一、淡水通常都認為浸泡淡水會引起卵圓蟲的營養體破裂，而從魚體身上清除寄生蟲，然而這卻不是事實，因為營養體只會形成孢囊體從魚體身上脫離出來。據發現，未分裂的孢囊體可在淡水中存活超過6個星期，且回到海水環境時，仍可繼續分裂並繁殖出雙鞭毛孢子。但是淡水仍會影響到卵圓鞭毛蟲的存活時間，例如：它在淡水中比在蒸餾水中活得久，甚至在某些“硬水”中，仍能正常分裂，但在淡水中是不會產生雙鞭毛孢子。
二、氯化作用一般含氯漂白劑都被認為是全面消毒、處理水族箱的的好方法，但研究指出，卵圓鞭毛蟲不會輕易地被氯化作用殺死。孢囊體在每公升的水中添加1毫升的稀釋漂白劑溶液中浸泡1小時，或在每25公升的水中添加一毫升的稀釋漂白劑溶液中浸泡24小時後，仍能正常地繁殖，而一細菌在每50公升的水中添加1毫升的低稀釋漂白劑溶液中浸泡20小地後，就完全被殺死。
三、藥物治療通常認為雙鞭毛孢子孢囊體比更易被藥物及化學藥品殺死，且一般用混合藥劑比較有效。但有趣地，沒有任何硫酸銅配劑可預防分裂或殺死雙鞭毛孢子，甚至在使用治療藥劑5次之後，仍無法有效地治療。然而在高濃度的硫酸銅劑量下，一些孢囊體會行不正常分裂，製造出成對但無活動能力的雙鞭毛孢子，或是遊動行為不正常的雙鞭毛孢子，這可以解釋為何以銅配劑藥連續性或間歇性控制卵圓鞭毛蟲時有效用，但卻始終無法將它們完全根絕的原因。
首先排空水族箱，以淡水清洗或浸泡，然後再注水，但這種方法仍無法根除卵圓鞭毛蟲；在移除水族箱內所有魚類和其他動物後，以下列三種方式再做一次安全措施：(1)將含有海水的水族箱空置6～8星期以確定所有的雙鞭毛孢子都已蛻變並且死亡。此項程序可藉由提高溫度到35℃以上，可縮短至2個星期。(2)於每公升水中添加4毫升的漂白劑浸泡在水族箱內，循環24小時，然後用淡水徹底沖洗水族箱，再重新開始飼養。(3)將水族箱排空，並讓它完全乾燥，再重新注入新水，因為雙鞭孢子蟲，甚至是孢囊體中的卵圓鞭毛蟲，都無法在乾燥環境下存活下來。
預防和控制卵圓鞭毛蟲的界限上並不十發明顯。一般以淡水浸泡就能清除新魚大部分的寄生蟲，但一些已深陷在鰓瓣或體表黏液中的卵圓鞭毛蟲，仍會在水族箱中成長和繁殖。附有紫外線殺菌燈或矽藻土過濾器的水處理系統，對病原菌的控制有實際的助益，但仍未被證明可以完全有效地控制。因此預防的最好方法，就是對新魚進行無藥物的檢疫隔離，但若卵圓鞭毛蟲仍未完全清除之下，使用銅配劑藥物控制，仍不失為一有用的處理。當前市售的SERA治卵圓蟲A＋B劑能有效地控制卵圓蟲的活動，達到治療的效果。治療後，再以SERA銅測試劑檢驗銅離子的濃度，並利用SERA水質安定劑迅速地中和銅離子即可。