新中國成立後，實行市管縣的管理體制，但也有很多弊端逐漸暴露了出來：有的市片面地把縣當作自己的附屬行政單位，要求縣的經濟發展從屬於市轄區經濟發展的需要，並沒有真正突破傳統的“市屬”觀念而形成“市域”觀念。在處理一些全局性問題時，眼光只看到市轄區的那個行政“塊塊”，這種本位行為自然遭到了縣的普遍反對和抵制。
另外，在市管縣體制下，轄縣的經濟發展、發達到一定程度，達到現行的國務院設市標準，經國務院批准後升為縣級市。這樣的市名義上由省直轄，實際由地級市代管，於是局部形成了“市轄市”;當地級市管轄的縣全部升為縣級市時，出現了“設市城市群”，形成了完全意義上的“市轄市”新格局。
截至1999年底，不包括北京、天津、上海、重慶四個直轄市，有150個地級市代管著318個縣級市，這些地級市佔全國管縣的地級市總數65.5%，被管縣級市佔縣級市總數的74.5%，可見覆蓋面相當廣。
轄市最多的山東煙臺市，管轄7個縣級市，山東濰坊、江蘇蘇州二市均管轄6個縣級市，浙江杭州、山東青島、河南鄭州、河北石家莊、廣東江門也均管轄5個縣級市。
市轄市的弊端，不僅引起了同一個政區通名內涵的混亂，還會引發城市之間不合理競爭。並且，市轄市體制目前在法律上沒有依據，在實際運作中也產生了諸多矛盾，並給我國行政區劃層級制度帶來挑戰。
基於上述分析，實行市管縣體制(含市轄市體制)不是今後我國政區體制改革的根本方向。這是因為:無論是中心城市作用的發揮，還是市縣利益關係的協調，從根本上來說應該依靠市場機制或經濟手段，而不是依靠行政機制或行政手段。
因此，市管縣體制是我國新舊體制交替階段的一種過渡形式，隨著今後市場經濟體制的逐步建立，市管縣體制也將失去其存在的基礎。
另一方面，從行政管理的角度分析，市管縣體制把原來地區一級政權由虛變實，增加了一級政權管理層次，既增設了機構，擴大了編制，也不利於行政管理工作的高效運轉，顯然不符合今後我國行政管理必須高效、精簡的改革方向，同時與我國今後行政區劃層次應該儘量簡化的政區改革方向也是背道而馳的。
因此，逐步取消市管縣體制，是一種客觀的發展趨勢。
當然，由於我國的社會主義市場經濟體制的建立不可能一步到位，取消市管縣體制也只能是一個漸進的過程。在這種情況下，我們一方面要通過深化市場經濟體制改革，合理劃分市與所轄縣的事權和財權，積極培育城市中心市場，市政府代辦的經濟權限該放的放、該還的還，從而繼續發揮市管縣這種體制本身的一些積極作用。
另一方面，要結合我國政區改革的總體方針，特別是高層政區的省區劃小，積極探索徹底取消我國市管縣體制的新路子。與此同時，在不可能馬上取消市管縣體制的情況下，還應認真總結經驗教訓，進一步改革和完善“市管縣”本身這種體制。
