從1850年，也就是道光末年太平天國起義開始，農民軍對國內經濟造成了巨大的破壞，百姓紛紛離開家園。慈禧和東太后共同執政的時候，南方的農民起義逐漸被撲滅。如今國家太平，人民得以安定。這個時期，正是慈禧擴大自己的權力、排斥慈安的時候。
中國的史學家大多把平定戰亂，拯救黎民的功勞，算在總督曾國藩的頭上，這是中肯的。曾國藩、左宗棠等人，都是勇者。中國的儒教文化，真是有合理的地方，因此在幾千年後，都能出現這樣的人才，平定戰亂，拯救百姓，這都是儒教文化的力量。
曾國藩的名字，可以說家喻戶曉。他能夠成就大業，在於慈禧知人善任，賞罰分明，選拔人才得當的緣故。當國家沒有事情的時候，朝廷人才眾多，但能從這些人的言行中選拔真正的人才是不容易的事情。慈禧非常信任曾國藩的才能和忠誠，這是他能成功的原因。國內外的大官，除了榮祿之外，沒有人能比得上曾國藩在慈禧心中的地位。
榮祿是滿洲貴族，而曾國藩不過是湖南一個地主。中國史學家記載的太平天國的事情，非常詳細，從中可以看到曾國藩的性情和人品，還有就是慈禧掌握朝政，他的地位更加鞏固。有幾件事情和平定太平天國很有關係，但當時的奏摺、詔令都不怎麼提到，讓人感到可疑。
1861年，咸豐皇帝在熱河去世，圓明園被英法聯軍燒燬。等到合約簽訂後，兩位太后垂簾聽政。恭親王是議政大臣，他首先指定的政策，就是依靠外國軍隊平定內患。當時農民軍佔據長江流域，政府非常擔憂，因此不惜藉助外國軍隊，這不是很奇怪的事情嗎？但這真是中國政府高明的地方，因為當時長江是通商地區，外國人明白這一點，因此英國、法國早就想出兵了。
關於常勝軍的歷史就不再詳細記述了。1862年，常勝軍在江蘇圍剿農民軍。1863年2月，英國政府允許戈登在中國帶領常勝軍，幫助戡亂。此後官軍的聲勢大振，曾國藩得以平定戰亂，使中國重新太平，戈登為清政府平定戰亂做出了很大的貢獻。1863年12月，蘇州被收復，次年7月，南京被收復，洪秀全去世，戰亂平定。一開始外國政府都主張中立，後來幫助清政府剿滅農民軍，西方人不惜以生命的代價幫助清朝，這份情誼很重，就連法國的海軍提督都在中國戰死。
南京城被收復後，曾國藩上奏朝廷的奏摺，以及朝廷的詔令，都不曾提到戈登的功勞。曾國藩在奏摺中把功勞歸於死去的咸豐帝，這是中國的傳統，認為皇帝是神聖和無所不能的。這樣的心理，不只在中國，日本也很明顯。在戰勝俄國之後，其將領把功勞歸於天皇，和中國基本一致。
在中國，凡是因為國家而死的人，政府給予的待遇，那是活著的人比不上的。如果外國人有功勞的，那更比不上了。曾國藩有勇有謀，但在這件事上態度的轉變，讓人感到薄情寡義。戈登將軍雖然幫助平定戰亂，但也隨著英法聯軍攻入京城，燒燬圓明園，因此曾國藩不在奏摺裡提起他的功勞。
慈禧見到南京收復，心裡很高興，以皇帝的名義下達一道詔令，其抄錄如下，可以看到她的性格，詔令中說：
此次洪逆倡亂粵西，於今十有五年。竊踞江寧，亦十二年。蹂躪十數省，淪陷數百城。卒能次第蕩平，殄除元惡，該領兵大臣等櫛風沐雨，艱苦備嚐，允宜特沛殊恩，用酬勞績。欽差大臣、協辦大學士、兩江總督曾國藩……籌策無遺，謀勇兼備，知人善任，調度得宜。曾國藩著加恩賞加太子太保銜、賜封一等侯爵，世襲罔替，並賞戴雙眼花翎。浙江巡撫曾國荃……堅忍耐勞，公忠體國。曾國荃著賞加太子少保銜，賜封一等伯爵，並賞戴雙眼花翎。
其餘的人都依次有所封賞。隨後又下達一道命令，說皇帝應該親自到太廟及其他地方行禮，感謝祖宗、名山大河的庇佑。當時圍攻南京的戰鬥中，有一人記載了洪秀全死去的情形，抄錄如下：
偽天王洪秀全逆屍，將士積憤之餘，皆欲得而甘心。直至六月二十七日，始從偽宮內掘出。二十八日抬至營次，臣與臣弟國荃驗看。臣所帶委員中，有曾任刑部秋審處之勒方錡、龐際雲、孫尚紱等，暨各文武，公同相驗。該逆屍遵尚邪教，不用棺木，遍身皆用繡龍黃緞包裹，雖褲腳亦系龍緞。頭禿無發，須尚全存，已間白矣。左股右膀，肉猶未脫。驗畢戮屍，舉烈火而焚之。有偽官婢者，系道州黃姓女子，即手埋逆屍者也。臣親加訊問，據供洪秀全生前經年不見臣僚。四月二十七日因官軍攻急，服毒身死，祕不發喪。而城內群賊，城外官兵，宣傳已遍，十餘日始行宣佈等語。
平定戰亂之後，曾國藩留任兩江總督長達四年，到清末湖南人還認為兩江總督是他世襲的職位。在這四年中，他只有在平定捻軍時到過山東一次，但時間不長。到同治七年（ 1868 ）時，曾國藩升為直隸總督。到京城後立即得到了召見，並被一位王公貴族帶領，入內覲見。小皇帝面向西邊坐著，兩位太后在後面坐著，慈安在左邊，慈禧在右邊。
曾國藩這次被召見的經過，被記載下來，十分有趣，讀過之後，可以看到慈禧當時的神態。有關國家大事，慈安態度冷淡，凡是問答的話，都是慈禧和曾國藩完成，慈安並沒參與。曾國藩進入大殿後跪下，向前挪動幾尺，說：“微臣曾國藩敬請聖安。”說完後，脫掉帽子，磕頭謝恩，然後站起來，往前走幾步，跪在墊子上，離皇帝座位很近。
慈禧詳細問了曾國藩以前的事情，還有他的家庭情況。過了幾分鐘後，曾國藩磕頭告退。在召見他之前，太后已經仔細看過奏摺，召見的時候問的話簡明扼要。曾國藩退下後，太后賜給滿漢大臣肉食，並邀請他們聽戲。曾國藩有關加大建設直隸海軍、陸軍的建議，太后都仔細看了。曾國藩在直隸待了一年多，當時直隸總督駐在保定。因此天津教案，雖然難脫干係，但不能都說是曾國藩的過失。
這一年六月，南京總督馬新貽被刺死，朝廷下達命令讓曾國藩到南京任總督，調李鴻章為直隸總督，李鴻章在這個任上一共待了24年。當時曾國藩年紀已經大了，要求辭去自己江南總督的重任，慈禧不答應，並下達詔令：兩江總督缺極重要。曾國藩前在江督任內，諸事辦理完善，最為相宜。近雖有目疾，該督可總攬綱要，無事瑣屑也。
曾國藩在京城過60歲生日，慈禧賞賜很多，並且寫了一首詩來顯示對他的寵愛。後來又贈給他一個匾額，上面寫著“國之柱石”四個字，還有一尊佛像，一把玉如意，一件花衣服，十卷江南的綢緞，十匹紗。
到十月份，曾國藩離開京城，以後就沒再回來，一個月後，曾國藩接下總督大印，先處理刺馬案，把刺客張文祥稍加審訊後就定下死罪。第二年夏天，曾國藩到各地視察，遊玩各處名勝。太平天國被平定後，國家興盛，人民安居樂業，曾國藩看到秦淮一帶，許多遊船，音樂聲不絕，他滿意地說：“我這輩子又看見太平盛世，真是高興啊。”到了十二月份，他進入總督府辦公，就是原先洪秀全的宮殿所在。
曾國藩再次來到江南，任期不長。在1872年春節時他暈倒過一次。幾天後，蘇賡堂河帥來了，曾國藩出去迎接，在轎子裡讀經書，突然用手指向隨從，說不清話了。回去後自己寫日記：
餘病患不能用心。昔道光二十六七年間，每思作詩文，則身上癬疾大作，徹夜不能成寐。近年或欲作文，亦覺心中恍惚，不能自主。故眩暈目疾肝風等症，皆心肝血虛之所致也。不能溘先朝露，速歸於盡。又不能振作精神，稍治應盡之職事。苟活人間，慚悚何極？
第二天又寫：予精神散漫已久。凡遇應了結之件，久不能完，應收拾之件，久不能檢。如敗葉滿山，全無歸宿。通籍三十餘年，官至極品，而學業一無所成，德行一無可許。老大徒傷，不勝悚惶慚赧。
到了第二天，看一個奏章，他又暈倒一次，然後囑咐大兒子曾紀澤，給他辦喪事要按照過去的規矩，不要辦道場。第二天他又看鄉試中的一篇文章，下午到花園裡面遊玩，突然感覺不舒服，被抬到屋子裡，坐著去世，享年62歲。
當時記載，都說南京城中的百姓，在聽到曾去世的消息後都哭了。又說他死的時候，有很大的星星在城樓上隕落，朝廷上下知道後，都感到很難過，文武百官三天不上朝。太后下令，追述他的忠誠和做出的貢獻，在每個省都建立祠堂祭祀他，來表達朝廷上下對於他的感情。
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