中國是世界第一養殖大國。全國的1億多個畜禽養殖場每年產生畜禽糞汙約38億噸，是既重要又大量的汙染源，但如果能將其進行合理有效的處理和開發利用，實現畜禽糞汙資源化，打造資源綜合利用全產業鏈，便可實現畜禽糞汙的變廢為寶。目前國內外規模化畜禽養殖糞便汙水處理的單項技術較多，這裡介紹“三分離一淨化”、好氧堆肥、沼氣工程三種處理模式。
一、“三分離一淨化”處理模式
“三分離”即“雨汙分離、乾溼分離、固液分離”，“一淨化”即“汙水生物淨化、達標排放”。這種模式是控制糞汙總量，實現糞汙“減量化”最有效、最經濟的方法，適用於中小規模養殖戶。
雨汙分離系統：
1、雨汙分離
將雨水和養殖場所排汙水分開收集的措施。雨水可採用溝渠輸送，汙水採用管道輸送，養殖場的汙水收集到厭氧發酵系統的進料池中進行後續的厭氧發酵再處理。
2、雨汙分離系統建設方案
建設雨汙分離設施的內容包括需要建設雨水收集明渠和鋪設畜禽糞汙水的收集管道，保證雨水與糞汙水的完全分離。首先，在畜禽養殖廠房的屋簷雨水側，修建或完善雨水明渠，尺寸據實際情況而定，一般為0.3m×0.3m。其次，在廠房的汙水直接排放口或收集池排放口，鋪設汙水輸送管道，將汙水輸送至厭氧發酵系統的調漿池或進料池中。
乾溼分離系統：
1、乾溼分離
即將畜禽糞便先收集到儲糞池中，再用水沖洗豬舍，沖洗水收集到糞水池中，再進行厭氧發酵，使豬糞與汙水分開收集。收集起來的畜禽糞便，經過後續的固液分離可再次降低其含水率，便於再利用。
2乾溼分離系統建設方案
建幹糞收集池，基本尺寸為3m×4m×1m，可根據養殖場規模適當調整，購置糞汙運輸推車；建糞水收集池，基本尺寸為4m×10m×1m，可根據養殖場規模適當調整；完善糞汙收集系統與厭氧發酵系統的銜接。
固液分離系統：
1、固液分離
對幹清糞過程所收集的畜禽糞便再次脫水，獲得含水率更低的糞渣（含水率一般可達65%以下），便於再利用；分離出來的糞水排往沼氣池的進料池，進行發酵處理。
2固液分離系統建設方案
建固液分離間，4m×8m×3m，鋼架廠房結構，四周建1m高圍牆，半開放式，併購置固液分離機一臺，用於分離幹清糞過程所收集的畜禽糞便，分離機工作能力為10m3/h左右。
因場地所限，固液分離間建設在地埋式沼氣池頂部的混凝土地板上，注意做好沼氣的防洩漏措施，沼氣輸出管道不得佈置在固液分離間內。
生態淨化系統：
生態淨化系統主要由一個一級生態塘和一個二級生態塘構成。
生態塘建設方案：清除生態塘內的水花生等雜草，保留已經生長的藕、野菱、菖蒲、風車草、蘆葦等水生植物；清除一級生態塘四周道路兩側的雜樹雜草，保留樹冠形態較好已經成材的樹木，如果塘四周沒有或少有樹木，在靠池塘一側種植柳樹，池塘向內的土坡上種植黑麥草、吉祥草、蘭花三七等。
二、好氧堆肥處理模式
好氧堆肥是指在有氧條件下，利用好氧菌對廢棄物進行吸收、氧化、分解。在目前，通過好氧堆肥後還田，是畜禽養殖場固體糞便利用的效果較好、投資較少的一種模式。一般畜禽糞便的好氧堆肥主要包括預處理、發酵、後處理等工序。
1、預處理：主要是調整水分和碳氮比等條件。預處理後應達到下列要求：
（1）堆肥糞便的起始含水率應為40%~60%；（2）碳氮比(C/N)應為20:1—30:1，一般豬糞的碳氮比為12.6，雞糞的碳氮比為10，不易直接發酵，可通過添加植物秸稈、稻殼等物料進行調節，必要時需添加菌劑和酶製劑；（3）堆肥糞便的pH值應控制在6.5—8.5之間，如果糞便pH值偏低，可以向堆料中加入少量的熟石灰或碳酸鈣，如果pH值過高，則可以加入新鮮綠肥或青草，分解產生有機酸。
2、好氧發酵
（1）發酵過程溫度宜控制在55℃—65℃，且持續時間不得少於5d；（2）堆肥時間應根據碳氮比(C/N)、溼度、天氣條件、堆肥工藝類型及廢物和添加劑種類確定；（3）堆肥物料各測試點的氧氣濃度不宜低於10%；（4）發酵結束後，應符合下列條件：碳氮比(C/N)不大於20:1；含水率為20%~35%；堆肥應符合GB7959中關於無害化衛生要求的規定；耗氧速率趨於穩定；腐熟度應大於等於Ⅳ級。
3、後處理
發酵結束後應對發酵物進行後處理，通常由再幹燥、破碎、造粒、過篩、包裝至成品等工序組成。
三、沼氣工程處理模式
將汙水排入沼氣池中，通過厭氧菌發酵，降解糞汙中顆粒狀的無機、有機物，產生的沼氣可作為能源用於發電、照明和燃料。沼渣和幹糞可直接出售或用於生產有機複合肥；出水即可進入自然處理系統（氧化塘或土地處理系統等），也可直接作肥料用於農田施肥。