當年“辛丑條約”籤成，兩宮移駕回京，段祺瑞奉袁世凱之命，率部在道路兩旁立正行禮。醇親王載灃見了，當場就責問他：
“這是你的部隊嗎?……見了兩宮聖駕緣何不下跪?”
段祺瑞認為，不下跪很正常，因為北洋新軍是按照德式操典訓練的，根據操典規定，軍儀就是最高禮節。
載灃聞言很是不悅：
“難道大清的新軍僅有你一家?”
載灃不但是親王，還是當朝皇帝光緒的親弟弟。可是段祺瑞仍然毫不客氣地給頂了回去：
“別的新軍如何，屬下不清楚，但我這是按操典規則行事。”
“大膽!”載灃頓時被對方的倔犟態度給激怒了。
就在眾人都在替段祺瑞擔心的時候，有人出來給他解了圍——坐在轎子裡的慈禧太后傳下話來：
“新練之洋隊參用西法，訓練有素，堪為棟樑。”
有了這道旨意，載灃才不好再說什麼了。
袁世凱小站練兵至1905年北洋六鎮編練成軍，每鎮一萬二千五百餘人，除第一鎮系滿洲貴族鐵良統率的旗兵外，其餘五鎮都在他的控制之下，重要將領幾乎都是小站練兵時期的嫡系軍官。平時袁世凱灌輸給士兵的思想是，他們吃的是袁世凱的飯，穿的是袁世凱的衣服，並且供奉有袁世凱的排位。
同時，袁世凱還兼任督辦電政大臣、督辦鐵路大臣及會議商約大臣。在此期間，他在發展北洋工礦企業、修築鐵路、創辦巡警、整頓地方政權及開辦新式學堂等方面，都頗有成效。
通過辦理新政，他得以“內結親貴，外樹黨援”，很快形成了一個以他為首的龐大的北洋軍事政治集團。袁世凱大力襄贊新政，包括廢科舉、督辦新軍、建學校、辦工業等，第一支中國警察隊伍亦於天津成立，也籌劃修建了中國第一條自主建造的鐵路——京張鐵路。
袁世凱北洋集團勢力的擴張，對掌握中央政柄的滿洲親貴集團的世襲地位構成嚴重威脅。皇室親貴煽動一些御史上疏屢彈劾袁世凱權高勢重，甚至預言將步曹操、劉裕後塵。1906年，袁主動辭去各項兼差，並將北洋軍一、三、五、六各鎮交陸軍部直接管轄。1907年，又被調離北洋，到北京任軍機大臣兼外務部尚書，成為中樞重臣。
1908年11月光緒帝和慈禧太后相繼病死，年幼的溥儀繼位，改元“宣統”，其父載灃為攝政王。也就在她死後不到五年，袁世凱就背叛了她。
在 袁世凱勢力快速膨脹和囂張跋扈的時候，慈禧太后、光緒皇帝都還在，有足夠的時間來除掉袁世凱，但是慈禧太后為什麼沒有殺了他呢？這中間發生了什麼？
英國駐華公使朱爾典曾看完秋操後，在會見清廷大臣時直言不諱：
“我看中國之軍事，唯有新建陸軍，而中國之軍事統帥，也唯有袁總督大人了。”
慈禧為什麼不殺了袁世凱這樣一個功高蓋主的朝廷重臣？
慈禧在世還是有能力控制住政局，而載灃則才能平庸，年輕且缺乏號召力，作事也明顯欠妥。
袁世凱不單是漢人，就算在整個王朝，有幾個人的能力和權力能和他抗衡？還不說袁世凱的為人了，光緒皇帝幼稚聽信康有為，他要是聽從袁世凱的勸告，不要急進改革的話，謀定而後圖，定能戰勝後黨……
慈禧不會幹這種傻事。作為一個宮廷權力鬥爭的高手，這個老太婆向以狠鷙多智著稱，其心機和魄力決非一般婦女所能及——只要試想一下，連曾國藩、李鴻章等中興名臣，都曾被她放在手掌中撥拉來撥拉去，又何況袁世凱這些後起之輩。
湘軍、淮軍、北洋軍，經歷過這麼事情的慈禧也是處變不驚，以為北洋軍不過是另一個淮軍。北洋軍上下，都是袁世凱的心腹。就像淮軍首領李鴻章一樣，慈禧是大膽使用的。
5.駐紮保定的北洋將領段祺瑞鼓動南苑兵丁鬧事，準備以平定“南苑兵變”為名進京，雖然事件很快被平息，卻震懾了朝廷。
6.袁世凱在官場經營甚久，更親手編練了大清朝軍力最強的北洋六鎮，黨羽遍及軍政商
7.內有奕劻的阻撓，外有北洋六鎮近在臥榻之側的威脅和英美公使的警告，載灃縱有想法也只能徒喚奈何，坐視袁世凱優哉遊哉。
