非洲豬瘟在實際中並不總是表現出完整的臨床症狀。在疫病的早期階段或當少數動物受到感染時，很難實現臨床診斷。因其症狀容易與其他疾病的症狀相混淆，臨床診斷非洲豬瘟通常是推測性的，在實驗室確診前，任何診斷都不具有結論性。
豬繁殖與呼吸綜合徵（PRRS）
豬繁殖與呼吸綜合徵也被稱為“豬藍耳病”，其特點是在豬的生長和育肥期出現肺炎以及妊娠母豬流產。通常伴有發燒、皮膚髮紅，特別是耳部出現青色淤血，同時也會出現腹瀉等症狀。高致病性的豬繁殖與呼吸綜合徵主要表現為高死亡率、高發熱、嗜睡、厭食、咳嗽、呼吸困難、跛行、青紫/發藍（耳朵、四肢和會陰）。屍體解剖能夠發現包括肺部病變（間質性肺炎）和淋巴器官（胸腺萎縮、淋巴結腫大和出血）以及腎臟瘀斑出血等症狀。
豬丹毒
這種由豬紅斑丹毒絲菌引起的細菌性疾病，通常在仔豬中看到急性死亡，儘管死亡率通常比非洲豬瘟低得多，但其特徵是突然死亡。在成年豬中，與急性非洲豬瘟一樣，脾臟可能充血並明顯腫大。其他的剖檢病變包括肺部和周邊淋巴結充血，以及腎臟、心臟和胃漿膜的出血。本病通過細菌分離實驗可以確診，青黴素等有良好的治療作用。微觀的變化與典型的非洲豬瘟不同。
豬偽狂犬病
豬偽狂犬病，在感染的動物中引起生殖系統和嚴重的神經系統症狀，經常導致死亡。仔豬受影響最嚴重，在前兩週死亡率可達100%。仔豬通常發燒、停止進食，並表現出神經症狀（顫抖、痙攣、癱瘓），經常在24-36小時內死亡。在胎兒或仔豬中，肝臟上出現白斑是病毒感染的高度特徵性變化。
除了上述的主要的鑑別診斷病種外，養豬人還需要考慮其他可能的情況，包括普遍的敗血症或出血（瘀血）等。
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