸腦後。秦王李世民認為高祖一再相信太子與齊王的讒言，也深深感到自己的形式與處境孤險危急起來了。
齊王李元吉想出了一個釜底抽薪的辦法，想要招攬誘惑秦王府的驍勇悍將，讓他們為太子和自己所用。他平時最為畏懼敬服的便是秦王府中的左三副護軍尉遲敬德，這員雄烈勇武的沙場宿將不僅驍勇絕倫，身負萬夫不當之勇，更將一柄長槊使得出神入化，有百萬軍中取上將首級之能，齊王元吉勇猛過人，一直想要和尉遲敬德一較高下，結果三戰敗北，元吉自此不敢與敬德交手，但是心裡卻很畏忌。便私下裡勸說太子建成與他結交，於是太子李建成私下裡偷偷送給尉遲敬德一車金銀珠寶，尉遲敬德拜謝推辭說道：“敬德出身貧賤卑微，恰逢天下大亂，於是投身軍旅，幸虧遇到秦王，受他重用提拔，才能在朝廷為將，現在想要報答秦王的知遇之恩，尚且感到慚愧不能盡力，至於太子與齊王殿下，敬德並沒有為你們立下功績，怎麼能夠接受你們的賞賜呢？若私下裡接受了你們的賞賜，這便是有了二心。為了追尋利益而背叛自己的忠貞，恐怕殿下你也不會認同這種人啊 ”？太子李建成聽他的語氣絲毫沒有背叛秦王的意向也無話可說，只得悻悻收回送出去的財物。尉遲敬德將這件事轉告了秦王李世民，秦王說：“你的心如山嶽一般堅定，即使眼前的金銀堆積的像山峰一樣，你也不會改變自己的心志。但這恐怕不是長久平安的打算，還應該思慮謀劃一個預防的辦法 ”，尉遲敬德拱手拜辭離開了秦王府。過了幾天，果然有刺客在敬德的府門外窺視，敬德竟然打開府門，安然躺在床上一動也不動的睡覺，刺客輾轉徘徊了許久最後自己離開了。太子與齊王見刺殺尉遲敬德不成又向高祖上奏，誣告尉遲敬德有謀反的意圖，唐高祖聽從信太子與齊王的意見，居然打算殺掉尉遲敬德，幸虧秦王李世民知道後入宮向高祖求情，尉遲敬德才被免了死罪，但是卻罷官奪職，敬德只得暫時寓居在秦王府暫時落腳。
齊王李元吉又鼓動高祖下旨讓秦王府的另一名宿將程知節離開朝廷外出擔任康州刺史，程知節去見秦王世民說：“大王的肱股羽翼與親近的人如果全部被他們摧毀，我們和秦王你的命運怎麼能夠長久，知節寧願死也不去外地上任，希望秦王你早做決斷 ”。世民尚在躊躇猶疑，忽然接到朝廷的詔敕，命令房玄齡與杜如晦兩人即刻離開秦王府，於是秦王府的幕僚將領人人自危。長孫無忌是李世民的妻舅，與房玄齡是莫逆之交，房玄齡私下裡對長孫無忌說：“如今秦王與太子和齊王的的嫌隙已經到了不死不休的地步，禍亂即將爆發，不早早做謀劃，禍患會危及江山社稷；你與秦王是襟親，又是布衣之交，不如勸秦王行周公之事，保全家國，存亡安危，就在今日 ”。長孫無忌告知秦王，秦王又私下召來杜如晦商議，杜如晦也勸秦王聽從房玄齡的建議。其他秦王府的幕僚將佐如侯君集、張公瑾、秦瓊、高士廉、段志玄等人也都勸秦王速定大計。
秦王又私下裡去拜望執掌兵權的靈州大都督李靖與行軍總管徐世勣，向他們問計策尋求支持，李靖與徐世勣只與他寒暄客套，顧左右而言他的不表明態度。秦王又徵詢他們兩個人的意見，他們兩人相互沉默，一言不發，秦王只得對他們拱手行禮之後便匆匆告辭。
這時恰逢突厥兵馬來進犯邊境，太子李建成舉薦齊王李元吉代替秦王李世民統兵北上禦敵，高祖於是授予齊王兵權，命令齊王元吉督率左武衛將軍李藝、天紀將軍張瑾等人援救烏城。李元吉乘機向高祖上奏請求調任尉遲敬德任先鋒，又向高祖要求將程知節、段志玄以及秦王府右三統軍秦瓊等人納入自己麾下，而且盡數選拔秦王府的精銳士卒入軍共同抵禦突厥。尉遲敬德急忙與長孫無忌去見秦王說：“大王此時仍然不做決斷，禍患就在眼前 ”。秦王說：“一母同胞，同氣連枝，血肉相連，怎忍下手 ”？敬德說：“大王顧念手足之情一再退讓，可是太子與齊王步步緊逼，三番兩次欲置殿下於死地，前番如果不是淮安王相救，殿下恐怕早已經遭了太子與齊王的毒手，大王宅心仁厚一再顧念手足之情，可是太子與齊王可曾顧念過一絲手足之情。況且手足之情如果真有那麼重要，太子與齊王何曾會三方四次欲置殿下與死地 ”？世民默然不語。忽然太子府率更丞王晊急忙跑了進來，似乎有話要說，因為看見長孫無忌與尉遲恭兩人在側，一時又不敢直言稟告。李世民早已發現了這種尷尬的的情況，便站起來拉王晊到旁邊的密室密談，王晊說了幾句話後便匆忙離開了，世民進入大殿告訴長孫無忌、尉遲恭與侯君集說：“剛才王怪來報說：‘太子對齊王說現在已經得到了秦王的驍勇戰將與精銳士卒，明日在昆明池為齊王出征餞行，讓勇士埋伏在帳幕裡將我刺殺，到時就上奏父皇說我暴病身亡，父皇即使不會相信他們也會逼迫父皇進行禪讓，將國家大事悉數移交到太子手裡，到時立齊王為皇太弟。至於敬德與知節這些得罪了齊王的將領則會交給齊王處置，齊王會將敬德等人全部坑殺，到時沒有人敢不服從 ”。
長孫無忌不等說完便說道：“先發制人，後發被人制，這兩句話足以做決斷了”。李世民說：“骨肉相殘，是古今以來最大的罪惡，我知道禍患即將到來，但我打算在禍事發生以後再舉義討伐他們，這樣才能師出有名 ”。敬德在旁邊接話說：“作為人之常情，有誰願意去死？現在大家誓死侍奉大王，這是上天授予的意志，禍患即將發生，大王卻掙扎於所謂的虛名仁義。即使大王把自己看輕，又怎麼能看輕江山社稷與天下黎民？如果大王不肯接受我的意見，敬德不敢再留在大王身邊，我準備逃身荒野草澤，也不願拱手任人宰割 ”。長孫無忌也說道：“如果大王不肯聽從敬德的主張，事情註定要失敗，敬德等人不願意再追隨大王我也會跟隨他們離開大王，不能再侍奉大王了 ”！李世民說：“我明白你們的心意，但是你們也要理解我的處境，你們的意見我會考慮，我的意見也不能完全放棄，明天再商議一下吧 ”。侯君集說：“如今大王處理事情猶豫不決，這是不明智的；面臨危難，不能決斷，這是不果敢的，雖然秦王府的兩千精銳士卒被齊王以抵禦突厥的名義抽調而出，但是還有大王平時蓄養的八百玄甲精銳騎兵，現在已經全部進入王府之中，他們穿好盔甲，手握兵器，起事的形式已經形成，大王怎麼能夠制止的住呢 ”？
秦王李世民看向眾文武幕僚將佐，大家異口同聲的說道：“齊王凶惡乖張，陰狠毒辣，最終是不願意侍奉兄長的，齊王既不會侍奉太子也不會侍奉殿下。他以為只要除去秦王殿下你奪取東宮之位就易如反掌了。他與太子謀劃作亂還沒有成功，就已經有了奪取太子之位的心思，他這樣陰險的人又有什麼事做不出來呢？假如他們的陰謀得逞，恐怕天下就不歸大唐所有了，那秦王你率領我們歷經百戰、九死一生創下的基業又有什麼意義呢？以大王的英武賢能，捉拿這兩個人如同收拾地上的草芥一樣容易，怎麼能夠為了信守常人的節操而忘了國家社稷的大事呢 ”？李世民仍然沒有下最後的決心，於是眾人又說道：“大王認為舜帝是什麼樣的人呢 ”？李世民回答道：“聖人”，長孫無忌說道：“假如舜帝在疏通水井時沒有躲過父親與弟弟在上面填土的毒手，便化為井中的泥土了；假如他在塗飾糧倉的時候沒有逃過父親和弟弟在下面放火的毒手，便化為糧倉上的灰燼了，怎麼還能讓自己恩澤遍及天下，法度流傳後世呢？所以舜帝在父親用小棒笞打的時候便忍受了，而遭到大棍笞打的時候便逃走了，這大概因為舜帝心裡所想的是大事啊。大王既然知道知道舜帝為舜帝為聖人，現在為何不效法舜帝，便宜行事 ”。秦王說：“那占卜看看吉凶，再做最後的決定 ”。於是取來龜甲開始卜卦，突然將軍張公瑾走進來將占卜的龜甲奪過來扔在地上說：“占卜是為了解決疑難之事，現在事情並無疑難，事情已經箭在弦上，不得不發，還佔卜問卦幹嘛？如果卜卦的結果不吉利，難道就能夠停止行動嗎 ”？一席話說的秦王李世民當頭棒喝，秦王再次注視著張公瑾問到：“如你所說，事情真的可行嗎”？張公瑾說道：“不僅可行，還應速行，遲則生變，後患無窮。”於是李世民下定決心採納了幕僚的意見。
李世民命令長孫無忌祕密的將房玄齡和杜如晦等人召回府中商量具體的行動細節，房玄齡等人不答應回府，說道：“陛下敕書的旨意是不允許我們再侍奉大王的，如果我們私下裡去謁見秦王，肯定要因此而獲罪至死，因此我們不敢接受秦王的召令 ”。長孫無忌原話回報李世民，李世民大怒，對尉遲敬德說道：“房玄齡、杜如晦難道要背叛我嗎 ”？他摘下佩刀交給尉遲敬德說：“你去查看一下情況，如果他們真沒有回來的意思，那你就用這把刀砍下他們的首級回來見我 ”。尉遲敬德與長孫無忌又去找房玄齡與杜如晦，明示他們說：“大王已經將行動計劃定下來了，眾位明公應該速去秦王府中商議大事 ”。房玄齡說：“我們兩人剛才推脫是擔心秦王殿下意志不堅定，怕秦王中途反悔誤了大事，現在尉遲將軍帶著秦王佩刀而來說明秦王已經下定了決心，我倆敢不遵命，只是害得長孫大人多跑一趟實在是罪該萬死 ”。長孫無忌揮揮手說：“無妨無妨，你我都是秦王臣子，何分彼此，敢請兩位先生快快動身，由我和尉遲將軍護送兩位先生入府 ”。尉遲恭也一拱手說道：“長孫大人所言極是，請兩位先生快隨敬德入府，秦王對兩位先生早已經翹首以盼了 ”。房玄齡說：“不急，我們四人走在街道同行太引人注目，為了穩妥應該分頭回府，況且我與如晦還得喬裝改扮放能出門，長孫大人先行回府通報秦王，我和如晦跟進，尉遲將軍可從小路多繞一圈回府 ”。於是長孫無忌先行回府，房玄齡與杜如晦穿上道士與方士的服飾依次跟進，尉遲敬德則單獨繞道回府，當天夜裡，秦王李世民與長孫無忌、房玄齡和杜如晦等人定下了玄武門襲殺太子建成與齊王元吉的計劃。
唐高祖九年六月初，太白星再次出現在天空正南方的午位，太史令傅奕祕密上奏高祖道：“太白星出現在秦地的分野上，這是秦王應當擁有天下的徵兆”，高祖閱覽完傅奕的奏疏後在秦王入宮見駕問安時將傅奕的奏疏拿給秦王觀看，秦王請求高祖摒退左右的侍者與宮女，向高祖祕密告發了太子和齊王與後宮尹德妃和張婕妤淫亂私通的事，唐高祖聞言又驚又怒，問道：“果然有這樣的事情麼 ”？秦王跪地入奏道：“兒臣自問沒有絲毫對不起皇兄與齊王，偏偏他們二人時時打算殺死兒臣而後快，這簡直是要替王世充和竇建德復仇，如果兒臣真的被他們殘害枉死，永遠的離開父皇，這已經很悲痛了，況且我的魂魄歸於黃泉，如果見到王世充、竇建德這些反賊，實在感到羞愧，還在乞望父皇垂恩護佑 ”。說完這些話，竟嗚嗚咽咽地哭泣起來，唐高祖望著李世民驚愕痛心的說：“我明天就審問此事，你應該提早來參見朕 ”。秦王跪安辭退出宮回到秦王府之後，於半夜調動秦王府的五百精銳玄甲士卒，讓驍將程知節、秦瓊、張士貴和李君羨率領前往玄武門在守將常何的配合下祕密埋伏。
秦王李世民剛出皇宮，張婕妤就暗中得知了秦王密奏的大意，等到天剛啟明的時候便派遣一個心腹內侍向太子李建成稟報了秦王密奏的情形。太子建成急忙召來齊王元吉商議此事，齊王元吉想了想對太子建成說：“今日入朝，恐怕會有變故，不如託疾稱病不去上朝為好，以便觀察形式 ”。太子建成說道：“宮中警衛已經很嚴密了，況且內有嬪妃，外有太子府與齊王府的幾千甲士，秦王雖然勢力強大，恐怕也不能有什麼作為，我和皇弟應當入朝拜見父皇，親自打探消息 ”。本來玄武門的禁衛總領常何是太子建成一手提拔起來的心腹將領，此時卻早已經被秦王和長孫無忌策反，宮中的衛隊已經倒向了秦王，太子建成與齊王元吉還以為宮中是他們的人，便縱馬大搖大擺的進入了玄武門。
唐高祖武德九年六月初四凌晨，秦王李世民率領長孫無忌、尉遲敬德、侯君集、張公瑾、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗十人與一百精銳玄甲騎兵入宮，進入玄武門之後長孫無忌則去和程知節、秦瓊還有張士貴、李君羨率領的五百伏兵會合，準備相機行事。尉遲敬德、侯君集、張公瑾、獨孤彥雲等九將則率領百騎玄甲騎兵跟隨在秦王李世民的身邊，貼身護衛秦王。秦王府前後共抽調出了六百精銳士卒，剩下的兵士則由房杜、高士廉和老將軍屈突通、段志玄還有將軍張亮等率領在王府留守，防止太子府與齊王府狗急跳牆揮兵攻打秦王府，秦王府不僅是秦王的大本營，裡面還有秦王妃和秦王的所有家眷，雖然抽調走了大量精銳，秦王府剩餘的士卒在房杜與屈突通等人的領導下依舊鬥志昂揚，誓死捍衛秦王府。此時太子與齊王不知玄武門的變故，兩人一起策馬緩緩進入了玄武門。高祖李淵也已經將裴寂、蕭瑀、封德彝、宇文士及、裴矩等人召集前來，準備臨朝會審查驗這件事情.
太子建成與齊王元吉來到臨湖殿，覺察到氣氛有了變故，立即調轉那頭，準備原路返回東宮與齊王府。突然聽到背後有人呼喚：“太子、齊王，何故不入朝 ”？元吉回頭一看是秦王李世民，已經心虛失措，他也不答應，急忙從弓袋中取出弓箭射向秦王。由於心急慌亂，連續三次都因弓沒有拉滿沒射中秦王，最後一箭射到離秦王還有兩步之遙羽箭便已軟綿綿的落到了地上。秦王從箭袋取出他的黃楊硬弓，搭上羽箭向太子李建成射去，太子建成已經被這種場面驚的失神無措，也沒有絲毫防備，只聽“颼”的一聲，羽箭已貫穿建成的咽喉，他那兩隻圓滾滾的眼睛瞪的渾圓，貫穿咽喉的箭簇上殷紅的鮮血像房簷的滴水一樣淙淙有聲的滴在地上，他的身體撲通一聲倒撞馬下，生機全無。齊王元吉無暇顧及太子的死活，縱馬三腳兩步的向玄武門跑去，卻不想兜頭碰著尉遲敬德，元吉又順著原路策馬返回，秦王李世民正在追趕元吉，不防他突然調轉回馬，兩人差點撞在一起，秦王的馬收到了驚嚇，帶著秦王奔入了玄武門旁邊的小樹林，進入樹林後受驚的烈馬馱著秦王在樹林中一路狂奔，樹林中橫斜著的樹枝掛住了秦王的錦袍，讓秦王從馬上摔下來倒在了地上，這時齊王元吉在後面看到秦王落馬，便縱馬奔到秦王身邊跳下馬奪過秦王手中的黃楊硬弓，用弓弦扣住秦王的脖子準備勒死秦王，正在這危急時刻尉遲敬德躍馬橫槊而來，他大聲呵斥齊王元吉，齊王抬頭一看是尉遲敬德，早已魂飛膽喪，丟下手中的黃楊弓和秦王跨馬向承德殿跑去，準備尋求父皇唐高祖的庇護，尉遲敬德連忙下馬扶起秦王李世民，然後又撿起腳下的黃楊硬弓跨上馬去追齊王元吉，眼看將近的時候，尉遲敬德勒住了馬從箭袋裡取出一支狼牙羽箭搭上黃楊弓對準了還在拼命策馬逃命的齊王元吉，只聽“颼”的一聲外加“啊”的一聲慘叫，弓弦響處齊王已跌落馬下，尉遲敬德搶步上前，拔下佩刀，隨著鮮血飛濺而起李元吉的首級被尉遲敬德揮刀砍下提在了手中.
當尉遲敬德返回樹林的時候侯君集、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲等將領已率領百騎趕到將秦王護衛了起來。尉遲敬德與秦王和其他將領返回太子建成的屍體旁，尉遲敬德拔出佩刀準備取下李建成的首級，其他將領都望著秦王李世民徵詢意見，秦王李世民仰面閉著眼睛默然許久，一股鮮血如同噴泉般噴灑而過，尉遲敬德的手中多了一顆鮮血淋淋還瞪著眼睛的人頭。忽然聽到玄武門外人喊馬沸，料想外面已經發生戰事，尉遲敬德喊上侯君集，跨馬橫槊帶了秦王身邊的七十精騎，攜了太子建成與齊王元吉的首級奔向玄武門，到了門前看見張公瑾正在憑藉自己的神力一人獨自關閉玄武門，尉遲敬德與侯君集問道：“外面情形如何 ”？張公瑾說道：“東宮翊衛車騎將軍馮立得知李建成身死，與齊王府副護軍薛萬徹、屈直府左車騎謝叔方、還有東宮將軍馮翊等率領東宮與齊王府的精銳兵馬兩千多人猛攻玄武門，準備為太子建成和齊王元吉報仇，我故此將門掩住，防止他們進入 ”。
尉遲敬德又問道：“長孫公與程將軍、秦將軍、張士貴將軍還有李君羨將軍率領的伏兵可曾出擊 ”？張公瑾回答道：“區區數百兵馬怎麼能夠退敵，長孫大人與程將軍、秦將軍還有張士貴和李君羨率領的五百精銳玄甲騎兵早已經殺出去了，駐紮在玄武門掌管玄武門宿衛的雲麾將軍敬君弘見情況危急，也與中郎將呂世衡率領玄武門的部分守軍殺出去阻擋馮立、薛萬徹他們了 ”。尉遲敬德說：“你放我出城觀戰 ”。張公瑾一聽就急了，連忙說到：“尉遲將軍，千萬不可，敵軍有兩千多人，而且全是百戰餘生的亡命死士，現在還有他們的援兵正在往玄武門趕，你和君集只有七十玄甲騎兵，敵我力量懸殊太大，你貿然出兵等於卵擊石，我不能眼睜睜看著你和君集兩人出去送死，我不能開門放你們出去 ”。尉遲敬德說：“你只管開門就是，區區太子府與齊王府的府兵能耐我何，如果我不出去，長孫公他們那五百精銳將會全軍覆沒，你開門，讓我出去觀戰 ”。張公瑾還想說什麼，侯君集說道”：“公瑾，你就開門吧，讓我和尉遲將軍出去看看，長孫大人和秦將軍、程將軍他們在外面和敵人殊死搏殺，我們怎麼能因為恐懼敵人勢大而躲在城內呢，即使我們不出城，等到長孫大人和敬君弘將軍他們的士卒被消滅趕緊後馮立與薛萬徹他們也會攻破玄武門，到時不僅是我們，連秦王也可能會遇難，現在我們出去還有一搏的機會，勝負尚未可知 ”。張公瑾聽完侯君集的話說道：“那好吧，我打開城門放你們出城，你們自己小心，如果你們真的回不來了，我和獨孤彥雲他們去為你們報仇 ”。尉遲敬德哈哈大笑道：“沒事，公瑾不必擔心，等我回來請你喝酒，我們一醉方休 ”。說完之後便縱馬橫槊躍門而出，後面的侯君集和七十精騎依次跟進，彷彿一陣驚濤般的疾馳而出。尉遲敬德縱馬橫槊而出正值守兵敗回，回報說道：“敬將軍陷入敵陣已經遇難，還有中郎將呂世衡也已經戰死，薛萬徹擂鼓吶喊，已經移兵去攻打秦王府了，長孫大人急忙與程將軍和秦將軍分兵，帶領張士貴將軍和李君羨將軍和餘下的一百將士去追薛萬徹，阻止他攻打秦王府，程將軍與秦將軍還率領殘存的秦王府士卒和玄武門受卒在與馮立、馮翊和謝叔方血戰保衛玄武門”。尉遲敬德與侯君集聽聞薛萬徹已經移兵攻打秦王府去了，兩人不覺大吃一驚，也顧不上玄武門上的血戰，兩人便縱馬橫槊率領七十精騎向秦王府奔去。
到了秦王府看到將軍正在混戰，薛萬徹正在縱馬揮劍指揮太子府與齊王府的軍士猛攻秦王府，秦王府的二百留守士卒在房玄齡、杜如晦與屈突通和段志玄的指揮下拼死抵抗，長孫無忌與張士貴和李君羨帶來的一百精銳士卒也已經損傷大半，現場黑煙滾滾，滿地的士兵屍體和那一灘灘血跡格外刺眼，有的士卒身上插滿了羽箭依然吶喊著衝向秦王府，秦王府的大門上插滿了帶著火的箭鏃，牆上仍然站立的士兵幾乎人人帶傷，還有平日裡的一些馬伕和廚師也站在牆上拼命的向底下衝過來的兩宮人馬射箭，正在牆頭指揮作戰的將軍張亮胳膊上插著兩條羽箭，左腿的槍眼還在向外流淌著刺眼的鮮血，他仍然揮舞著手中的寶劍指揮士卒拼死抵抗，連腿上的傷口與胳膊上的箭傷也顧不上包紮。地上揮舞著長槍的張士貴身上的槍傷更加令人觸目驚心，他的渾身的鎧甲早已被鮮學浸透，胸口留著一條橫斜著貫穿了大半個胸口的刀痕正在向外流淌著鮮血，一滴滴的落到腳下的土地上，左肋下被鉤鐮槍重創，幾乎腸子都快流出來了，他脫掉鎧甲抹下身上的布袍包起左肋下的傷口，然後又撿起已經已經被鮮血染成紅色的長槍怒吼著衝向敵人。尉遲敬德剛縱馬橫槊靠近秦王府便被兩宮士卒包圍了起來，尉遲敬德不由得瞋目怒叱道：“你等看看這兩個首級系是何人 ”？說著將建成元吉兩顆首級懸掛在長槊上擎示太子府與齊王府的士卒，又大聲說道：“奉詔誅殺這兩人，如果你們敢違抗皇上的命令，罪行與這兩人相同，誰想自尋死路就上前來，你們快快解散，不然以叛逆問罪 ”。東宮與齊王府的士卒猛攻玄武門不下，轉攻秦王府又受挫，現在看到兩顆血淋淋的人頭確是太子與齊王無疑，而且聽尉遲敬德說到：“奉詔”兩字，越覺心虛膽怯，便一鬨而散，薛萬徹禁止不住，也只能帶了數十騎逃奔終南山而去。消息傳到玄武門，馮立仰天長嘆說：“事已至此，大勢已去，殺死敬君弘也可以略微報答太子殿下了 ”。說完也率領剩下的兩宮士卒逃離了玄武門。
尉遲敬德驚退宮府將軍，再次進入玄武門回報秦王李世民，李世民問明情由，便說道：“事已至此，我只好入宮請罪 ”。敬德說道：“且慢，陛下的態度現在仍然不可猜測，容敬德先去探明情況 ”。秦王還沒來得及說話，敬德便將兩顆首級交給身邊的侯君集，自己快步進入朝堂，在朝房找到裴寂等人，便與他們說明事情原委，裴寂想了想說：“這件事情如何讓皇上知道 ”？敬德說道：“待敬德闖進宮去，寧願敬德死，也不能讓秦王有事 ”。說完便大踏步跑入裡面，禁兵不能阻攔的住他，竟然讓他直接跑到了宮前，一名高祖身邊的內侍出來阻止到：“聖上臨幸海池泛舟……”，敬德不待說完便轉向海池跑去。
唐高祖李淵疑惑三個兒子早朝都沒有來參駕問安，還以為他們是故意迴避彼此的碰面，他自己也樂得暫時糊弄過去，再作進一步的打算。早朝退後，他傳旨留裴寂、蕭瑀、宇文士及、陳叔達、裴矩等人在朝房待命，自己則帶了嬪妃到海池中泛舟遊樂，正玩的盡興時看到岸上一個黑甲鐵鍪的大將橫持長槊匆匆奔來，高祖站起來大聲叱問道：“來者何人 ”？尉遲敬德置槊於地、倒地下拜道：“臣尉遲敬德見駕 ”。高祖問道：“卿來做什麼 ”？尉遲敬德答道：“太子、齊王起兵作亂，秦王率兵誅逆，害怕驚擾到陛下，特譴臣來保衛陛下 ”。高祖驚詫道：“愛卿先起來，太子和齊王現在在哪裡 ”？敬德起身回答道：“已經全部被誅殺了”。高祖聽到這句話不覺大驚失色，淚如雨下，然後死死盯著尉遲敬德說道：“你說，是誰斬殺了他們 ”。尉遲敬德的額角已經滲出了細密的汗珠，深吸一口氣說道：“齊王殿下是為臣親手斬殺 ，太子殿下，太子……”。高祖追問道：“建成被什麼人所殺，我要你親口說出來 ”？敬德望望高祖，終於還是開口道：“太子殿下是被秦王所殺 ”。高祖聽畢，大喊一聲：“世民，你怎麼可以……”，還沒說完便轟然倒地失去了生機，周圍的嬪妃急忙大喊道：“陛下，陛下……”，都聚集在高祖身邊哭成一團，一個個玉容慘淡，顫粟悲慼，敬德急忙大呼御醫，不一會御醫過來替高祖把脈診斷，然後用手掐著高祖的人中，高祖不一會便徐徐轉醒，緩緩的睜開了眼睛，龍目內淚水滔滔如斷了線的珠子。口中喃喃道：“罷了，罷了，養不教，父之過，我明知他們兄弟已經到了不死不休的地步，卻還內心殘存著一絲僥倖，是我低估了秦王的殘忍狠毒 ”，這幾句話既像是自言自語，又像是說給他人聽，說完之後他慘然一笑，便命內侍前往朝房傳紹裴寂、蕭瑀、陳叔達、宇文士及等人去了。
過了片刻，裴寂、蕭瑀、陳叔達、宇文士及、裴矩等人隨內侍到來，高祖此時已命停舟靠岸，便問裴寂等人說：“沒想到今日發生了這樣的事，此後將如何處置 ”？蕭瑀與陳叔達答道：“太子、齊王自起義以來，從一開始就沒有參與謀劃與決策，反而一個被立為儲君，一個被封為王爵。他們對於社稷也沒有多少令人稱頌的重大功績，卻屢屢離間骨肉，為禍朝堂。惟有秦王功蓋天下，內外人心早已歸附，為了陛下考慮，陛下正好乘著這次事變，立秦王為儲君，將軍國大事移交給秦王，這樣陛下就可以在宮內遙控治理天下，這樣既能使天下歸心，也能使陛下享受天道倫常之樂 ”。唐高祖面色平靜地說：“這本來就是朕一直以來的心願啊 ”。敬德在旁邊上奏說道：“陛下既然願意立秦王為太子，現在外面的亂事尚未平定，請陛下立即降下詔敕，令各路兵馬都受秦王節制，這樣外面的禍亂也能迅速平定 ”。高祖當即對宇文士及說道：“愛卿速去擬寫詔書，待朕回朝發落 ”。宇文士及當即領命而去，高祖帶著眾嬪妃乘坐龍輦回到了宮廷，尉遲敬德與裴寂等人則回到朝堂侯旨。不一會高祖便重新臨朝，宇文士及呈上草詔，高祖用璽後立即命宇文士及從東面走上閣樓宣佈聖旨，安定人心；又派遣黃門侍郎裴矩趕赴東宮和齊王府宣讀詔旨，命令所有抵抗的兩宮士卒一律回府待命。然後高祖對尉遲敬德說：“愛卿去召秦王前來 ”。秦王三步並做兩步的飛奔去了，高祖安排完這些事便散朝回到了內宮。
這時候正是盛夏時節，高祖回到內宮後酷熱難耐，便卸下平天冠，脫去龍袍，直接裸露著胸膛與肚子坐在龍床邊。內侍稟報秦王李世民求見，高祖揮揮手讓帶秦王進來，李世民進入內宮後跪在高祖腳下請罪，高祖勸慰安撫秦王李世民道：“最近這段時間以來，我做了種種奇怪的夢，內心一直驚疑慌亂，好像曾子的母親扔掉機杼一樣難以平靜。現在建成與元吉竟然敢謀逆作亂，這是他們死有餘辜。不過這件事關聯到人倫手足，出現這樣的結局，既讓人後悔留恨又可嘆悲傷 ”。秦王李世民跪在地上抬起頭，看見高祖裸露著兩顆乳頭，於是用嘴含著他的兩個乳頭，眼睛中的淚水像河流一樣簌簌的往下落，眼淚淋溼了高祖的胸膛與肚子，高祖也忍不住悲傷淚水嘩嘩的流了一地，秦王又大哭哽咽到難以說話。父子兩人正抱在一起悲傷流淚，宇文士及與齊王府裴矩等人入宮交旨，看高祖與秦王的悲痛難言，幾人便勸慰一番，秦王於是告辭拜謝，回到了秦王府。
秦王府中的文武幕僚又對秦王李世民說道：“斬草不除根，這會為以後留下難以預測的重大禍患，建成與元吉每個人都有兒子女兒好幾個人，應該把他們一起逮捕誅殺，這樣才能不會為以後留下禍患 ”。秦王李世民聽到幕僚的話久久不說話，望望眾位幕僚將佐便走入了內堂。於是太子李建成的兒子：安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、鉅鹿王李承義；齊王李元吉的兒子：樑郡王李承業、魚陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度統統逮捕到一起，然後一併誅殺。秦王府的文武幕僚還打算搜索逮捕東宮與齊王府的人，列好的名單上有一百多人，秦王李世民也不明確反對，這時尉遲敬德站出來極力勸諫阻止的說道：“造下所有罪惡的只有建成與元吉兩人，現在這兩人已經被誅殺，不應該再牽連兩宮的官員宮人與他們的親戚朋友。如果堅持牽連，他們被逼無奈可能會引起新的禍亂，怎麼能夠得到長久的安定 ”？秦王李世於是請求高祖頒佈聖旨赦免太子府與齊王府的官員宮人，聖旨說道：“謀反叛逆的凶惡罪孽只是建成與元吉兩人，其餘府中官員與宮人一律無罪 ”。幾天之後，高祖又下聖旨昭告天下，“宣佈立秦王李世民為皇太子，國家的大小事物，一律聽憑皇太子裁決，李世民已經成為大唐帝國實際意義上的皇帝和統治者。