準噶爾汗國四年當中走馬燈似的換了三個琿臺吉，戰亂不息，生靈塗炭，而志大才疏的達瓦齊上臺後，不是馬上恢復安定，而是繼續殺戮，對喇嘛達爾扎的重臣進行清洗，處死了杜爾伯特部的達什諾延。達什諾延德高望重，他的被殺使得杜爾伯特部舉部反叛，著名的“三策凌”：策凌、策凌烏巴什、策凌蒙克率軍攻打達瓦齊，戰敗後率3177戶1萬餘人投奔清帝國。
杜爾伯特部一直是汗國耕種和手工業的主力，這次叛逃讓汗國元氣大傷。不等達瓦齊緩口氣，扶持他登上汗位的阿睦爾撒納便又出來搗亂，提出自己功勞甚大，要求平分汗國。這個阿睦爾撒納的母親是策妄阿拉布坦的女兒博洛托克，原本是和碩特汗國拉藏汗之子葛登丹衷的妻子，兩人兩小無猜，情意深長。但和碩特汗國被準噶爾汗國滅亡後，葛登丹衷被殺，博洛托克便回到家鄉嫁給了輝特部首領韋徵，據說舉行婚禮時已經懷有阿睦爾撒納。傳說中，阿睦爾撒納出生時渾身鮮血，哇哇大叫，猶如復仇天神降世，生來就是要為祖父和父親報仇。從他一直策動準噶爾汗國內亂來看，傳說儼然確有其事。
達瓦齊的琿臺吉寶座還沒有坐熱，自然不會答應這種要求，兩個昔日的盟友走上了戰場。達瓦齊比阿睦爾撒納無能，但畢竟可以調動整個汗國的力量，阿睦爾撒納感到兵力不足，向哈薩克的阿布賚蘇丹請援。近百年來，哈薩克一直被準噶爾欺辱，見到有機會雪恨自然不願放棄。阿布賚蘇丹派大軍協助，阿睦爾撒納也趁機進兵。
達瓦齊不敵，放棄首都伊犁退往博爾塔拉。哈薩克人在伊犁大肆燒殺，焚燬了金碧輝煌的扎爾固寺和海努克寺，從策妄阿拉布坦時代開始經營的中亞最後一個佛教中心只剩斷壁殘垣。1754年春，從汗國各地調集了近四萬軍隊的達瓦齊發兵攻打阿睦爾撒納。阿布賚蘇丹沒有再派援軍，阿睦爾撒納孤掌難鳴，一路敗退。這個梟雄知道，僅憑自己的力量根本無法達成野心，於是制定出瘋狂的冒險計劃——投奔清朝，藉助清朝的力量打垮達瓦齊。
是年七月，阿睦爾撒納率所部20000人進入清帝國邊界，向清軍投誠。十一月，到北京接受乾隆皇帝冊封，成為清帝國的親王。希望能夠在武功上趕超祖父的乾隆皇帝一直對準噶爾的內亂極為關注，對準噶爾內戰的軍隊不時侵入帝國邊界也倍加註意。但因為事態並不明朗，仍然對臣下表示“近日準夷內亂，堂堂天朝，固不肯乘釁發兵攻取”，但為了留下日後出兵的藉口，也認為如果準噶爾“倘恣意妄行”，便要“自當以逸待勞，盡為剿絕”。
隨著三策凌、阿睦爾撒納等人先後投奔，乾隆皇帝明白了，昔日的強敵已經四分五裂，混亂不堪。再加上阿睦爾撒納一再要求為前驅攻滅準噶爾，終於認為“機不可失，明歲擬欲兩路進兵，直抵伊犁……了此從前數十年未了之局”。1755年2月，乾隆皇帝以阿睦爾撒納為定邊左副將軍，科爾沁親王色布滕巴勒朱爾、郡王青滾扎布、內大臣馬木特參贊軍務，由烏里亞蘇臺出兵，為北路軍；以永常為定西將軍，薩喇爾為定邊右副將軍，從巴里坤出兵，為右路軍。兩路各擁兵25000人，馬70000匹，齊頭並進向博爾塔拉進發。
山雨欲來之際，達瓦齊渾然不知，“終日飲酒，事物皆廢”。待到清軍前鋒進入準噶爾國境，眾多貴族紛紛不戰而降，舉國震動的時候，這才倉促向各地徵調兵馬，但是，早已經人望盡失的他，各鄂托克、昂吉都拒絕往援。眾叛親離之下，只得隨少數部隊退出伊犁，到今新疆昭蘇縣境內的格登山固守。5月，清軍佔領伊犁，隨後向格登山進發，與達瓦齊的軍隊對峙。夜裡，阿睦爾撒納僅率十幾人偷襲達瓦齊軍營，原本就心無鬥志的準噶爾軍全營大亂，潰退奔逃者十之七八。軍事天才大策零頓多布的孫子竟然無能至此，真是讓人可悲可嘆。
一仗下來，達瓦齊主力無存，天山以北又沒有了立足之地，只得收拾殘部2000餘人逃往南疆喀什噶爾。南疆一直是準噶爾汗國的屬地，但各城之所以服從統治，僅僅是因為準噶爾強大的武力，如今物是人非，哪裡還是可以憑藉的力量？得到清軍曉諭的南疆各城伯克都等著用達瓦齊作為給新主子的見面禮，可達瓦齊卻全然不知，到達烏什城，將兵馬留在城外，只待少量隨從進城。
烏什城伯克霍集斯早就暗通清軍，表面上設宴招待，等到將達瓦齊等人喝得大醉，便將其及其子羅布扎等70多人擒獲送往清營。達瓦齊的被擒，標誌著稱雄中亞120餘年的準噶爾汗國滅亡，甚至沒有一次像樣的戰鬥。但上天並不甘心就這麼結束一個曾經桀驁不訓的國家，仍然安排他們進行了最後一次亮劍，揮出不亞於他們英雄祖先時代鋒利的劍。而這最後一搏，將是無比的慘烈，乃至讓準噶爾不僅是亡國，也從民族譜中永遠的消逝了。