公司的頂層設計主要是公司的最高層對公司的發展方向、目標、路徑進行總體規劃，並充分研究公司內部資源、外部環境，然後制定可行性方案。從本質上講，公司頂層設計實際上是公司運營的整體的、系統的規劃，屬於戰略層面，不論公司大小，都需要頂層設計。
公司的頂層設計包括以下核心部分：1、戰略定位；2、治理結構設計；3、技術路徑與產品方案選擇；4、商業模式設計；5、業務流程規劃；6、組織與崗位任務設計；7、績效考核設計；8、管理制度制定。
戰略定位主要解決公司幹什麼，目標客戶群體是誰，提供什麼樣的產品或者服務，選取哪一種戰略？
實際上主要的戰略分為三類：
- 成本領先戰略，將公司打造成行業中的成本領先者；
- 差異化戰略，指向市場提供獨特優勢的產品或服務，在某些領域與眾不同，標新立異，且對目標客戶有價值；
- 集中化戰略，即將有限的資源集中在某個特定的目標市場上，為特定的地區或特定的客戶提供特定的產品或服務。
公司在定位為誰服務後，要選擇一種具體的戰略，為客戶提供相應的產品和服務。一般而言，對於超級實力的企業，有可能採取成本領先戰略；對於資源力量較小的企業，一般採取集中化戰略，將有限的資源用於特定領域，較易取得局部的勝利；而多數企業則採取差異化戰略，因為各個企業的資源稟賦不一樣，技術手段不一，對客戶的理解不一。
因此，企業努力尋找客戶需求的獨特價值，為客戶提供具有獨特價值的產品和服務，與現有產品和服務形成顯著差異，從而獲得競爭優勢。這種策略最重要的是找到並提供獨特的價值，並能夠維持一定的時間。
治理結構設計，主要理順公司治理體系。包括理順股東會、董事會、監事會、總經理、各部門經理的職能、權力和利益，實行權屬分離、管理與監督分離，在所有權、經營和監督層面相互協作。其中，股權計劃，包括期權方案是設計的重點之一。
技術路徑與產品方案，主要是開發適銷對路的產品或服務，滿足需求，甚至引導需求。如果是產品，我們需要採取合理的技術路線和技術方案。在開發產品時，還應考慮產品線、原材料供應、設備供應等。
商業模式設計，最重要的是盈利模型的設計，產品或服務如何盈利？如何向目標客戶銷售產品或服務？如何安排銷售渠道？他們如何在線上線下操作？產品和服務如何定價？商業模式最重要的考慮是企業如何與目標客戶互動，最終通過銷售產品和服務實現變現。
業務流程規劃，主要是構成公司價值鏈的各項業務的工作流程規劃，包括基本活動價值鏈業務流程和輔助活動價值鏈業務流程。還可分為技術開發業務流程、生產業務流程、採購供應業務流程、財務流程、質量管理業務流程等。每個業務流程都有自己的內部系統，並與其他流程交集，形成公司的整個業務流程。
組織與崗位任務設計，即設計合理的組織機構，確定主要的崗位編制，設計每個崗位的崗位任務書。組織機構的設計，崗位編制的安排，以及崗位任務書的編制，需要與業務流程設計相適應，這樣在日常運行時，流程才能流暢。
薪酬福利與績效考核設計，根據公司的實力，當地的生活水準，同行業的一般行情，制定有行業競爭力、地區競爭力的薪酬福利體系，以留住人才。同時，制定嚴格的績效考核機制，督促員工努力完成工作目標。考核要採取目標、定量、定性、日常表現等多種方法全方位考核。
管理制度制定，即規範公司管理，制定各項管理制度，實行制度化管理。包括技術開發管理制度、生產供應管理制度、市場營銷管理制度、財務管理制度、質量管理制度、人力資源管理制度等等。
頂層設計的八個模塊設計好後，更需要貫徹實施。在實施過程中，對設計方案的可行性進行了驗證。不僅要嚴格執行目標和實施計劃，還要根據變化情況和實際情況調整目標和修訂方案。當然，頂層設計不僅是公司的頂層業務，更是基層業務，特別是中層業務。只有公司基層尤其是中層以上人員全部動員起來，集思廣益，開動腦筋，互動設計，才能使最終的方案更具可執行性，員工的動力更充分，實現公司的目標才會更容易實現。