1.準確診斷
找出病因選擇敏感高效的藥物。臨床上支原體病、大腸桿菌病、新城疫、傳染性支氣管炎等一系列的細菌病、病毒病都可以引起呼吸系統疾病。
標本兼治，注意控制病原，並配合一定的解表藥物，才能獲得較好療效。當畜禽患急性支氣管炎時，若病畜咳同時帶有大量漿液性鼻液，並伴有發熱等全身症狀時，則是急性呼吸道感染，應以抗菌藥物控制感染為主，同時選用刺激性較弱，促進分泌的祛痰藥如氯化銨以及中藥桔梗、遠志等進行治療。
祛痰藥一般在飼前空’腹服用效果顯著。當痰的黏度增高，難以咳出時，應選溶痰藥或噁心性祛痰藥，如氯化銨、桔梗、遠志、碘化鉀、愈創木酚甘油醚，以及其他刺激性祛痰藥，如松節油、桉葉油等，後兩藥宜蒸汽吸入或相互配合進行治療。
2.注意給藥種類、途徑、劑量和療程
由於呼吸道疾病一旦表現較為明顯時，就很難控制，尤其是禽類，病菌分佈在氣囊部位，因氣囊部位的血管較少，使得許多抗菌藥較難達到該部位，而不能很好的控制疾病，因此、治療呼吸道病要選擇合理的給藥途徑，用藥時最好是飲水和噴霧給藥相結合，可達到更好的療效，用藥時一定要有足夠的療程。
3.藥物的合理配伍
根據藥物的結構合理選用對病菌敏感的藥物，作用位點相同的藥物聯合使用會產生拮抗作用，例如治療大腸桿菌不能選用同樣作用於50S亞基的藥物，酰胺醇類的氟苯尼考和大環內酯類如泰樂菌素等、其他類的泰妙菌素、林可胺類如林可黴素聯合用藥。作用位點不同的如四環素類作用於30S亞基和酰胺醇類藥物氟苯尼考，其他類的泰妙菌素、沃妮妙林作用於50S 亞基，聯合用藥則產生協同作用。根據藥物的作用機制，靜止期殺菌藥，氨基糖苷類如丁胺卡那黴素與快速抑菌藥四環素類如多西環素、大環內酯類如泰樂菌素、林可胺類如林可黴素。
4.臨床療效評價指標
許多廠家根據養殖戶所認為的療效標準——用藥後咳嗽不明顯，就認為有療效，結果產品中加人大量的西藥鎮咳藥，使得痰液不能較好的排出體外，雖然表面上不表現臨床症狀了，但由於沒有消除發病的根本原因，反而會造成較大的損失。
5.密切關注獸藥的耐藥性
一隨著養殖業的快速發展，養殖環境愈來愈惡化。細菌耐藥性越來越嚴重造成疾病混合感染現象較為普遍。給準確的診斷造成了很大困難。由於疾病診斷的不準確性，造成選用藥物不當，從而出現治療結果的不理想。為了防止耐藥性的影響要輪換用藥，交替用藥，協同用藥相結合，避免重複用藥，延誤治療時機。
6.加強飼養管理
許多呼吸道疾病是飼養管理不善造成的。例如：通風不良，有害氣體超標以及應激，飼養密度過高，帶雞消毒應用強刺激性藥物，疫苗免疫不當等原因引起的。應謹記防重於治的原則，平時做好畜禽的飼養管理工作，減少呼吸道疾病的反生，呼吸道治療過程中積極改善飼養環境，促進畜禽儘快恢復健康，從而避免重複感染，交叉感染等，從而降低養殖風險，提高經濟效益。
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