太平天國後期，由於太平天國高層的腐化墮落，洪秀全不問政事，軍政大權集於其兩位兄長之手，導致朝政紊亂，軍事上也接連敗退，清軍逐漸完成了對太平天國都城的合圍。
曾國藩和曾國荃率軍圍攻金陵（天京）時，清廷主要交辦了三個政治任務：
一是收復金陵，恢復清朝對江南一帶的控制；二是擒獲“首逆”洪秀全，徹底摧毀太平天國的有生力量；三是起獲傳說中洪秀全藏在金陵城中的寶藏，來充實國庫，處理多年戰亂下來的各種善後事宜。
對第一項任務，曾氏兄弟辦的還算可以，於同治三年（1864）成功炸塌城牆，並收復了金陵，但第二和第三項目標都落了空：曾國藩堅稱金陵城破後，並未在天王府發現什麼寶藏，一點錢都沒撈著；而天王洪秀全，早在城破前一個多月就自盡身亡了。
關於洪秀全的死亡時間，清朝的官方記錄和太平天國方面的供詞都比較一致，應該沒有疑問。比較有爭議的，是洪秀全的死因。
第一種說法，正如曾國藩所言，是因為清軍兵臨城下，洪秀全自知翻盤無望而自殺身亡；另一種說法，則認為洪秀全在太平天國後期已經長期病重，剛好在清軍攻破金陵前病死了。
關於曾國藩的說辭，是存有疑問的。雖然曾國藩領兵與洪秀全作戰多年，但兩人從未見過一面，湘軍攻破金陵後，曾國藩在天王府見到的，也僅是洪秀全的一具骸骨而已，洪秀全自盡身亡的說法，可能帶有一定想象的成分。而另一種關於洪秀全病逝的觀點，在太平天國後期僅存的大將李秀成的供詞中，得到了印證。
根據李秀成在獄中的供述，在湘軍圍城之時，金陵城內缺兵少糧，太平天國政權處於岌岌可危的境地。而作為太平天國領袖的天王洪秀全，由於長期不問政事，醉心於其宗教研究當中，此刻已經陷入了幾近癲狂的狀態。
比如李秀成勸諫洪秀全不要作困獸之鬥，應該讓城別走，圖謀再舉時，洪秀全大怒呵斥，自言有天兵天將幫助守城：
“我朕奉上帝聖旨、天兄耶穌聖旨下凡，作天下萬國獨一真主，何懼之有！不用爾奏，政事不用爾理，爾欲出外去，欲在京，任由於爾。朕鐵桶江山，爾不扶，有人扶。爾說無兵，朕之天兵多過於水，何懼曾妖者乎！”
而對於缺糧的問題，李秀成在供詞中敘述道，早在金陵城破前二三年間，洪秀全就命人四處採集一種叫“甜露”的野草，儲存在倉庫之中。洪秀全偏執地認為，食用這種野草有強身健體的功效，每天都以此為食。
因此，很有可能是由於長期食用野草缺乏營養，久而久之洪秀全的身體逐漸衰弱，加之敵軍圍城形成的巨大精神壓力，導致其患上重病，卻又因迷信上帝而不積極配合治療，最終一病不起。
當然，雖然洪秀全是病死，但曾國藩在軍事上施加的壓力，也是導致洪秀全病情加劇的主要原因。在無法也無需求證洪秀全真實死因的情況下，曾國藩最好的選擇是報告洪秀全自盡身亡。因為如果說他是病死，顯得是因為太平天國群龍無首，湘軍才攻破了金陵，有運氣的成分存在；而如果報告洪秀全自盡，則可以凸顯曾國藩的功勞，為曾國藩自己和湘軍的部屬們撈取更多的政治資本。