朱元璋登基二十三年之後，李善長被殺，並且全家70多口人一個不留，僅僅因為長子李祺是朱元璋的女婿而倖免於難。李善長一案也成為了明朝開國以來最大的懸案。之所以說是懸案，並不是說案件懸而未決，而是這個案子太過於離奇，離奇到大家都不會相信，作為明帝國的首席開國功臣，真的會謀反嗎？
不止朝廷要員不信，就連街頭巷尾民間小人物也是不信的。李善長被殺第二年，就有一個偏遠地區的縣官上書鳴不平，按照常理，以朱元璋的脾氣，他自己欽定的案件誰敢說不服？看到奏摺應該龍顏大怒才對。而事實是，朱元璋把奏摺留中了，那名縣官也沒有受到任何的處分，彷彿沒看到一樣。這就奇怪了，難道朱元璋默認了縣官的鳴冤書？
再者，我們從常理來推導，李善長所謂的謀反案件，是被胡惟庸牽連進去的。也就是說，謀反的主謀是胡惟庸，想當皇帝的也是胡惟庸，而李善長是從犯，助紂為虐而已。試想一下，假如李善長幫助胡惟庸謀反成功了，他能獲得什麼樣的待遇？無非也就是開國的特等功臣罷了，生封公，死封王，還能怎麼升？而他現在已經是朱元璋的特等功臣了，這些榮譽，他在朱元璋這裡應有盡有，何必還要在但一次風險，去幫胡惟庸謀反呢？
所以無論從那個角度推導，李善長都不可能謀反。而朱元璋更是心知肚明。縱然如此，朱元璋還是把他殺了，以謀反的罪名。
原因到底是什麼？飛鳥盡，良弓藏嗎？恐怕未必是。如果是，朱元璋何必廢這麼大週摺到處"收集"和"製造"李善長謀反的證據？又何必等這麼長時間？要知道，朱元璋殺起人來根本不需要理由，排名第四的功臣宋國公馮勝，根據《明實錄》記載，賜死馮勝沒有罪名，原因是一些雞毛蒜皮的小事惹得朱元璋不高興了。由此可見，朱元璋絕對不是為了殺李善長而殺李善長，他費盡心機用十年時間編制罪名，這個步驟是萬萬不能省掉的。而且有很大的意圖。
我們都知道，洪武十三年，左丞相胡惟庸因為謀反，被朱元璋誅了九族。胡惟庸死後，丞相制度被廢除，並且朱元璋規定，子孫後代永遠不準復立丞相之位，後世敢有建立恢復丞相職位的，處以極刑。胡惟庸成了丞相制度的殉葬品，也成為朱元璋撕開廢除丞相制度的一個關鍵口子。
但是朱元璋怎麼能保證他百年之後，子孫後代聽他的話呢？萬一丞相制度死灰復燃怎麼辦？自己幾十年的努力豈不是前功盡棄？因此，朱元璋一定要把事情做絕，絕到讓後世的人提起"丞相"這兩個字就會心驚膽顫，讓後世子孫沒有一丁點的可能去妄圖恢復這個制度，他要尋找一種辦法，即使在他死後，也能確保丞相制度再無重現大明江山的可能。
這個徹底湮滅丞相制度的最後一個殉葬品，就是李善長。光死了一個胡惟庸還不夠，只有李善長也死了，丞相制度才會變成一個可怕的夢魘，讓人一提到就感到恐怖和窒息。
李善長是大明開國的第一任丞相，他的身份地位不用多說。丞相作為一種存在了兩千多年的制度，要想把他徹底廢除，就必須培養一個丞相中的"惡人"。這個人必須十惡不赦，讓丞相這一制度背上足夠的惡名。胡惟庸便是朱元璋培養了十三年的"惡人"。但是，胡惟庸是遠遠不夠的，他的資歷遠不及一起打天下的李善長。如果李善長也是同胡惟庸一樣的"惡人"，那豈不是就說明，"丞相"是一個惡的制度，必須加以廢除？如果不除，今後再出現一個李善長，大明朝怎麼辦？
為了大明基業的千秋萬代，朱元璋必須廢丞相這樣一個"惡"的制度。這個位置上連續出了兩個"謀反"的人，其中一個還是開國特等功臣。這樣的制度不廢除，難道留著過年嗎？
以上，就是朱元璋必須殺死李善長的唯一原因。