里約奧運會，菲爾普斯以23枚奧運金牌結束了自己游泳運動生涯，菲爾普斯曾調侃說過“我不會再復出，除非Boomer （菲魚兒子）哪天想看我游泳，我才會考慮復出”。
有人說菲爾普斯的人生應該是沒有遺憾了吧！的確，按菲魚本人的說法也是說：沒有遺憾的退役了。可是如果有奉行完美主義者硬要挑菲魚生涯中的幾個遺憾。小編也可以挑出幾個遺憾的：
2012年倫敦奧運會200米蝶泳以0.05秒輸給當時只有20歲的南非運動員勒克洛斯，他在里約奧運會獲得200米自由泳銀牌，孫楊獲得金牌。他就是當時前程遊得嚇人的一道那位帥小哥。這個200米蝶泳輸了，也使菲魚200米蝶泳沒能實現奧運會三連冠。
2009年羅馬世錦賽，北京奧運會剛過去一年創造200米自由泳世界紀錄1分42秒96的成績，被穿著快速泳衣的德國動員比德爾曼（提高個人最好成績6秒）以1分42秒整創造世界紀錄的成績破掉了，而這場比賽菲魚獲得了銀牌。
2009年和2011年菲魚的隊友羅切特在兩屆游泳世錦賽都打破了世界紀錄，一直到如今，200米混合泳記錄依舊停留在1分54秒整，並且羅切特在該項目上已取得世錦賽四連冠的佳績。不僅如此，2011年200米自由泳羅切特也打敗了菲魚，自此之後，菲魚再也沒有在世界大賽上參加200米自由泳比賽。
2016年裡約奧運會，曾經是菲魚的小粉絲並和菲魚合影過的新加坡運動員斯庫林以黑馬姿態出現，最終以50秒39的成績“爆冷”擊敗了菲爾普斯，為新加坡贏得了史上首金。
2007年墨爾本游泳世錦賽，4×100混合泳接力，由於隊友克羅克搶跳，菲魚無法在那屆實現八金偉業，這個目標到了北京奧運會終於實現了。
2012年400米混合泳由於多個項目比賽，體力不支，最終只獲得第四名得成績，這也是菲魚罕見的未登上領獎臺的比賽。
2005年蒙特利爾游泳世錦賽，美國選手克羅克以50秒40的成績打破世界紀錄奪冠，而當時菲魚獲得銀牌的成績是51秒65，之前的2003年菲魚也在這個項目上輸給克羅克。
2004年雅典奧運會200米自由泳銅牌，金銀牌分別由澳大利亞大腳索普和荷蘭名將霍根班德獲得。
由此看來，無論是多偉大的運動員，多多少少都會有一絲遺憾，但作為菲爾普斯來說，他已是前無古人，恐怕後也很難會有來者超越他的金牌數了。