隨著私募股權不斷髮展，越來越多的人蔘與進來。在監管部門和基金本身兩者的努力下，私募股權基金正朝著規模化、正規化方向發展。隨著市場的不斷髮展，私募股權基金衍生出了多種運作模式。
目前私募股權基金的運作模式可分為六種：公司制、信託制、有限合夥制、“公司+有限合夥”模式、“公司+信託”模式、母基金(FOF)。
1.公司制
顧名思義，公司制私募股權投資基金就是法人制基金，主要根據《公司法》(2005年修訂)、《外商投資創業投資企業管理規定》(2003年)、《創業投資企業管理暫行辦法》(2005年)等法律法規設立。
在商業環境下，由於公司這一概念存續較長，所以公司制模式清晰易懂，也比較容易被出資人接受。
2.信託制
信託制私募股權投資基金，也可以理解為私募股權信託投資，是指信託公司將信託計劃下取得的資金進行權益類投資。
採取信託制運行模式的優點是：可以藉助信託平臺，快速集中大量資金，起到資金放大的作用;但不足之處是：信託業缺乏有效登記制度，信託公司作為企業上市發起人，股東無法確認其是否存在代持關係、關聯持股等問題，而監管部門要求披露到信託的實際持有人。
3.有限合夥制
有限合夥制私募股權基金的法律依據為《合夥企業法》(2006年)、《創業投資企業管理暫行辦法》(2006年)以及相關的配套法規。
按照《合夥企業法》的規定，有限合夥企業由二個以上五十個以下合夥人設立，由至少一個普通合夥人(GP)和有限合夥人(LP)組成。普通合夥人對合夥企業債務承擔無限連帶責任，而有限合夥人不執行合夥事務，也不對外代表有限合夥企業，只以其認繳的出資額為限對合夥企業債務承擔責任。
同時《合夥企業法》規定，普通合夥人可以勞務出資，而有限合夥人則不得以勞務出資。這一規定明確地承認了作為管理人的普通合夥人的智力資本的價值，體現了有限合夥制“有錢出錢、有力出力”的優勢。
而在運行上，有限合夥制企業，不委託管理公司進行資金管理，直接由普通合夥人進行資產管理和運作企業事務。
4.“公司＋有限合夥”模式
“公司+有限合夥”模式中，公司是指基金管理人為公司，基金為有限合夥制企業。該模式，較為普遍的股權投資基金操作方式。
由於自然人作為GP執行合夥事務風險較高，加之私人資本對於有限合夥制度的理念和理解都不盡相同，無疑都增強了自然人GP的挑戰。
同時，《合夥企業法》中，對於有限合夥企業中的普通合夥人，是沒有要求是自然人還是法人的。
於是，為了降低管理團隊的個人風險，採用“公司+有限合夥”模式，即通過管理團隊設立投資管理公司，再以公司作為普通合夥人與自然人、法人LP們一起，設立有限合夥制的股權投資基金。
由於公司制實行有限責任制，一旦基金面臨不良狀況，作為有限責任的管理公司則可以成為風險隔離牆，從而管理人的個人風險得以降低。
5."公司＋信託"模式
“公司+信託”的組合模式結合了公司和信託制的特點。即由公司管理基金，通過信託計劃取得基金所需的投入資金。
在該模式下，信託計劃通常由受託人發起設立，委託投資團隊作為管理人或財務顧問，建議信託進行股權投資，同時管理公司也可以參與項目跟投。需要提及的是，《信託公司私人股權投資信託業務操作指引》第21條規定，“信託文件事先有約定的，信託公司可以聘請第三方提供投資顧問服務，但投資顧問不得代為實施投資決策。”
這意味著，管理人不能對信託計劃下的資金進行獨立的投資決策。同時，管理人或投資顧問還需要滿足幾個重要條件：
(1)持有不低於該信託計劃10%的信託單位;
(2)實收資本不低於2000萬元人民幣;
(3)管理團隊主要成員股權投資業務從業經驗不少於3年。
採用該模式的，主要為地產類權益投資項目。此外，一些需要通過快速運作資金的創業投資管理公司，也常常藉助信託平臺進行資金募集。
6.母基金(FOF)
母基金是一種專門投資於其他基金的基金，也稱為基金中的基金(FundofFund)，其通過設立私募股權投資基金，進而參與到其他股權投資基金中。
母基金利用自身的資金及其管理團隊優勢，選取合適的權益類基金進行投資;通過優選多隻股權投資基金，分散和降低投資風險。
國內各地政府發起的創業投資引導基金、產業引導基金都是以母基金的運作形式存在的。
從私募股權投資基金的流程分析，可以分成以下5個階段：
1.募集資金
2.投資
3.投資後的管理
4.退出
5.分配
這就是把別人錢找來投到項目裡去，對項目進行培育，項目增值之後進行退出，退出之後，投資人各分各的錢。
1.募集資金
第一，基金的核心是募集資金。基金是管理人募集投資人的錢，用這些錢去投資。
第二，以小資金，博大資金。利用資金槓桿原理：上市過程中有一個市盈率的概念，從市場的靜態市盈率來看，股權投資能達到30倍，這就等於用一千萬的利潤，使股值上升到3億，實現了槓桿的飛躍。
第三，作為基金的管理人，收取管理費，同時取得收益分成。這是國際慣例，比例通常為2%+20%，就是2%的管理費，加上20%的收益分成。但從2009年以來，出現管理費降低的趨勢。
2.投資
基金最核心的東西是創造價值，提升目標投資企業的價值，這是私募股權基金和其它的一些金融投資產品一個主要的核心區別。進一步去考察私募股權基金盈利模式可以發現，通過五個階段完成完整的價值形成周期：
一是價值發現。在以未上市企業為主潛在項目中發現具有良好投資價值的項目，並與創業者達成投資合作共識。
二是價值持有。在對項目充分盡職調查後，基金完成對項目公司的投資，成為項目公司的股東，持有項目公司的價值。在投資前會完成一系列的設計，包括實業設計(資本利得)、運營設計、產權設計、資本設計(資本上市等)、其它設計(例如法規設計、社會責任設計)。
三是價值提高。私募股權投資基金是提升企業價值的催化劑。基金利用其所擁有的資源平臺自身的優勢，改進企業的經營管理，把投資的企業做好，使企業得到優化，企業的內在價值(資本利得能力)得到有效提高。
四是價值放大。基金對所投資的項目，培育2—3年後，其價值(資本利得能力)獲得提高，通過資本市場公開發行股票，或者溢價出售給產業集團、上市公司，實現價值的放大。
五是價值兌現。所投資項目在市場上市後，基金管理人選合適時機和合理價格，在資本市場拋售項目企業的股票，實現價值對基金公司的最終兌現。
3.投資後管理
不管是VC還是PE，在投資之前都會對擬投資企業做盡職調查，包括財務盡職調查、法律盡職調查以及商業盡職調查。
因此，做投後管理，最主要的目的是確保投資資金的安全。私募股權投資機構成立投後管理機構，派遣投後管理人員，是為了及時知道企業的經營發展狀況；確定企業是否將資金投到商業計劃書設定的投資用途，股權投資有否被佔用、挪用；投資效果是否和預期有偏差。這是對基金投資人負責。
4.退出
私募股權投資的退出，是指基金管理人將其持有的所投資企業的股權在市場上出售以收回投資並實現投資的收益。
在美國，私募股權基金及創業投資的退出渠道和機制通常有三種：
第一，通過創業板上市，投資者通過股票的拋售退出。這種退出方式投資者通常可獲得十倍甚至十倍以上的投資收益。
第二，通過轉讓給第三方企業退出，這可獲得3倍左右的投資收益。
第三，轉讓給企業內部的管理人，投資者通常可獲得70%的投資收益。我們出現了私募股權投資基金投資收益高達100倍以上的投資神話比如美國S.A.C基金。但是做投資要有風險意識。
國內私募股權基金退出，一般而言則有如下四種方式：1、境內外資本市場公開上市；2、股權轉讓；3、將目標企業分拆出售；4、清算。
5.分配
對於PE基金的投資人來講，基金獲得收益後，扣除必要的成本費用稅金(基金管理人的管理費、銀行託管費、中介機構的費用、股權投資營業稅等等)，所獲得的是基金的淨收益，按照一般慣例，這個淨收益中的20%由基金管理提取，叫做業績報酬，也有叫做浮動管理費的(按年收取的管理費稱之為固定管理費)。
其餘80%由全體投資人按比例進行分配，如果是有限合夥制的PE基金，合夥企業不需繳納所得稅，投資人的稅金是按照個體工商戶的納稅方式，即5%~35%的累積稅制，不過現在一般是按20%稅率收取的。