雖然野史小說都說慈禧太后厭惡珍妃，實際上在進宮之初，慈禧是很喜歡珍妃的。珍妃漂亮聰明，慈禧在她身上看到了自己年輕時的影子。慈禧知道她喜歡畫畫，便令宮廷女畫師繆嘉蕙教之，有進貢的稀罕之物，也必賞賜給她一份。但是經過一系列的事情後，慈禧對珍妃逐漸產生了反感，這主要是珍妃叛逆的性格所致。慈禧個性守舊古板，在她看來，珍妃的行為簡直是不守婦道。
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清朝末年，照相術已經傳入中國，卻被因循守舊的頑固人物視為“西洋淫巧之物”，甚至有人認為照相能攝去人的魂魄。珍妃對外界事物接觸比較多，好奇心強，便託人買來照相機。不僅在景仁宮，還在皇帝居住的養心殿以及其他地方，穿上各式各樣的時裝、不拘姿勢地照相。她穿的服裝在當時來說算是比較失體面的，這讓慈禧很看不慣，而且那時的慈禧還沒有認識到照相機的作用，因此反對在宮中使用。珍妃不顧她的反對，公然在宮中照相，於是惹怒了慈禧。據說珍妃不僅給自己和別人照相，還暗中讓一個姓戴的太監在東華門外開設了一個照相館。此事被慈禧得知後，照相館被查封，戴姓太監也被杖斃。
此外，珍妃還喜愛女扮男裝，穿戴男子的冠服與光緒嬉戲，甚至還穿上皇帝的龍袍。慈禧聽聞後大怒，以為不成體統，教訓了她一頓，但此時尚無殺她之心。
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珍妃真正觸怒慈禧的是她的干政。她通過光緒提拔兄長志銳為禮部侍郎，並破格提拔自己的老師文廷式為翰林院侍讀學士。清朝晚期，賣官鬻爵已成了公開的祕密，珍妃手頭緊張，見慈禧巧立名目、大肆賣官，心中羨慕，也欲效仿之。光緒寵愛她，對她的話唯命是從，結果事情敗露。慈禧得知後，厭惡之感頓生，不料珍妃非但不低頭認錯並且頂撞慈禧，使慈禧更為惱火。再加上備受冷落的皇后在旁哭訴獨守空閨之苦，於是慈禧決定嚴懲珍妃。於是有了珍妃被杖責的事情發生。不僅如此，慈禧還援宮中成例，犯事兒的嬪妃均交皇后嚴加管束，珍妃被幽閉於宮西二長街百子門內牢院，命太監總管專門嚴加看守，暫時與光緒隔絕。不過第二年，珍妃就被釋放出來，又開始在光緒身邊為他排憂解難，對他噓寒問暖。
光緒二十年(1894)十月二十九日，慈禧太后下發了一道懿旨，以“近來習尚浮華，屢有乞請之事”的罪名將瑾妃、珍妃降為貴人。此後，還連降兩道懿旨，一道命皇后嚴加管理後宮，另一道讓瑾妃、珍妃謹言慎行，改過自新。慈禧特地下令將這兩道懿旨製作成禁牌，掛在內廷，以儆效尤。慈禧主要打擊的是珍妃，瑾妃因為受了妹妹的連累，也被降級。光緒再三求情也無濟於事。直到光緒二十一年(1895)十月，慈禧才恢復了珍妃、瑾妃的封號。
珍妃雖然屢遭打擊，但是在朝政上，她仍然堅決站在光緒一邊，支持光緒變法，她的胞兄志銳和老師文廷式，也是帝黨的一員。慈禧於是將珍妃歸入慫恿光緒叛逆的人中，對其惡感更甚。
光緒二十四年(1898年)，甲午中日戰爭，中國慘敗。中國在甲午戰敗之後，民族危機日益嚴重。光緒帝也想勵精圖治，振興國家，並希冀在變法中從慈禧手中奪回實權，做一個名副其實的皇帝。光緒二十四年六月，光緒帝在康有為、梁啟超等人的輔佐下推行變法。珍妃對光緒帝的變法活動，給予了一定的支持和幫助。珍妃在政見上是支持光緒帝變法維新的。她在康黨和光緒帝之間居中協調，代呈奏議，起到了旁人難以企及的作用。她自幼在廣州長大，因而對康有為這個廣東人的映像也很好。康有為沒有專摺奏事之權，他的很多奏章都是珍妃代為傳遞的。而且，作為光緒所寵愛的一名妃子，珍妃在光緒變法期間在精神上和生活上給予了許多支持和幫助，對光緒的變法活動在客觀上也起了推動作用。
但是，這次變法活動遭到了以慈禧為首的頑固勢力的竭力反對，帝后兩黨的鬥爭異常激烈。後來由於袁世凱的告密，慈禧太后發動政變，幽禁光緒帝，捕殺維新黨人，變法運動遭到了頑固派的血腥鎮壓。珍妃在政變發生後，也被慈禧抓了去遭受廷杖並貶入冷宮。
這次珍妃被囚禁在景祺閣北頭一個單獨的小院裡，名東北三所。東北三所和南三所，都是明朝奶母養老的地方。奶母有了功，老了，不忍打發出去，就在這些地方住，並不荒涼。珍妃被囚禁之前，這個小院原是侍從下人居留的地方，珍妃入住後，正門被牢牢關上，打上內務府的十字封條，人進出走西邊的腰子門。這裡就是所謂的冷宮。珍妃住在北房三間最西頭的一間，屋門從外面倒鎖著，吃飯、洗臉等均由下人從一扇活窗中端進遞出。
庚子年(1900)7月20日，八國聯軍即將兵臨城下，北京城裡一片風聲鶴唳。慈禧決定攜帶光緒等一行人出走西安。慈禧一行離宮出走的日子為7月21日，慈禧沉珍妃在頭一天的下午。領班太監崔玉貴、王德環奉慈禧之命提前將珍妃帶到樂壽堂的頤和軒。據崔玉貴回憶，珍妃被帶到時，身穿淡青色綢子旗袍，頭冠則被摘去兩邊的垂絡。慈禧端坐殿中，說洋人馬上要打進城來了，外面亂糟糟的，誰也保不定會發生什麼事兒，萬一落到洋人手上受到侮辱，那就丟盡了皇家的臉，對不起列祖列宗，即明確暗示珍妃自盡。珍妃愣了一下，說：“我明白，不會給祖宗丟人的。”慈禧見珍妃不鬆口，又說：“你年輕，容易惹事!我們要避一避，帶你走不方便。”珍妃據理不讓：“您可以避一避，可以留下皇上坐鎮京師維持大局。”這話戳到了慈禧挾持天子的痛處，當即惱羞成怒，大聲呵斥：“你死到臨頭，還敢亂說!”珍妃頂撞：“我沒有應死的罪!”慈禧說：“不管你有罪沒罪，都得給我死。”珍妃說：“我要見皇上一面，皇上沒讓我死!”言下之意你慈禧說了不算，得皇上下令才行。慈禧嚷道：“皇上救不了你!來人，把她扔到井裡去!”崔玉貴、王德環一起連揪帶推，將珍妃丟進了貞順門的井裡，珍妃一路掙扎呼叫皇上，最後大聲喊道：“皇上，來世再報恩啦!”
她深愛的皇上沒能在她最危急的時刻來救她，甚至連最後一面也沒能見到。珍妃所以在冷宮裡忍辱等了三年，無非是盼望光緒好起來，自己也跟著好起來，“但願天家千萬歲，此身何必恨長門”，只求光緒能好，在冷宮裡忍幾年也算不了什麼!當雙方困難時期，彼此隔離，“身無綵鳳雙飛翼，心有靈犀一點通”。她和光緒的心情，是很容易理解的。但在老太后那樣的凶狠壓迫下，光緒又怎能好起來呢?
1901年春和議成，八國聯軍將退，慈禧命崔玉貴回京探聽消息，並查看宮內事宜，見珍妃所投之井依然如故，便命內務府將珍妃從井中撈起，裝殮入棺，7月24日葬於阜成門外恩濟莊內務府太監公墓南面的宮女墓地。1901年11月28 日，慈禧、光緒還宮，11月30日即下懿旨：“上年京師之變，倉促之中，珍妃扈從不及，即於宮闈殉難，洵屬節烈可嘉，加恩著追贈貴妃，以示褒恤。”慈禧假惺惺地以貞烈殉節掩世人耳口。而且為避輿論，藉故將崔玉貴謫貶，弄得好像都是手下太監闖的禍。民國二年(1913)，45歲的隆裕皇后逝世，與光緒合葬景陵。瑾妃此時已升為皇貴妃，因上面已無皇后管著，成了宣統必須尊敬的皇太貴妃，對宮中事務有了相當的決定權，於是趁機將妹妹從宮女墓地遷葬光緒景陵妃嬪園寢。皇家規定，皇帝皇后的墓地稱陵寢，嬪妃的墓地稱園寢。瑾妃還為珍妃立碑稱“恪順珍貴妃之墓”，總算為妹妹爭到了她應有的名分。也許，在今人看來遷葬這種名分毫無意義，人已早死，再要這種名號有啥意思?然而，在當時人的眼裡，那可是馬虎不得的大事。尤其對宮中嬪妃來說，一輩子爭的要的，還不就是一個稱謂名分?瑾妃還在珍妃遇害的井旁立了一小小靈堂，供著珍妃的牌位，靈堂上懸掛一額紙匾，上書“精衛通誠”，頌揚珍妃對光緒的一片真情。
珍妃是光緒帝真正傾心愛戀的女人。她的一生，短暫而又悽美，她與光緒帝患難與共的感情，至今仍讓人唏噓不已!