90%的艾滋病患者在疾病的不同時期都有神經系統症狀，可發生艾滋病性腦炎，這時可有進行性認知能力減退，並伴有運動及行為的異常。鉅細胞病毒、單純皰疹病毒、弓形蟲、梅毒等都可引發腦炎。
HIV、鉅細胞病毒、結核桿菌、卡波西肉瘤都可能引起血管病變。
胸腺、甲狀腺、胰腺、腎上腺、腦垂體等也會發生病變。睪丸產生病變時睪丸萎縮、精子減少。
10%~30%的艾滋病患者有腎功能障礙，早期表現為蛋白尿，晚期可發生尿毒症。
艾滋病還可引發結膜炎，嚴重者喪失視力。
消化系統為機會性感染常發部位，表現為長期性、持續性、嚴重性腹瀉。
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