兵團第十二師的前身是1964年1月成立的烏魯木齊西郊農場管理處，當時屬於自治區農墾廳管轄，下轄五一農場、三坪農場、頭屯河農場和西山農牧場4個農場。自成立以來，管理體制幾經變更。
1970年4月，更名為烏魯木齊市西郊墾區總場，劃歸烏魯木齊市管轄；1973年8月，更名為烏魯木齊市西郊墾區管理處；1976年2月，更名為烏魯木齊市農墾局，成為烏魯木齊市政府主管的一個部門，下轄一〇四團、五一農場、三坪農場、頭屯河農場、西山農牧場和養禽場6個團場。
1982年4月，更名為新疆生產建設兵團烏魯木齊農場管理局，劃歸兵團管轄，但由於當時兵團建制剛剛恢復，條件還不夠成熟等原因，移交工作一直未能全面完成，墾區同時接受兵團和烏魯木齊市的雙重領導，
2000年11月27日，按照中央編辦《關於新疆生產建設兵團烏魯木齊農場管理局等更名的批覆》（中編辦字〔2000〕109號）要求，更名為新疆生產建設兵團農業建設第十二師，升格為正師級單位。2001年2月1日，兵團黨委與烏魯木齊市委共同宣佈關於“撤局建師”的決定及相關任職決定。自此，十二師完全轉入兵團體制序列。
2012年12月13日，按照《中央編辦關於新疆生產建設兵團各農業建設師更名的批覆》（中央編辦復字〔2012〕234號）要求，新疆生產建設兵團農業建設第十二師更名為新疆生產建設兵團第十二師。
來源/第十二師史志辦
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