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秦始皇三十三年（公元前214年），秦始皇任命任囂為主將、趙佗為副將，率軍五十萬進攻百越各部族，完成平定嶺南的大業。整個嶺南由此劃入了秦朝的版圖。
秦軍滅百越
又一個故事這幾年廣為流傳：重病在身的秦始皇召見南征軍副帥趙佗時，叮囑他五十萬南征秦軍必須留駐嶺南，縱然是中原有變，亦不得回援，“中原但有不測風雲，南海軍切勿北上靖亂，當斷然封閉揚粵新道，不使中原亂局波及南天。將軍謹記：老秦人北上，則華夏從此無南海矣！ ”。後來秦始皇去世，秦二世胡亥和趙高亂政，各地農民軍蜂起，大秦帝國搖搖欲墜，而此時任囂已故，趙佗繼任嶺南秦軍主帥，按照秦始皇之前的命令，斷絕和中原的所有通道，為華夏守住嶺南疆土疆土。
南越王趙佗塑像
這個故事體現了秦始皇作為千古一帝，為華夏民族千秋基業而無私忘我的雄才大略和廣闊胸襟 ——可惜卻只是現代小說家的杜撰。此情節出自小說《大秦帝國》第五部《鐵血文明》，隨著小說《大秦帝國》的前三部分別改編成熱播電視劇，原著也成為熱門歷史小說，因此這一情節也廣為流傳 。但實際上，根本就不存在這樣一份”秦始皇遺詔“。道理很簡單，作為一代帝王，秦始皇首先要考慮的是華夏故地的統治權，內地有變時，很顯然是需要放棄邊遠地區，保護華夏核心區的，所以秦始皇絕不可能下這樣的遺詔。趙佗斷絕五嶺通道，自立為南越國王時，也並沒有公佈過這份”遺詔“。
“五十萬秦國正規軍滯留嶺南，為保護華夏國土，即便秦亡也未擅離職守。”這一說法雖然流傳甚廣，但卻是對史書的一知半解。首先，根據史書記載，秦始皇派去開拓嶺南的五十萬人，以各地“發諸嘗逋亡人、贅壻、賈人”為主，分別是曾有逃避差役記錄的百姓、贅婿和小商人。也就是說，這五十萬人並不是正規軍，而是由當時社會的最底層人士拼湊起來的一隻去開拓新的疆土的武裝移民隊伍，而作為核心的國家正規軍人只佔其中的一半都不到，正規軍中大部分還是原楚國降軍，真正屬於從前那支威震天下數百年的大秦鐵軍的，只佔其中的核心少數。這隻軍隊雖然也號稱正規軍，但和掃平六合的大秦鐵軍相比，差距不小。
其次，當時百越地區還幾乎是未開發狀態，瘴疫叢生毒蟲遍佈，秦軍在當地水土不服，非戰鬥減員非常嚴重。與此同時，因為道路不通，後勤補給十分艱難。而百越人紛紛逃入原始叢林，展開“游擊戰”，不肯臣服秦國。因此這場戰爭曠日持久、慘烈異常。連秦軍首任主帥屠睢也在一次百越軍夜襲中陣亡，直到繼任主帥任囂、趙佗到任之後，花了足足九年時間（公元前219年至公元前210年），才終於征服百越大地，將其納入大秦帝國版圖。根據史料記載，建立嶺南三郡（南海郡、象郡、桂林郡）時，南征秦軍只剩下大約10萬人，而當地臣服的百越人口，也從戰前的五十萬銳減到不足30萬。所以，當公元前208年，秦末農民戰爭如火如荼之時，任囂和趙佗根本無力北上救援，保證嶺南地區不淪陷已經是他們最大的能力了， 所以他們才會“興兵絕新道”（封鎖了嶺南地區和中原的通道），不是秦始皇留有遺命，而是實在力不從心。
南越國地圖
秦始皇南征百越，修建靈渠，開拓嶺南大地，使之擴展為新的華夏領土，當然是功蓋千古的歷史貢獻，但也並不需要捏造的故事來為他的傳奇增光添彩，這樣的編造，反而會給秦始皇抹黑。