碳市場的整體運轉需要有相應配套的支撐工具才能順利運轉起來。最主要的支撐工具為碳配額註冊登記系統、碳排放數據報送系統以及碳交易系統。
碳配額登記註冊系統
碳配額登記註冊系統是用於記錄排放權的創建、歸屬、轉移及註銷等狀態及過程的工具，是配額及減排信用賴以存在的物理基礎。系統從本質上來說就是一本賬簿，記錄了配額（或減排信用）從產生到更換所有者到最後註銷的全過程。管理機構、排放企業以及其它碳市場參與者手中持有多少配額（或減排信用）都需要通過登記註冊系統來明確。登記註冊系統作為賬簿的實現形式有多種，從原始的紙筆記錄，到電子文檔記錄，到電子化系統均可；目前幾乎都採用可通過互聯網進行安全訪問的電子數據庫系統的形式。
在登記註冊系統中配額與減排信用的持有權一般是通過賬戶方式確定。賬戶大致分為三類：第一類是管理機構所持有的管理賬戶，配額的創建、分配以及最後的註銷均通過管理賬戶完成；第二類是市場參與者持有的賬戶，包括排放企業、減排項目業主及其它自願參與碳市場的機構、個人等；第三類是其它賬戶，包括交易平臺的賬戶、拍賣機構的賬戶等。如果管理機構進行配額的分配，相應數量的配額應從管理賬戶轉移到被分配者的賬戶；如果市場參與者進行配額交易，相應數量的配額應從出售者持有的賬戶轉移到購買者的賬戶；如果排放企業要完成履約合規，需要將相當於其排放量的配額（或減排信用）從自身的持有賬戶轉移到管理機構規定的賬戶。在數據交換過程中配額（或減排信用）需要按照相關標準進行編碼。
碳排放數據報送系統
碳排放數據報送系統是用於排放單位向主管部門報告有關碳排放數據信息的系統，是政府進行碳市場管理的數據基礎。報送系統既可以是原始的紙筆記錄，也可以是電子文檔記錄。但是由於填報信息的複雜性，使用電子化系統能夠確保信息的準確性以及管理上的靈活性。因此，碳排放數據報送系統目前幾乎都採用可通過互聯網進行安全訪問的電子數據庫系統的形式。
報送系統一般來說有三種賬戶。第一類是排放單位賬戶，是排放單位用於報告基本信息、具體的排放設施、設施的用能量、外購熱力電力量等政府規定報告的信息。第二類是核查單位賬戶，用途是核查機構對企業提交的信息進行核查，並將核查意見以及經過核查的排放量上傳到系統中。第三類是政府管理賬戶，用於組織管理排放報告核查進度，統計排放量等。排放系統需要與登記系統進行連接，以便明確企業需要繳納的配額數量。
碳交易系統
交易系統是交易所用於撮合市場交易的系統。與碳配額登記註冊系統和碳排放數據報送系統一般由主管部門開發管理不同，交易系統往往由交易所開發管理，將具體的交易規則，如連續交易、定價點選、競價出售等體現到系統中。主管部門和金融監管部門只對市場及交易做監管，並不負責具體的管理。
交易系統需要與配額登記註冊系統對接，以實現配額流轉的登記；也需要與銀行賬戶進行對接，來實現資金的轉移。主管部門允許參與碳交易的市場參與者可通過交易所在交易系統中進行開戶，同時還需要在登記註冊系統以及交易所指定的銀行開戶，才可以順利實現配額交易。
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