獨立門戶的策妄阿拉布坦雖然從1689年起便與噶爾丹完全對立，逐漸控制了準噶爾汗國大部分領土和屬國，但始終不是被承認的正統統治者。直到噶爾丹在昭默多徹底戰敗，西藏教廷的實際控制者桑結嘉措才不得不派人到準噶爾，冊封他為“琿臺吉”。1697年，策妄阿拉布坦成為準噶爾汗國第四任汗王，他最終從叔叔的陰影中走了出來。
可噶爾丹時代的大好局面已經不復存在，出現的是喪城失地，內憂外患。東面，由於對清戰爭的失敗，汗國不但沒能佔領喀爾喀，而且連阿爾泰山東坡、科布多河谷、烏梁海的廣大牧場以及重要城市哈密全部丟失。西面，原本臣服的哈薩克汗國重新宣佈不再繳納貢賦，並開始收復被準噶爾人佔據的牧場。北面，俄羅斯帝國又開始南下，甚至決定派軍隊進駐原葉爾羌汗國地區建立要塞，開掘金礦。至於由於戰爭損失的人口、牲畜、財物對於脆弱遊牧經濟來說，更是不能承受之重。
策妄阿拉布坦必須隱忍之後，才能再現輝煌。他將噶爾丹的骨灰送往清朝，並派出貢使，表示恭順，避免清軍趁得勝之勢向本土進軍。對於俄羅斯，他也派出使者，表示友好，只求各守邊界，不發生爭端。他先後迎娶和碩特汗國達賴汗、土爾扈特汗國阿玉奇汗之女為妻，增強衛拉特各國之間的聯繫。甚至對一向處於弱勢的哈薩克汗國，他都將噶爾丹曾經俘虜的其頭克汗之子送回，以示和好誠意。
各國在策妄阿拉布坦的外交之下，都作了相當的迴應，各方的壓力暫時緩解。而哈薩克汗國可能是因為被準噶爾人欺壓得太久，現在見其衰弱，根本不願講和。頭克汗將策妄阿拉布坦派去護送其子回國的500人全部殺死，並派兵襲擊阿玉奇汗送女兒到準噶爾完婚的隊伍，險些將新娘搶走。
老虎再衰弱，也不是病貓。對於清、俄兩個大帝國暫時不能亮劍的策妄阿拉布坦對於哈薩克還沒有放在眼裡。何況，失去的土地、屬民和財物正發愁沒有地方彌補。於是，從登上“琿臺吉”之位的後一年，也就是1698年開始，策妄阿拉布坦便出兵連年進攻哈薩克，1698至1699年將額爾齊斯河西岸、哈薩克草原全部收歸囊中；1710至1711屢敗頭克汗，繳獲大量人畜；1716年，更是聯合圖爾扈特汗國東西呼應，經過兩年戰爭，將哈薩克人全部趕出阿亞古斯河以西。
頭克汗當初的傲慢，給自己和所有的屬民帶來深重災難，1718年，頭克汗病死，完整的哈薩克汗國不復存在，出現了大、中、小三個玉茲分裂割據的局面。而準噶爾通過這這一系列的戰爭，牧場擴大，繳獲豐富，尤其是鍛鍊了軍隊，國勢日益增強。既然有了實力，對於一些原本不得不忍的事，便會改變態度了。
首先是對俄國。1716年，策妄阿拉布坦派自己的堂弟大策零頓多布率軍一萬包圍了俄國亞梅什湖地區的亞梅舍渥要塞，並將俄國所派的援軍全殲。強令俄國拆除要塞，撤出自己的領土。俄軍3000餘人被圍困，苦苦支撐，最後撤走時，僅剩700餘人。大策零頓多布是準噶爾的一代名將，策妄阿拉布坦和噶爾丹策零父子兩代對外戰爭的輝煌，都有他參與其中。亞梅什湖之戰，是他第一次嶄露頭角。
俄國見狀連忙派使者切列多夫到準噶爾談判，可策妄阿拉布坦“對俄國使者的事連聽都不想聽，而把這位使者扣押了整整五年”。俄國驚訝於這位琿臺吉突然的強硬，像葉爾羌地區滲透的步伐只好先慢了下來。
其次便是對清帝國。策妄阿拉布坦與噶爾丹不同，他沒有從小受到濃厚的宗教薰染，對他來說，利用宗教成就霸業，比因為宗教的虔誠而發動聖戰重要的多。如果說噶爾丹是為了建立一個以黃教為國教的大帝國而奮鬥終身的話，策妄阿拉布坦便是希望讓黃教幫助自己成為強大帝國的統治者。
可他沒有噶爾丹那樣在黃教教廷無以倫比的威望和豐富人脈，噶爾丹那種與教廷魚水交融，共同進退的關係對策妄阿拉布坦來說完全不可想象。何況，幾乎在噶爾丹走向敗亡的同時，他的同窗好友，和碩特汗國第巴桑傑嘉措隱匿五世達賴圓寂的祕密被戳穿，引起教廷動盪。到和碩特汗國第四任汗王拉藏汗繼位後，對於教廷的控制逐漸加強。1705年，更是殺死桑傑嘉措，廢黜其擁立的六世達賴倉央嘉措，從新選定阿旺伊西嘉措為六世達賴。原本獨立的教權如今已經完全掌握在和碩特汗廷手中。
當務之急，控制教廷，號令蒙古各部，是針對清朝最好的策略。這要比直接與清朝進行單挑有利得多。而局勢也有可利用的變化：青海諸和碩特臺吉不滿拉藏汗擅自廢黜達賴喇嘛，在青海找到格桑嘉措宣佈為六世達賴喇嘛，與拉藏汗對立。
策略應當如此，時局可以如此，雖然自己的妻子之一是拉藏汗的妹妹，自己的女兒又嫁給拉藏汗長子，策妄阿拉布坦也只能拿自己的大舅哥兼親家公開刀了。1716年底，經過縝密策劃，策妄阿拉布坦命大策零頓多布率軍6000以護送拉藏汗長子噶登丹衷及其妻子回藏的名義向西藏進軍，同時另派300人的隊伍前往青海塔爾寺，準備劫持被青海諸臺吉擁立的格桑嘉措一起前往西藏。
這本是大有可為的計劃，但策妄阿拉布坦卻太過忽略了清軍的警惕性，格桑嘉措在清軍的監護下哪裡是300人便可以劫持得了？結果，當大策零頓多布率領鐵騎飛渡萬里關山，到達西藏那木錯湖的時候，與他同時出發的小分隊卻被清軍擊潰。準噶爾最後未能控制西藏，這是至關重要的一步。
拉藏汗雖然接到麾下將領的警報，但對於準噶爾軍會襲擊自己根本未做準備，結果，大策零頓多布一路上宣傳自己是擁立格桑嘉措回藏，獲取了西藏人心，沿途關隘無不望風而降。已失先機的拉藏汗想在當雄草原迎戰準噶爾軍，但又接受了屬下錯誤的建議，全軍回師拉薩固守待援，完全放棄了戰略主動。
1717年11月，準噶爾軍兵臨城下，將拉薩城圍得水洩不通。拉藏汗眾叛親離，各大寺的喇嘛以及下屬官員紛紛投降準噶爾軍。月底，大策零頓多布指揮全軍攻城，不費吹灰之力便攻陷拉薩。拉藏汗戰死，長子被殺，次子被俘，和碩特汗國覆亡。
可在戰場上指揮若定的大策零頓多布卻是個政治上低能兒，進入拉薩後，縱兵搶掠，甚至連布達拉宮都進行洗劫。原本人心所向的局面，頓時成為人心離散。再加上劫持格桑嘉措的計劃失敗，“護送格桑嘉措回藏”也成了謊言，藏人對於準噶爾更是深惡痛絕。
黃教是清廷賴以安定眾蒙古的重要保障，黃教聖地被準噶爾控制無論如何是不能容忍的，康熙皇帝迅速做出了反應。1718年3月，西安將軍印務總督額倫特率軍7000與四川提督康泰所率1000偏師分別從青海的庫庫賽、拜圖和四川打箭爐進入西藏，欲圖驅逐準噶爾軍。
大策零頓多布再次發揮了他的軍事天才，先派輕騎引誘青海一路清軍主力，後又派人詐降，帶著清軍一步步進入自己精心佈置的包圍圈。額倫特為了速戰速決，沿途之上不設兵站，一路急行軍，使得人困馬乏，後援也完全無法保障。
7月17日，額倫特所部6000餘人到達那曲，才發現上當，但大策零頓多布已派部隊切斷清軍歸路，將其包圍。額倫特無奈，只得命軍士用大石砌成臨時工事，堅守待援。可由內大臣策旺諾爾布率領的1000後續部隊被準噶爾軍擋住，跟本無法前進。四川方面的清軍則更是窩囊，提督康泰入藏不久便被當地黑帽喇嘛誘殺，所率清軍除500人被俘外，早已全軍覆沒。
額倫特徹底陷入絕境，大策零頓多布不著急進攻，只是一味包圍。一月過後，清軍糧盡，所有的馬匹都被宰殺，士兵餓的連刀槍拿不動。大策零頓多布這才發起總攻，輕而易舉的將所有清軍斬殺殆盡。兩路人馬幾乎無人生還，清廷大為震驚。多數大臣都認為“藏地遠且險”，不宜動兵，打算就此作罷。而康熙皇帝雖然已進入暮年，但壯心不已。認為若西藏控制在準噶爾汗國之手，不但青海、雲南邊境不寧，蒙古諸部也難以相安，於是力排眾議，決定第二次對藏用兵。
是年10月，康熙皇帝命自己十四子固山貝子胤禵為“撫遠大將軍”坐鎮西寧，調集兵馬20000餘人護送格桑嘉措入藏。同時，命四川護軍統領噶爾弼為定西將軍，嶽鍾琪為副將軍，率軍7000由四川入藏以為策應。為了配合這次進軍，康熙皇帝還充實了駐紮在清準邊境的傅爾丹駐軍，並命富寧安率軍襲擊吐魯番。
與康熙相比，策妄阿拉布坦棋輸一招，也許是看到堂弟在西藏全殲清軍感到欣慰，竟一直沒有再派援軍。當得知清軍很快便又組織新的攻勢，準備派援軍時，又面對著清軍在邊境增兵，為了確保本土，只得按兵不動。而西藏本地藏人為了反抗準噶爾軍，也先後有拉藏汗部將康濟鼐、頗羅鼐分別在阿里和日喀則起兵，進軍拉薩，阿里布巴在工布地區起兵襲擾。大策零頓多布除了本部6000準噶爾軍外，再無法調動其它軍事力量。
1720年，清軍兵分三路進入西藏。孤立無援的大策零頓多布只能盡力而為，派小股部隊沿途騷擾清軍，並頻頻發動偷襲，給予清軍重大殺傷，僅在卜克河畔偷襲清軍大營，便斬殺千餘人。但清軍人數眾多，齊頭並進，並先期佔領拉薩，對準噶爾軍形成前後夾擊之勢。寡不敵眾的大策零頓多布只得放棄與清軍決戰的計劃，率軍撤回準噶爾。
策妄阿拉布坦經營三年的西藏被清軍奪得，控制教廷計劃最終成為泡影。非但如此，清軍挾戰勝之威屢屢騷擾準噶爾邊境，一度佔領吐魯番，俘虜駐守在邊境的杜爾伯特臺吉垂木伯爾以下2000餘人，擄掠大量牲畜、物資，甚至踐踏了烏蘭呼濟爾的軍屯區，踐踏毀壞大量莊稼。準噶爾軍前去迎擊，清軍卻又迅速撤走遠遁，並不接戰。
更讓策妄阿拉布坦惱火的是，得知自己在西藏失敗消息的俄羅斯，竟然又開始蠢蠢欲動，派利哈列夫率領450名裝備有新式槍支和火炮的“考察隊”進入齋桑湖準備建立要塞。策妄阿拉布坦把在西藏失敗的怨氣全部撒在俄國人頭上，命長子噶爾丹策零率軍與俄軍激戰三天，最終將其擊退。
1722年12月20日，清帝國“聖祖”康熙皇帝病逝於北京，健康狀況業已不佳的策妄阿拉布坦也沒有過多的精力與清軍糾纏，雙方邊境一直持續不斷的摩擦終於停止下來。為了緩和關係，策妄阿拉布坦派垂納木喀為使臣前往北京。繼承康熙皇位的雍正皇帝仍然堅持康熙的強硬政策，並沒有召見垂納木喀，只是派理藩院尚書特古忒傳諭道：“若爾臺吉即遣親信之人，誠懇陳詞，朕即寬宥，以寧爾土宇。若冥頑不靈，仍構兵端，亦可名言其意”，雖然傲慢，但卻表示只要準噶爾方面不主動挑釁，自己也不會再興兵端。
東線已經無事，策妄阿拉布坦本想休整兵馬，治癒戰爭創傷。豈料，1723年，他得到消息，哈薩克大玉茲和中玉茲的統治者準備聯合俄國進攻準噶爾。每次汗國遇到危機，哈薩克便會趁火打劫，屢屢被教訓而屢屢不吸取教訓。策妄阿拉布坦“無奈”，派自己的次子羅卜藏索諾率軍進攻哈薩克。分裂的哈薩克果然極為窩囊，羅卜藏索諾輕而易舉的佔領了土爾克斯坦和塔什干，並繳獲大量人口和財物。這次戰爭收穫頗豐，多少彌補了爭奪西藏失敗的損失，但從政治角度來看，卻是得不償失。
原來，在在清軍進兵西藏過程中，康熙皇帝向青海諸和碩特首領許諾，評定西藏後從他們當中選賢者繼承和碩特汗國汗位，諸部首領於是積配合清軍攻勢。但在大局安定之後，康熙皇帝及其繼任者雍正皇帝都沒有履行這一諾言。汗國恢復無望，諸部首領對清廷日益不滿，最終釀成了1723年羅卜藏丹津領導的以“恢復先人霸業”為口號的反清大叛亂。這次叛亂有各族僧俗20餘萬人參加，聲勢浩大，如果準噶爾能夠派軍予以協助，控制青海並非難事。可就是由於對哈薩克的遠征，只能坐視其在清軍的鎮壓下歸於失敗。青藏都為清軍所控制，東線邊境的壓力更為沉重。
尤其是經過這次遠征，原本並不顯山露水的次子羅卜藏索諾獲得了政治資本，起了覬覦汗位的野心，與長子噶爾丹策零處處相爭。汗國宮廷內部又開始了明爭暗鬥。兒子爭奪儲位，是司空見慣的。但策妄阿拉布坦無論如何也不會想到，兩個兒子的爭鬥，竟然會使自己這個父親身罹慘禍。
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